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研究成果

  • 準備中の論文が13件あります
    • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (in revision)
    • Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue, Masakazu Sekijima. (in revision)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Rikuto Kubota, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (submitted)
    • Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (submitted)
    • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (submitted)
    • Kazuki Z Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi. (submitted)
    • (submitted)
    • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (in prep)
    • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (in prep)
    • Masahiro Mochizuki, Shogo D. Suzuki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (in prep)
    • Shogo D. Suzuki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. (in prep)
    • Masahito Ohue, Kento Aoyama, Yuki Yamamoto, Yutaka Akiyama. (in prep)
    • Kazuki Z Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi. (in prep)

Contents

査読付き学術論文誌

  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Spresso: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", Bioinformatics. (in press)
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Rigid-docking approaches to explore protein-protein interaction space", Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology (Network Biology), 160: 33-55, 2017.
    [ PubMed | Journal Website ]
  • Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Masahito Ohue, Masanori Kakuta, Yutaka Akiyama: "GHOSTX: A Fast Sequence Homology Search Tool for Functional Annotation of Metagenomic Data", Methods in Molecular Biology, the volume on Protein Function Prediction, 1611: 15-25, 2017.
    [ PubMed | Journal Website ]
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Specificity of broad protein interaction surfaces for proteins with multiple binding partners", Biophysics and Physicobiology, 13: 105-115, 2016.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures", BMC Systems Biology (In Proc. of APBC2015), 9(Suppl 1): S6, 2015.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Masahito Ohue†, Takehiro Shimoda†, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein–protein docking software for heterogeneous supercomputers", Bioinformatics, 30(22): 3281-3283, 2014.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Masahito Ohue†, Yuri Matsuzaki†, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data", Protein and Peptide Letters, 21(8): 766-778, 2014.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Yuri Matsuzaki†, Masahito Ohue†, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama: "Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tools: application to bacterial chemotaxis", Protein and Peptide Letters, 21(8): 790-798, 2014.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods", BMC Proceedings, 7(Suppl 7): S6, 2013.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK 3.0: A high-performance protein-protein interaction prediction software using hybrid parallel computing for petascale supercomputing environments", Source Code for Biology and Medicine, 8(1): 18, 2013.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • 中嶋悠介, 大上雅史, 越野亮: "配列情報に基づくタンパク質間相互作用予測の構造情報付加による高精度化", FIT2013 第12回情報科学技術フォーラム講演論文集, 第2分冊(RG-001): 63-68, 2013.
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    [ Download ] * 本論文は一般社団法人 電子情報通信学会および一般社団法人 情報処理学会の著作権規程に基いて公開しているものです.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama: "Re-docking scheme for generating near-native protein complexes by assembling residue interaction fingerprints", PLoS ONE, 8(7): e69365, 2013.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Oval., Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Carles Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara, P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak, Joel Janin and David Baker: "Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology", Journal of Molecular Biology, 414(2): 289-302, Nov 25 2011.
    [ PubMed | Journal Website ]
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions", Genome Informatics, 25(1): 25-39, Aug 3 2011.
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    [ PubMed | Journal Website ]
  • 大上雅史, 松崎由理, 松裕介, 佐藤智之, 秋山泰: “MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, 3(3): 91-106, 2010.
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    [ Journal Website ]

  († equal contribution)

査読付き国際会議(フルペーパー,口頭発表)

  • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction", In Proceedings of the 7th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS 2017), Orlando, FL, USA, October 19-21, 2017. (accepted)
    [ Paper | Slide ]
  • Masahito Ohue, Takuro Yamazaki, Tomohiro Ban, Yutaka Akiyama: "Link Mining for Kernel-based Compound-Protein Interaction Predictions Using a Chemogenomics Approach", In Proceedings of the Thirteenth International Conference On Intelligent Computing (ICIC2017) (Lecture Notes in Computer Science), 10362, 549-558, Liverpool,UK August 7-10, 2017.
    [ Paper | arXiv | Slide ]
  • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data", In Proceedings of 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 22nd 2017), 114-119, 2017.
    [ Paper | Slide ]
  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", In Proceedings of The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016), 2016.
    [ Paper | Slide ]
  • Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs", In Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine 2013 (ACM-BCB 2013), 2nd International Workshop on Parallel and Cloud-based Bioinformatics and Biomedicine (ParBio2013), 884-890, 2013.
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    [ ACM Digital Library | Slide ]
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Highly Precise Protein-Protein Interaction Prediction Based on Consensus Between Template-Based and de Novo Docking Methods", In Proceedings of Great Lakes Bioinformatics Conference 2013 (GLBIO2013), 100-109, 2013.
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    [ Paper | Slide ]
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model: an Application to Interaction Pathway Analysis", In Proceedings of The 7th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB2012), Lecture Notes in Bioinformatics 7632, 178-187, Springer Heidelberg, 2012.
    [ Paper | Slide | Streaming(e-Bio) ]

招待講演

  • 大上雅史," 計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク",FIT2016 第15回情報科学技術フォーラム,富山大学五福キャンパス,2016/9/9.
  • Masahito Ohue, "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system based on tertiary structures information", IIT Madras-Tokyo Tech Joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis, Indian Institute of Technology Madras, Jul 15-16 2011.

国際会議(口頭発表,査読なし)

  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Analysis of protein docking decoys in terms of physicochemical properties of protein surfaces using rigid-body docking process", 3rd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, IL4, Nov 2015.
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: A high-performance protein-protein interaction prediction software for petascale supercomputing environments", 3rd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, IL8, Nov 2015.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama: "Re-docking scheme of protein-protein interactions for generating near-native interaction patterns in difficult docking cases ", 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, IL8, Sep 2013.
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Structure based protein-protein interaction network prediction of EGFR signaling related proteins using MEGADOCK", 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, IL6, Sep 2013.
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Development of a Protein-RNA Interaction Prediction Method Based on a Docking Calculation", The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010), P065, Dec 2010.
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking", InCoB2010 - the 9th International Conference on Bioinformatics (poster selected for short talk), #143, Sep 2010.

国際会議(ポスター発表,査読なし)

  • Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. "Cloud Computing for All-to-All Protein-Protein Docking on Azure HPC'', Biophysical Society 61st Annual Meeting, 2218-Pos, Ernest N. Morial Convention Center, New Orleans, LA, USA, 2/14 2017.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. "Interaction Surfaces of Proteins Involved in Bacterial-Chemotaxis with Rigid-Body Docking Decoys", Biophysical Society 61st Annual Meeting, 1426-Pos, Ernest N. Morial Convention Center, New Orleans, LA, USA, 2/13 2017.
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. "MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers", Biophysical Society 60th Annual Meeting, Los Angeles, CA, USA, Mar 1, 2016.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. "Analysis of Physico-Chemical Properties of Protein Docking Decoys Generated by Rigid-Body Docking", Biophysical Society 60th Annual Meeting, Los Angeles, CA, USA, Mar 1, 2016.
  • Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "A rescoring method of protein-peptide docking prediction with amino acid profiles of rigid-body search results", The Fourteenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC2016), P188, San Francisco Bay Area, CA, USA, Jan 11-13 2016.
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "A comparative study of GPU and MIC accelerations in fast Fourier transform-based protein-protein docking", 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, P26, Nov 2015.
  • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Improving protein-ligand docking and inverse docking prediction by deepening conformation search on multiple grids", 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, P27, Nov 2015.
  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on compound fragmentation", 3nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Algorithms and Applications of Bioinformatics, P34, Nov 2015.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. "Analysis of amino acid properties in interaction surfaces of decoys generated by re-docking", Biophysical Society 59th Annual Meeting, 2379-Pos, Baltimore MD USA, Feb. 2015.
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Prediction of human-virus protein-protein interactions by exhaustive rigid docking", Biophysical Society 59th Annual Meeting, L3397-Pos, Baltimore MD USA, Feb. 2015.
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers", APBC 2015, Jan. 2015.
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK 4.0: an ultra–high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers", GIW/ISCB-Asia 2014, P081, Dec. 2014.
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "The MEGADOCK Project: high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments", The Asia hub for e-drug discovery symposium 2014 (AHeDD' 2014), P1, Nov. 2014. [Best Poster Award受賞]
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "The MEGADOCK Project: high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments", Biophysical Society Thematic Meeting Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Bridging Experiments and Computations, Sep. 2014.
  • Nobuyuki Uchikoga, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takatsugu Hirokawa, Yutaka Akiyama. "Re-docking scheme to explore docking search space by using interaction profiles", Biophysical Society 58th Annual Meeting, Feb. 2014.
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Prediction of protein-protein interactions based on tertiary structures and transcription information", Biophysical Society 58th Annual Meeting, Feb. 2014.
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking", The 2013 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013), P077, Nov 2013.
  • Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-GPU: Acceleration of Protein-Protein Docking Calculation on GPUs", 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, P13, Sep 2013. (best poster award)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Highly precise protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking", 2nd IIT Madras – Tokyo Tech Joint Symposium on Techniques and Applications of Bioinformatics, P08, Sep 2013.
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takehiro Shimoda, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Improvement of protein-protein interaction prediction by integrating template-based and template-free protein docking", Proceedings of ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013), p.667, no.15, Sep 2013. (Poster)
  • Takehiro Shimoda, Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takayuki Fujiwara, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "The MEGADOCK project: Ultra-high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments", ACM Conference on Bioinformatics, Computatioal Biology and Biomedical Informatics (ACM-BCB2013), p.668, no.16, Sep 2013. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Kohei Yamamoto, Takayuki Fujiwara, Takehiro Shimoda, Toshiyuki Sato, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein-protein interaction prediction based on rigid-body docking with ultra-high-performance computing technique: applications to affinity prediction on CAPRI round 21 and interactome analyses", CAPRI 2013 5th Evaluation Meeting, pp.62, Apr 2013. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein-protein interaction network prediction by using rigid-body docking tool MEGADOCK", Biophysical Society 57th Annual Meeting, Feb 2013. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: a High-speed Protein-protein Interaction Prediction System by All-to-all Physical Docking", ISCB-Asia/SCCG 2012, Poster 33 Dec 2012. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Application of exhaustive protein-protein interaction prediction system by using protein docking to signal transduction pathways", ISCB-Asia/SCCG 2012, Poster 35, Dec 2012. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: A rapid screening system of protein-protein interactions with all-to-all physical docking", 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), Poster W23, Jul 2012. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Application of Exhaustive Protein-Protein Interaction Prediction System by Using Protein Docking to Signal Transduction Pathways", 20th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2012), Poster L01, Jul 2012. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: A Rapid Screening System of Protein-Protein Interactions by Exhaustive Docking", 3DSIG: The 8th structural bioinformatics and computational biophysics meeting, Poster ID 29, Jul 2012. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Application of Exhaustive Protein-Protein Interaction Prediction System by Using Protein Docking to Signal Transduction Pathways", 3DSIG: The 8th structural bioinformatics and computational biophysics meeting, Poster ID 70, Jul 2012. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein Complex Structure Prediction with Normal Mode Ensemble and Physical Docking", Bioinformatics week in Odaiba 2011 (BiWO2011), Jan 2012. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Bound state structure estimation of protein-protein complex using rigid-body protein-protein docking method", The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2012), Jan 2012. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Binding Conformation Prediction of a Protein Complex Using Physical Docking", GCOE Compview Final Symposium (Preliminary event of ISAAC 2011), Dec 2011. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: a Fast Protein-protein Interaction Prediction System by Exhaustive Docking", 12th International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Sep 2011. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A fast protein-protein interaction prediction system by exhaustive docking, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, Jul 2011. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, "Exhaustive protein-protein interaction prediction with MEGADOCK and its application to signaling pathway estimation", Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010, Dec 2010. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A computational screening system of protein-protein interactions: connecting protein structural information to biological pathway estimation", 11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010), Oct 2010. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A Computational Screening System of Protein-protein Interactions: Connecting Structural Information to Pathway Estimation", The 2nd Bio Super Computing Symposium (BSCS2), Poster no.51, Mar 2010. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system - Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking", The 2nd Bio Super Computing Symposium (BSCS2), Poster no.55, Mar 2010. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK", The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009), Poster No. 033, Dec 2009. (Poster)
  • Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK", CBI-KSBSB JOINT CONFERENCE (Bioinfo2009), P10-101, Nov 2009. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A Computational Screening System of Protein-protein Interactions Using Tertiary Structure Data: an Application to Signaling Pathway Analysis, CBI-KSBSB JOINT CONFERENCE (Bioinfo2009), P11-114, Nov 2009. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis", The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB2009), Sep 2009. (Poster)
  • Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: “A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: with application to pathway analysis”, Joint Computational Science Workshop 2009, Jul 2009. (Poster)

研究報告

  • 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰: "フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(39), 1-8, 6/25 2017.
  • 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰: "タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(40), 1-8, 6/25 2017.
  • 伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰: "歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(41), 1-6, 6/25 2017.
  • 山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰: "高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(42), 1-6, 6/25 2017.
  • 大上雅史,山本悠生,秋山泰: "Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(4), 1-3, 3/23 2017.
  • 柳澤渓甫,大上雅史,石田貴士, 秋山泰: "標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(6), 1-8, 3/23 2017.
  • 青山建人, 山本悠生,大上雅史,秋山泰: "コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(3), 1-8, 3/23 2017.
  • 後藤公太,笠原浩太,大上雅史,中村春木,秋山泰: "SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化",情報処理学会研究報告, 2016-BIO-46(17), 7/5 2016.
  • 柳澤渓甫,小峰駿汰,鈴木翔吾,大上雅史,石田貴士,秋山泰: "フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法 ESPRESSO",情報処理学会研究報告, 2016-BIO-46(18), 7/5 2016.
  • 鈴木翔吾,大上雅史,秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング",情報処理学会研究報告, 2016-BIO-46(26), 7/5 2016.
  • 藤井智也,角田将典,大上雅史,石田貴士,石原和幸,秋山泰: "GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用",情報処理学会研究報告,2016-BIO-45(2): 1-4, Mar 2016.
  • 長澤一輝,松崎由理,大上雅史,秋山泰: "タンパク質間相互作用予測結果データベースと表示系の構築",情報処理学会研究報告, 2016-BIO-45(3): 1-4, Mar 2016.
  • 山崎卓朗,大上雅史,秋山泰: "タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング",情報処理学会研究報告, 2016-BIO-45(12): 1-7, Mar 2016.
  • 和久井直樹,大上雅史,千葉峻太朗,石田貴士,岩博史,秋山泰: “既知の活性/非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択”,情報処理学会研究報告,2015-BIO-41(63): 1-4, Jun 2015.
  • 鈴木翔吾,柳澤渓甫,大上雅史,石田貴士,秋山泰: “SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測”,情報処理学会研究報告,2015-BIO-41(39): 1-7,Jun 2015.
  • 大上雅史,下田雄大,松崎由理,石田貴士,秋山泰: “大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキングシステム”,情報処理学会研究報告,2014-BIO-38(32): 1-4,Jun 2014. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 大上雅史,松崎由理,石田貴士,秋山泰: “MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のヒトアポトーシスパスウェイ解析への応用”,情報処理学会研究報告,2012-BIO-32(13): 1-8,Dec 2012. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 山本航平,大上雅史,石田貴士,秋山泰: ”構造情報に基づくタンパク質間相互作用ネットワーク予測精度の改善”,情報処理学会研究報告,2012-BIO-32(14): 1-7,Dec 2012. [ IPSJ Digital Library ]
  • 大上雅史,石田貴士,秋山泰: “簡易疎水性相互作用モデルによるタンパク質間ドッキング予測の高精度化”,情報処理学会研究報告,2012-BIO-29(21): 1-3,Jun 2012. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 大上雅史,松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,秋山泰:“ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測”,情報処理学会研究報告,2011-BIO-25(30): 1-8,Jun 2011. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 山本航平,大上雅史,内古閑伸之,松崎由理,石田貴士,秋山泰:“タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善”,情報処理学会研究報告,2011-BIO-25(31): 1-8,Jun 2011. [ IPSJ Digital Library ]
  • 大上雅史, 松崎由理, 松裕介, 佐藤智之, 秋山泰:“MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会研究報告, 2010-MPS-78(3): 1-9, May 2010. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 大上雅史, 松裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰: “リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用 ”, 情報処理学会研究報告, 2010-BIO-20(3): 1-8, Mar 2010. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 松裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山泰: “タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良 ”, 情報処理学会研究報告, 2010-BIO-20(4): 1-8, Mar 2010. [ IPSJ Digital Library ]
  • 大上雅史, 松裕介, 松崎由理, 秋山泰: “網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-18(3): 1-8, Sep 2009. [ IPSJ Digital Library | Slide ]
  • 大上雅史, 松裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰: “物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-17(11): 1-8, May 2009. [ IPSJ Digital Library | Slide ]

国内会議(査読無)

  • 大上雅史, 松崎由理, 内古閑伸之, 石田貴士, 秋山泰, "立体構造情報を用いた超高スループットなタンパク質間相互作用予測システム「MEGADOCK」", 第17回日本蛋白質科学会年会, 3P-083, 仙台国際センター, 6/22 2017. (ポスター発表)
  • 大上雅史, ''目バーチャルスクリーニング", 第21回オープンバイオ研究会, 北陸先端科学技術大学院大学, 3/25 2017.(口頭発表)
  • 大上雅史, "構造情報に基づくタンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK", CBI学会2016年大会, FS-07 バイオインフォマティクスとその医学応用・第4回 オミックス解析における実務者意見交換会, 10/27 2016.(口頭発表)
  • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster) [Best Poster Award受賞]
  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds", CBI学会2016年大会, P2-19, 10/26-28 2016. (poster)
  • 大上雅史, "薬のタネ発見のための計算技術と創薬知BoF", 第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016), 9/29 2016.(口頭発表)
  • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P64, 2016. (poster)
  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P65, 2016. (poster)
  • Masahito Ohue, Yuki Yamamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P52, 2016. (poster) [Poster Award受賞]
  • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P69, 2016. (poster)
  • Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P57, 2016. (poster)
  • Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P25, 2016. (poster) [Poster Award受賞]
  • Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama: "Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P59, 2016. (poster)
  • 内古閑伸之,松崎由理,大上雅史, 秋山泰:"細菌走化性におけるタンパク質間相互作用面の解析",第16回日本蛋白質科学会年会,2P-059,2016.6.8 (福岡国際会議場).(ポスター発表)
  • 大上雅史,松崎由理,石田貴士,秋山泰: "タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCKによるEGFRパスウェイ解析", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-9, 2015.11.28 (東京大学). (ポスター発表)
  • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Improving Conformational Search of Protein-Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-4, 2015.11.28 (東京大学). (ポスター発表)
  • 鈴木翔吾,大上雅史, 秋山泰: "活性値情報のグループ化を用いたランク学習による化合物スクリーニング", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-5, 2015.11.28 (東京大学). (ポスター発表)
  • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on ligand decomposition", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-6, 2015.11.28 (東京大学). (ポスター発表)
  • 鈴木翔吾,大上雅史,秋山泰."活性値情報のグループ化とランク学習による活性化合物予測",第18回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2015), D-19,つくば国際会議場 2016.11.16.(ポスター発表)
  • 大上雅史, 内古閑伸之,松崎由理,秋山泰:"アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析",第53回日本生物物理学会年会,3Pos190,石川県金沢市,9/13-15,2015.(ポスター発表)
  • 内古閑伸之,松崎由理,大上雅史, 秋山泰:"剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析",第53回日本生物物理学会年会,3Pos189,石川県金沢市,9/13-15,2015.(ポスター発表)
  • 大上雅史:"大規模タンパク質間相互作用予測によるEGFR系解析",第4回育志賞研究発表会,京都府京都市, 8/31,2015.(口頭発表,ポスター発表)
  • 大上雅史,内古閑伸之,松崎由理,秋山泰:"タンパク質間相互作用残基の物理化学的性質による単純化プロファイルを用いたポストドッキング解析",第15回日本蛋白質科学会年会,2P-056,徳島県徳島市,6/24-26, 2015.
  • 大上雅史, 松崎由理, 石田貴士, 秋山泰:"タンパク質とペプチドのドッキング計算", 生命情報科学若手の会 第7回研究会,兵庫県神戸市,10/29-30,2014.
  • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama; "MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers", 第3回生命医薬情報学連合大会,G-06,宮城県仙台市,10/2-4,2014.(ポスター発表)
  • 大上雅史, 松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,秋山泰:"MEGADOCK: a high-performance protein-protein interaction prediction tool on supercomputing environments",第52回日本生物物理学会年会,2P014,北海道札幌市,9/25-27,2014.(ポスター発表)
  • 内古閑伸之,松崎由理,大上雅史,広川貴次,秋山泰;"Analysis of properties of protein-protein interaction surface areas involved in more near-native conmplexes by Re-docking scheme",第52回日本生物物理学会年会,2P271,北海道札幌市,9/25-27,2014.(ポスター発表)
  • 大上雅史:"立体構造情報に基づくタンパク質間相互作用ネットワーク予測",第3回育志賞研究発表会,東京都目黒区,8/20,2014.(ポスター発表)
  • 大上雅史, 下田雄大, 松崎由理, 内古閑伸之, 鈴木脩司, 石田貴士, 秋山泰 :"MEGADOCK 4.0: mega-dock per dayへの道のり", 生命情報科学若手の会 第5回研究会,千葉県千葉市,2/17-19,2014.
  • 下田雄大,石田貴士,鈴木脩司,大上雅史,秋山泰: "MEGADOCK-GPU: GPUによるタンパク質間ドッキング計算の高速化", NVIDIA GTC Workshop Japan 2013, no.01, Jul 2013.(ポスター発表)
  • 大上雅史, 松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,秋山泰:"MEGADOCK:構造ドッキング計算を用いたタンパク質間相互作用の大規模予測",第13回日本蛋白質科学会年会,1P-059,Jun 2013.(ポスター発表)
  • 大上雅史,松崎由理,内古閑伸之,山本航平,下田雄大,藤原隆之,石田貴士,秋山泰:"MEGADOCK 3.0:超並列タンパク質間相互作用予測システム",生命情報科学若手の会4回研究会,Mar 2013.(口頭発表)
  • 大上雅史,松崎由理,石田貴士,秋山 泰:“MEGADOCK: 大規模タンパク質間相互作用予測システムとその応用”,2013年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2013)論文集,p.66,Jan 2013.(ポスター発表) [ IPSJ Digital Library ]
  • 秋山泰,松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,大上雅史:"網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用",ISLiMソフトウェア研究開発報告会,D-9,Jan 2013.
  • 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 秋山泰:"網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用",文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI)の構築」 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ナノ)次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発(ライフ)公開シンポジウム, Mar 2012.
  • 内古閑伸之,松崎由理,大上雅史,広川貴次,秋山泰:"相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索",第49回日本生物物理学会年会,Sep 2011.(口頭発表)
  • 大上雅史,山本航平,松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,秋山 泰:"MEGADOCK:構造情報からの相互作用ネットワーク予測",生命情報科学若手の会第3回研究会,Oct 2011.(口頭発表)
  • 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰:“立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法”,第73回情報処理学会全国大会,1ZF-8,Mar 2011.(口頭発表) [ IPSJ Digital Library ]
  • 山本航平,大上雅史,松崎由理,石田貴士,秋山泰:“タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析”,第73回情報処理学会全国大会,1ZF-4,Mar 2011.(口頭発表) [ IPSJ Digital Library ]
  • 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰:"MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用",第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, Feb 2011.(ポスター発表)
  • 大上雅史,松崎由理,内古閑伸之,石田貴士,秋山泰:“タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測”,2011年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2011)論文集,p.56,Jan 2011.(ポスター発表) [ IPSJ Digital Library ]
  • 大上雅史, 松崎由理, 秋山泰:“立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測”, 生命情報科学若手の会第2回研究会,Sep 2010.(口頭発表)
  • 大上雅史:“MEGADOCKにおける評価関数の改良とリランキングの導入”,第10回データ解析融合ワークショップ,Mar 2010.(口頭発表)
  • 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰: “エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案”, 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), E4-4, Mar 2010. (口頭・ポスター発表) [ DEIM2010論文集 ]
  • 松崎由理, 松崎裕介, 大上雅史, 佐藤智之, 秋山泰: “ドッキング後処理によるPPI検出システムの応用と評価〜EGFRシグナル伝達系への適用にむけて”, 第8回データ解析融合ワークショップ(公開ワークショップ), 東京, Mar 2009. (口頭発表)
  • 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 松崎由理, 秋山泰: “物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測の高精度化”, 第8回データ解析融合ワークショップ(公開ワークショップ), 東京, Mar 2009. (口頭発表)
  • 大上雅史, 越野亮:“遺伝子発現データ解析のための新しい属性選択手法の提案”,電気関係学会北陸支部学生会主催平成18年度学生による研究発表会,F-1,March 2007.
  • 大上雅史, 越野亮:“遺伝子発現データ解析における遺伝子偏差を用いた前処理方法の提案”,第69回情報処理学会全国大会,1M-7,Mar 2007.(口頭発表)
  • 大上雅史, 越野亮:“決定木による白血病遺伝子の自動分類ルールの抽出”,平成18年度電気関係学会北陸支部連合大会,F-57,Sep 2006.(口頭発表)

著書

  • 「これだけ!生化学」,生化学若い研究者の会著,稲垣賢二監修.秀和システム,2014/12.(分担執筆,第8章)

記事

その他

  • Masahito Ohue, "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data", ACLS International Summer School 2013, 2013 9/8〜9/13(ポスター発表)[Most cited poster award受賞]
  • 大上雅史,"MEGADOCK:de novoドッキング計算の可能性を探る", 第53回生物物理若手の会夏の学校,2013 9/6〜9(ポスター発表)[ポスター賞受賞]
  • 大上雅史,"MEGADOCK:de novoドッキング計算の可能性を探る", 第53回生命科学夏の学校,2013 8/30〜9/1(ポスター発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:de novoドッキング計算の可能性を探る", 第31回タンパク質・核酸構造理論勉強会,2013 7/5〜7(口頭発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:タンパク質ドッキング予測から相互作用ネットワーク予測へ",第52回生物物理若手の会夏の学校,2012 8/31〜9/3(口頭・ポスター発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:タンパク質剛体ドッキング計算の秘めたる可能性",第52回生命科学夏の学校,2012 8/24〜26(口頭・ポスター発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:タンパク質ドッキング予測から相互作用ネットワーク予測へ",第30回タンパク質・核酸構造理論勉強会,2012 7/6〜8(口頭発表)
  • Masahito Ohue, "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structures", BGI Shenzhen Young Researchers' Presentation, 2012 3/1(口頭発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:タンパク質構造から相互作用ネットワーク予測へ",バイオスーパーコンピューティングサマースクール2011,2011 9/26〜27(ポスター発表)
  • 大上雅史,"立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測",第51回生命科学夏の学校,2011 9/2〜4(ポスター発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:タンパク質構造からネットワーク予測へ",第51回生物物理若手の会夏の学校,2011 8/25〜28(ポスター発表)
  • 大上雅史,"ファンド獲得への第一歩を踏み出すために",生物物理若手の会関東支部セミナー,2011 3/26.
  • 大上雅史,"サクソフォンカルテットの世界",高専カンファレンス2010秋 in 東京(kosenconf-014) アンカンファレンス発表(kc3),2010 10/2.
  • 大上雅史,"タンパク質ドッキング計算を利用した網羅的タンパク質間相互作用予測",第50回生物物理若手の会夏の学校,2010 9/3〜6(ポスター発表)
  • 大上雅史,"バイオ高専",高専カンファレンス in 石川(kosenconf-017) 一般発表,2010 8/7.
  • 大上雅史,"立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測",第29回タンパク質・核酸構造理論勉強会,2010 7/9〜11(口頭発表)
  • 大上雅史,"MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的PPI予測",生命体統合シミュレーションサマースクール2010,2010 7/5〜7(ポスター発表)

競争的研究資金

  • 株式会社リバネス 第30回リバネス研究費 マイクロソフト賞, 2016年8月-2017年7月,代表: 大上雅史
  • 日本学術振興会 科研費 若手研究(B),「中規模ペプチドの構造的相互作用解析基盤技術の開発」,2015年4月-2018年3月,代表: 大上雅史
  • 日本学術振興会 科研費 基盤研究(C),「アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発」,2015年4月-2018年3月,代表: 内古閑伸之.(分担:大上雅史,松崎由理)
  • 日本学術振興会 科研費 特別研究員奨励費,「タンパク質間相互作用予測に基づく創薬ターゲット探索のための並列計算システム開発」,研究期間: 2014年4月-2015年3月,代表: 大上雅史
  • 日本学術振興会 科研費 特別研究員奨励費,「立体構造情報に基づいた網羅的タンパク質間相互作用予測システムの開発」, 研究期間: 2011年4月-2014年3月,代表: 大上雅史

表彰

  • CBI学会2016年大会 ポスター賞 (2016)
    • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
  • 第5回生命医薬情報学連合大会 ポスター賞 (2016)(2件)
    • Masahito Ohue, Yuki YAmamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P52, 2016. (poster)
    • Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P25, 2016. (poster) [Poster Award受賞]
  • 手島精一記念研究賞(博士論文賞) (2015)
  • AHeDD'2014 (The Asia hub for e-drug discovery symposium 2014) Best Poster Award (2014)
    • Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "The MEGADOCK Project: high-performance protein-protein interaction prediction tools on supercomputing environments", The Asia hub for e-drug discovery symposium 2014 (AHeDD' 2014), P1, Nov. 2014.
  • 日本学術振興会 育志賞 (2014)
  • 情報処理学会第73回全国大会学生奨励賞(2011)
    • 大上雅史, 松崎由理, 秋山泰:“立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法”,第73回情報処理学会全国大会,1ZF-8,Mar 2011.
  • 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会プレゼンテーション賞(2010)
    • 大上雅史, 松崎由理, 松裕介, 佐藤智之, 秋山 泰:“MEGADOCK:立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会研究報告, 2010-MPS-78(3): 1-9, May 2010.
  • DEIM2010 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム 学生奨励賞(2010)
    • 大上雅史, 松裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山泰: “エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案”, 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), E4-4, Mar 2010.
  • 2009年SIGBIO学生奨励賞(2010)
    • 大上雅史, 松裕介, 松崎由理, 秋山泰: “網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-18(3): 1-8, Sep 2009.
  • 石川工業高等専門学校 電子情報工学科 学業成績優秀賞(首席卒業)(2007)
  • 電子情報通信学会北陸支部 学生優秀論文発表賞(2006)
    • 大上雅史, 越野亮:“決定木による白血病遺伝子の自動分類ルールの抽出”,平成18年度電気関係学会北陸支部連合大会,F-57,Sep 2006.

学位論文

  • 博士論文:Protein‒Protein Interaction Network Prediction Based on Tertiary Structure Data,東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻(博士(工学))
    • 情報処理学会研究会推薦博士論文に選ばれました [ link ]
  • 修士論文:立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測に関する研究,東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻(修士(工学))
  • 学士論文:物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測の高精度化,東京工業大学 工学部 情報工学科
  • 準学士論文:遺伝子発現データ解析のための新しい属性選択手法の提案,石川工業高等専門学校電子情報工学科

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Last-modified: 2017-09-17 (日) 12:03:23 (5d)