プロフィール

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プロフィール †

所属 †

東京科学大学 情報理工学院 情報工学系 准教授
（主担当：知能情報コース、副担当：情報工学コース）

Link: 東京科学大学 情報理工学院 情報工学系 大上研究室

経歴 †

• 2002.4 石川工業高等専門学校 電子情報工学科 入学
• 2007.3 石川工業高等専門学校 電子情報工学科 首席卒業
• 2007.4 東京工業大学 工学部 情報工学科 3年次編入学
• 2009.3 東京工業大学 工学部 情報工学科 卒業
• 2009.4 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻 修士課程 入学
• 2011.3 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻 修士課程 修了
• 2014.3 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻 博士後期課程 修了，博士（工学）　（工博第6564号、東京工業大学）
• 2011.4-2014.3 日本学術振興会 特別研究員 DC1
• 2014.4-2015.3 日本学術振興会 特別研究員 PD
• 2014.4-2015.3 東京工業大学 特別研究員
• 2015.4-2016.3 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻 助教
• 2016.4-2020.3 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 助教（学内改組による所属変更）
• 2016.4-2020.3 東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニット 兼担
• 2020.4-2023.12 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 テニュアトラック助教
• 2024.1- 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 准教授（2024.10 大学名改称、東京科学大学）

学会委員等 †

• 文部科学省 科学技術・学術政策研究所 科学技術予測センター　専門調査員（2017年〜現在）
• 一般社団法人 日本生物物理学会 理事（2015年〜2021年）
• 一般社団法人 日本生物物理学会 代議員（2015年〜2017年、2019年〜2021年）
• 一般社団法人 日本生物物理学会 男女共同参画・若手支援委員（2015年〜2021年）
• 一般社団法人 日本生物物理学会 分野別専門委員（2019年〜現在）
• 一般社団法人 情報処理学会 シニア会員（2023年〜現在）
• 一般社団法人 情報処理学会バイオ情報学研究会 運営委員（2017年〜2021年）
• 一般社団法人 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会 幹事（2020年〜現在）
• 一般社団法人 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会 運営委員（2019年〜2020年）
• 一般社団法人 情報処理学会論文誌Bioinformatics 編集委員会 編集委員（2015年〜2019年）、副委員長（2019年〜現在）
• 一般社団法人 情報処理学会論文誌数理モデル化と応用 編集委員（2022年〜現在）
• 一般財団法人 バイオインダストリー協会 機関誌トピックス委員（2017年〜2020年）
• 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 理事（2020年〜現在）
• 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 幹事（2020年〜現在）
• 特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ 理事（2019年〜現在）
• 特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ 運営委員（2019年〜現在）
• 特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ IT創薬コンテスト運営委員（2016年〜現在）

• PC Member等
  • IEEE BIBM 2024 Program Committee Member
  • CBI学会2024年大会 プログラム委員
  • Mathematical Modeling and Problem Solving Satellite Workshop of The 30th Int'l Conf on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'24) Workshop chair
  • Mathematical Modeling and Problem Solving Satellite Workshop of The 29th Int'l Conf on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'23) Workshop chair
  • Mathematical Modeling and Problem Solving Satellite Workshop of The 28th Int'l Conf on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'22) Workshop chair
  • Mathematical Modeling and Problem Solving Satellite Workshop of The 27th Int'l Conf on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'21) Workshop chair
  • Mathematical Modeling and Problem Solving Satellite Workshop of The 26th Int'l Conf on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'20) PC Member
  • GIW/ISCB Asia 2022 Program Committee Member
  • AHeDD2019/IPAB2019 Joint Symposium Local Organizing Committee Chair
  • GIW2018 Program Committee Member
  • IIBMP2018 プログラム委員
  • GIW2015 Program Committee Member
  • PRIB2014 Program Committee Member

• Journal Editor
  • Frontiers in Molecular Biosciences (Associate Editor)
  • IPSJ Transactions on Bioinformatics

• Journal Reviewer
  • Nature Communications
  • Communications Biology
  • Communications Chemistry
  • PeerJ
  • npj Genomic Medicine
  • npj Systems Biology and Applications
  • SLAS Discovery
  • Journal of Chemical Information and Modeling
  • Journal of Chemical Theory and Computation
  • Journal of Computational Chemistry
  • Bioinformatics
  • Bioinformatics Advances
  • BMC Bioinformatics
  • BMC Genomics
  • BMC Systems Biology
  • BMC Medical Genomics
  • Molecular Informatics
  • IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  • IEEE Access
  • Computational Biology and Chemistry
  • Bioscience Reports
  • IPSJ Transactions on Bioinformatics
  • International Journal of Data Mining and Bioinformatics
  • Protein and Peptide Letters
  • Frontiers in Robotics and AI
  • Frontiers in Molecular Biosciences
  • IEICE Transactions on Information and Systems (D)

教育 †

講義担当

• 東京工業大学 工学部 情報工学科「情報実験第一」(2015)
• 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系「手続き型プログラミング基礎」(2016〜2019)
• 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 知能情報コース「知能情報フォーラム」(2016〜2019)
• 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系「手続き型プログラミング発展」(2020〜)
• 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系「Medical and Health Informatics」(2022〜)
• 東京工業大学 情報理工学院「情報理工学リテラシー」（オムニバス1コマ担当）(2022)
• 東京工業大学 情報理工学院「情報理工学リテラシー」（クラス担当）(2023〜2024)

非常勤講師

• 東京医科歯科大学 データ関連⼈材育成プログラム 医療・創薬 データサイエンスコンソーシアム 「AI創薬特論」(2019)

学内委員等 †

• 東京工業大学 地球史資料館 運営委員（2016〜2018）
• 東京科学大学 情報理工学院 情報工学系 知能情報コース アドミッション委員（2020〜）
• 東京科学大学 学院等安全衛生委員会（2021〜）

所属学会・研究会 †

• IEEE
• 情報処理学会(IPSJ)
  • バイオ情報学研究会(SIGBIO)
  • 数理モデル化と問題解決研究会(SIGMPS)
• 日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)
• 日本生物物理学会
• 日本蛋白質科学会
• 情報計算化学生物(CBI)学会
• 生命情報科学若手の会(Bioinfowakate)

興味 †

• バイオインフォマティクス (Bioinformatics and Computational Biology)
  • タンパク質間相互作用（Protein-Protein Interaction）
  • 生物物理学 (Biophysics)
  • 構造生物学 (Structural Biology)
  • システム生物学 (Systems Biology)
• ケモインフォマティクス (Chemoinformatics)
  • バーチャルスクリーニング (Virtual Screening)
  • タンパク質-リガンドドッキング (Protein-Ligand Docking)
  • タンパク質-リガンド相互作用 (Protein-Ligand Interaction)
• 機械学習 (Machine Learning)

趣味? †

吹奏楽，サクソフォンアンサンブル，編曲，麻雀，ポーカー，音楽ゲーム

保有資格，技能など †

• 第１種普通自動車免許（現中型）
• 初級システムアドミニストレータ
• 基本情報技術者
• ソフトウェア開発技術者
• JSBi認定バイオインフォマティクス技術者
• ディジタル技術検定1級情報部門 （文部科学大臣奨励賞受賞）
• ディジタル技術検定2級制御部門
• ヤマハエレクトーン演奏グレード6級
• 絶対音感保持