PDB toolbox

ZDOCKを動かす

ZDOCKはZhiping Wengらのグループが作っているドッキングソフトウェア.

  • ZDOCK2.3 PSC+Elec+ACE (2 FFTs)
    • ZDOCK2.3.1 2.3+Conv3D
    • ZDOCK2.3.2 2.3+Conv3D+その他の最適化(.outの形式がちょっと変わった)
  • ZDOCK3.0 PSC+Elec+IFACE (7 FFTs)
    • ZDOCK3.0.1 3.0+Conv3D
    • ZDOCK3.0.2 3.0+Conv3D+その他の最適化(.outの形式がちょっと変わった) が存在する.

ZDOCKの使い方

基本

./zdock -R receptor.pdb -L ligand.pdb -o docking.out

重要
receptor.pdb と ligand.pdb は mark_sur というプログラムを実行してUniCHARMMパラメータを付加したものでないといけない.
(カレントディレクトリにUniCHARMMファイルがないとmark_surが動かない)
(逆に言うとUniCHARMMファイルを編集してオリジナルのパラメータも入れられる)

mv receptor.pdb receptor.bak; ./mark_sur receptor.bak > receptor.pdb
mv ligand.pdb ligand.bak; ./mark_sur ligand.bak > ligand.pdb
  • mark_surについて.バージョンごとのmark_surとuniCHARMMファイルを使うこと.

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Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (401d)