PDB toolbox

関連: ZDOCKを動かす

ZRANKを動かす

  • 使い方
    $ zrank zdockoutfile startidx endidx
    • startidx, endidxにリランキングしたいdecoyの順位の範囲を入力.(例 startidx=1, endidx=2000)
      $ zrank 1CGI.out 1 2000
    • outファイル中に書いてあるPDBが存在しかつ水素付きであること.
    • 出力は指定したoutファイルの名前に.zr.outがくっついた名前のファイル. 中身は
      順位\tエネルギースコア
      の羅列
  • Ref: Pierce, B., & Weng, Z. (2007). ZRANK: reranking protein docking predictions with an optimized energy function. Proteins, 67(4), 1078-86. doi:10.1002/prot.21373

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Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (342d)