PDB toolbox

TSUBAME上にBiopython 1.61をインストールする方法

TSUBAMEにはnumpyが入っているので,そのままインストールできる.

python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE
  • パスを通す
    (例)
    export PYTHONPATH=/home/usr5/A2600088/src/biopython/lib64/python2.6/site-packages:$PYTHONPATH
    

マニュアル

チュートリアル

その他

PDBの操作例

import Bio
from Bio.PDB import *

parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb)

for model in str.get.list():
   for chain in model.get_list():
      for residue in chain.get_list():
         residue.get_resname()
         for atom in residue.get_list():
            atom.get_name()

原子間距離

atomオブジェクトの変数a1とa2に対し,

d = a1 - a2

で距離d[Å]が得られる.


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Last-modified: 2018-04-16 (月) 16:53:53 (342d)