PDB toolbox

PDBをchainで分割する

名前通りのスクリプト.

PDBの中のチェインをすべて取り出す

  • separate_single.py
    #!/usr/bin/python
    #last updated : 2014/10/21
    
    import re
    import sys 
    
    if (len(sys.argv) != 2):
        print 'Usage: # python %s pdbfile' % sys.argv[0]
        quit()
    
    id = sys.argv[1][0:4]
    fp = open(sys.argv[1])
    pdb = fp.read()
    fp.close()
    
    pdb = pdb.rstrip("\n")
    pdb = pdb.split("\n")
    
    cl = []
    
    for l in pdb:
        if l[0:6] == 'COMPND' and l[11:17] == 'CHAIN:':
            cl.append(l[18])
    
    for c in cl:
        fc = open(id + "_" + c + ".pdb", "w")
        for ll in pdb:
            l = ll
            if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
                continue
            if l[17:20] == 'HOH':
                continue
            if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
                continue
            if l[21] == c:
                fc.write(ll + "\n") 
    
        fc.write("TER\n")
        fc.write("END")
        fc.close()

つかいかた

$ python separate_single.py 1CGI.pdb

とすると,チェインごとのファイル(1CGI_I.pdb, 1CGI_E.pdb)が生成されます.

複数ファイルを扱うバージョン

  • separate.py
    #!/usr/bin/python
    # Masahito Ohue 
    
    import re
    import sys
    
    if (len(sys.argv) != 2):
        print 'Usage: # python %s listfile' % sys.argv[0]
        quit()
    
    fp = open(sys.argv[1])
    lst = fp.readlines()
    fp.close()
    
    for ll in lst:
        l = ll
        id = l.split(",")[0]
        cs = l.split(",")[1].strip()
        cl = list(cs)
    
        try:
            fp = open(id + ".pdb")
        except IOError:
            print 'not found, PDB ID =', id, ", Chain", cs
        else:
            print 'open, PDB ID =', id, ', Chain =', cs
            pdb = fp.read()
            fp.close() 
    
            fc = open(id + "_" + cs + ".pdb", "w")
            pdb = pdb.rstrip("\n")
            pdb = pdb.split("\n")
            for c in cl:
                for lll in pdb:
                    l = lll
                    if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
                        continue
                    if l[17:20] == 'HOH':
                        continue
                    if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
                        continue
                    if l[21] == c:
                        fc.write(lll + "\n")  
    
                fc.write("TER\n") 
            fc.write("END")
            fc.close()

こんなリストファイルを用意する.

3WVL.pdbと2ZYQ.pdbがある場所で,以下を実行.

$ python separate.py list.txt
open, PDB ID = 3WVL , Chain = A
open, PDB ID = 3WVL , Chain = O
open, PDB ID = 3WVL , Chain = ABCOPQ
open, PDB ID = 2ZYQ , Chain = B

すると

3WVL_A.pdb 3WVL_O.pdb 3WVL_ABCOPQ.pdb 2ZYQ_B.pdb

ができている.

注意

  • ATOM行とHETATM行だけ見ます.
  • 水(HOH)は省きます.省きたくない場合は該当のif文をコメントアウト.
  • 残基名の前にAとかBとかあるやつ(同一残基が複数の座標に存在する可能性を持つもの)は,Aだけ抜き出します.

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Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (342d)