TSUBAME上にBiopython 1.61をインストールする方法 †TSUBAMEにはnumpyが入っているので,そのままインストールできる. python setup.py build python setup.py test python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE
マニュアル †チュートリアル その他
PDBの操作例 †import Bio from Bio.PDB import * parser = PDBParser() str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb) for model in str.get.list(): for chain in model.get_list(): for residue in chain.get_list(): residue.get_resname() for atom in residue.get_list(): atom.get_name() 原子間距離 †atomオブジェクトの変数a1とa2に対し, d = a1 - a2 で距離d[Å]が得られる. |