back>PDB toolbox

PDBを綺麗にする

PDBファイルの中には書式がテキトウなのが結構あります.
ツールが動かない!?なんてときは以下のスクリプトを試してみてください.(Biopythonが必要です)

#!/usr/bin/python
#
# Masahito Ohue
# python pdbclean.py pdbfile

import os
import sys
import Bio
from Bio.PDB import *

# delete terminal of rows
PDB = sys.argv[1]
fp = open(PDB, 'r')
line = fp.readlines()
fp.close()
fp = open(PDB, 'w')
for l in line:
    fp.write(l[0:67]+"\n")
fp.close()

# add element columns by biopython
parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("test1", PDB) 

io = PDBIO()
io.set_structure(str)
io.save(sys.argv[1])

これで

$ python pdbclean.py protein.pdb

とするとprotein.pdbが綺麗になっています(上書き注意).

注意

  • ATOM行,HETATM行以外は知りません.
  • エレメント列周辺を消してからbiopythonで自動的にエレメント列を付けます.
  • 色々大事な情報が消えるかもしれません.

トップ   編集 凍結 差分 バックアップ 添付 複製 名前変更 リロード   新規 一覧 単語検索 最終更新   ヘルプ   最終更新のRSS
Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (342d)