PDB toolbox

PDBのchain名を変える

その名の通り.chain名を揃えたいときなどに使う.

change_chainname.py
#!/usr/bin/python

import re
import sys 

if (len(sys.argv) != 4):
    print 'Usage: # python %s [pdbfile] [target chain name] [new chain name]' % sys.argv[0]
    quit()

id = sys.argv[1][0:4]
fp = open(sys.argv[1])
pdb = fp.read()
fp.close()

pdb = pdb.rstrip("\n")
pdb = pdb.split("\n") 

fc = open(sys.argv[1], "w")
for ll in pdb:
    l = ll
    if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
        continue
    if l[17:20] == 'HOH':
        continue
    if l[21] != sys.argv[2]:
        fc.write(l + "\n")
        continue
    fc.write(l[:21] + sys.argv[3] + l[22:] + "\n")  

fc.close()

使い方

python change_chainname.py 対象のPDB 対象のチェイン名 変更後のチェイン名
python change_chainname.py 1CGI.pdb E K

(1CGI.pdbのチェインEの名前をKに変更する)


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Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (342d)