大上雅史 / Masahito OHUE †
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1987年生まれ，石川県出身．
E-Mail:
所属 †
東京工業大学 大学院情報理工学研究科
計算工学専攻 博士後期課程2年
秋山研究室
日本学術振興会 特別研究員(DC1)
経歴 †
研究成果 †
論文誌 †
- Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell,
Omar N. A. Demerdash, Mayuko Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin Zacharias,
Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon,
Jerome Aze, Seren Soner, Sefik Kerem Oval., Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Turkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven,
Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Perez-Cano, Carles Pons, Juan Fernandez-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong,
Libin Cao, Xianjin Xu, Bin Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak Guharoy,
Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao, Nir London, Zohar Itzhaki,
Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Patapov, Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori,
Daron M. Standley, Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica L. Morgan,
Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L. Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Weiyi Zhang,
Carlos J. Camacho, Krishna P. Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga,
Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis Fouches,
Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodriguez, Daisuke Kihara,
P. Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou, Shoshana J. Wodak,
Joel Janin and David Baker: "Community-Wide Assessment of Protein-Interface Modeling Suggests Improvements to Design Methodology",
Journal of Molecular Biology, 414(2), 289-302, Nov 25 2011. [ PubMed ]
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions",
Genome Informatics, 25(1), 25-39, Aug 3 2011. [ PubMed | J-stage ]
- 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山 泰: “MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会論文誌 数理モデル化と応用, 3(3): 91-106, 2010.
国際会議（口頭発表） †
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Development of a Protein-RNA Interaction Prediction Method Based on a Docking Calculation",
The 2010 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2010), T02/P077, Dec 2010.
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "In silico prediction of PPI network with structure-based all-to-all docking", InCoB2010 - the 9th International Conference on Bioinformatics (poster selected for short talk), #143, Sep 2010.
招待講演 †
- Masahito Ohue, "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system based on tertiary structures information", IIT Madras-Tokyo Tech Joint Workshop on Bioinformatics and Large Scale Data Analysis, Indian Institute of Technology Madras, Jul 15-16 2011.
研究報告 †
- 大上雅史，松崎由理，内古閑伸之，石田貴士，秋山 泰:“ドッキング計算に基づく網羅的タンパク質-RNA間相互作用予測”，情報処理学会研究報告，2011-BIO-25(30): 1-8，June 2011．
- 山本航平，大上雅史，内古閑伸之，松崎由理，石田貴士，秋山 泰:“タンパク質間相互作用予測における可視化手法の開発および予測精度の改善”，情報処理学会研究報告，2011-BIO-25(31): 1-8，June 2011．
- 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山 泰:“MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会研究報告, 2010-MPS-78(3): 1-9, May 2010.
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山 泰: “リランキングを用いたタンパク質ドッキングの精度向上と網羅的タンパク質間相互作用予測への応用
”, 情報処理学会研究報告, 2010-BIO-20(3): 1-8, Mar 2010.
- 松崎裕介, 大上雅史, 松崎由理, 佐藤智之, 関嶋政和, 秋山 泰: “タンパク質の特性に基づくunboundドッキングのための剛体予測手法の改良
”, 情報処理学会研究報告, 2010-BIO-20(4): 1-8, Mar 2010.
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山 泰: “網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-18(3): 1-8, Sep 2009.
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山 泰: “物理化学的相互作用の導入による網羅的タンパク質間相互作用予測システムの高精度化”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-17(11): 1-8, May 2009.
国際会議（査読無） †
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein Complex Structure Prediction with Normal Mode Ensemble and Physical Docking", Bioinformatics week in Odaiba 2011 (BiWO2011), Jan 2012. (Poster)
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Bound state structure estimation of protein-protein complex using rigid-body protein-protein docking method", The 10th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC2012), Jan 2012. (Poster)
- Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Binding Conformation Prediction of a Protein Complex Using Physical Docking", GCOE Compview Final Symposium (Preliminary event of ISAAC 2011), Dec 2011. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: a Fast Protein-protein Interaction Prediction System by Exhaustive Docking", 12th International Conference on Systems Biology (ICSB 2011), Sep 2011. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: A fast protein-protein interaction prediction system by exhaustive docking, The 9th International Workshop on Advanced Genomics, Jul 2011. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, "Exhaustive protein-protein interaction prediction with MEGADOCK and its application to signaling pathway estimation", Asia Hub for eDrug Discovery (AHeDD) Symoposium 2010, Dec 2010. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A computational screening system of protein-protein interactions:
connecting protein structural information to biological pathway
estimation", 11th International Conference on Systems Biology (ICSB 2010), Oct 2010. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A Computational Screening System of Protein-protein Interactions:
Connecting Structural Information to Pathway Estimation", The 2nd Bio Super Computing Symposium (BSCS2), Poster no.51, Mar 2010. (Poster)
- Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system - Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking", The 2nd Bio Super Computing Symposium (BSCS2), Poster no.55, Mar 2010. (Poster)
- Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK", The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009), Poster No. 033, Dec 2009. (Poster)
- Masahito Ohue, Yusuke Matsuzaki, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama: "Improvement of all-to-all protein-protein interaction prediction system MEGADOCK", CBI-KSBSB JOINT CONFERENCE (Bioinfo2009), P10-101, Nov 2009. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "A Computational Screening System of Protein-protein Interactions Using Tertiary Structure Data: an Application to Signaling Pathway Analysis, CBI-KSBSB JOINT CONFERENCE (Bioinfo2009), P11-114, Nov 2009. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: "In silico screening of protein-protein interactions with all-to-all rigid docking and clustering: an application to pathway analysis", The 10th International Conference on Systems Biology (ICSB2009), Sep 2009. (Poster)
- Yuri Matsuzaki, Yusuke Matsuzaki, Masahito Ohue, Toshiyuki Sato, Yutaka Akiyama: “A computational screening system of protein-protein interactions using tertiary structure data: with application to pathway analysis”, Joint Computational Science Workshop 2009, Jul 2009. (Poster)
国内会議（査読無） †
- 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 秋山泰："網羅的タンパク質ドッキング解析プログラムMEGADOCKの開発と応用"，文部科学省「革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ（HPCI）の構築」 次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発（ナノ）次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発（ライフ）公開シンポジウム, Mar 2012.
- 内古閑伸之，松崎由理，大上雅史，広川貴次，秋山泰："相互作用プロファイルを用いたタンパク質間ドッキングの代表相互作用の探索"，第49回日本生物物理学会年会，Sep 2011．（口頭発表）
- 大上雅史，山本航平，松崎由理，内古賀伸之，石田貴士，秋山 泰："MEGADOCK：構造情報からの相互作用ネットワーク予測"，生命情報科学若手の会第3回研究会，Oct 2011．（口頭発表）
- 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰:“立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法”，第73回情報処理学会全国大会，1ZF-8，Mar 2011．（口頭発表）
- 山本航平，大上雅史，松崎由理，石田貴士，秋山 泰:“タンパク質ドッキング計算結果の可視化とその解析”，第73回情報処理学会全国大会，1ZF-4，Mar 2011．（口頭発表）
- 松崎由理, 内古閑伸之, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰："MEGADOCKを用いたタンパク質間相互作用予測のシグナル伝達系への応用"，第3回 バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, Feb 2011．（ポスター発表）
- 大上雅史，松崎由理，内古閑伸之，石田貴士，秋山 泰：“タンパク質とRNAの立体構造に基づいた網羅的計算による相互作用予測”，2011年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム(HPCS2011)，P1-6，Jan 2011．（ポスター発表）
- 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰：“立体構造情報を用いた網羅的計算によるタンパク質間相互作用ネットワーク予測”, 生命情報科学若手の会第2回研究会，Sep 2010．（口頭発表）
- 大上雅史：“MEGADOCKにおける評価関数の改良とリランキングの導入”，第10回データ解析融合ワークショップ，Mar 2010．（口頭発表）
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山 泰: “エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案”, 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), E4-4, Mar 2010.
（口頭・ポスター発表）
- 松崎由理, 松崎裕介, 大上雅史, 佐藤智之, 秋山 泰: “ドッキング後処理によるPPI検出システムの応用と評価〜EGFRシグナル伝達系への適用にむけて”, 第8回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, 東京, Mar 2009. （口頭発表）
- 大上雅史, 松崎裕介, 佐藤智之, 松崎由理, 秋山 泰: “物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測の高精度化”, 第8回データ解析融合ワークショップ（公開ワークショップ）, 東京, Mar 2009. （口頭発表）
- 大上雅史, 越野亮:“遺伝子発現データ解析のための新しい属性選択手法の提案”，電気関係学会北陸支部学生会主催平成18年度学生による研究発表会，F-1，March 2007．
- 大上雅史, 越野亮:“遺伝子発現データ解析における遺伝子偏差を用いた前処理方法の提案”，第69回情報処理学会全国大会，1M-7，Mar 2007．（口頭発表）
- 大上雅史, 越野亮:“決定木による白血病遺伝子の自動分類ルールの抽出”，平成18年度電気関係学会北陸支部連合大会，F-57，Sep 2006．（口頭発表）
記事 †
- 秋山 泰，松崎由理，内古閑 伸之，大上雅史，"MEGADOCKによる網羅的タンパク質間相互作用予測"，Bio Supercomputing Newsletter，Vol.3，2010．
- 松崎由理，大上雅史，内古閑伸之，石田貴士，秋山 泰，"MEGADOCKによるタンパク質間相互作用予測〜システム生物学への応用〜"，TSUBAME e-Science Journal，vol.2，pp.14-18，2010．
- 大上雅史, "リレー紹介：日本のバイオインフォマティクス研究室"，日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第20号，pp.16-17，2010．
その他 †
- 大上雅史，"MEGADOCK：タンパク質構造から相互作用ネットワーク予測へ"，バイオスーパーコンピューティングサマースクール2011，2011 9/26〜27（ポスター発表）
- 大上雅史，"立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測"，第51回生命科学若手の会夏の学校，2011 9/2〜4（ポスター発表）
- 大上雅史，"MEGADOCK：タンパク質構造からネットワーク予測へ"，第51回生物物理若手の会夏の学校，2011 8/25〜28（ポスター発表）
- 大上雅史，"ファンド獲得への第一歩を踏み出すために"，生物物理若手の会関東支部セミナー，2011 3/26.
- 大上雅史，"サクソフォンカルテットの世界"，高専カンファレンス2010秋 in 東京(kosenconf-014) アンカンファレンス発表(kc3)，2010 10/2．
- 大上雅史，"タンパク質ドッキング計算を利用した網羅的タンパク質間相互作用予測
"，第50回生物物理若手の会夏の学校，2010 9/3〜6（ポスター発表）
- 大上雅史，"バイオ高専"，高専カンファレンス in 石川(kosenconf-017) 一般発表，2010 8/7．
- 大上雅史，"立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測"，第29回タンパク質・核酸構造理論勉強会，2010 7/9〜11（口頭発表）
- 大上雅史，"MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的PPI予測"，生命体統合シミュレーションサマースクール2010，2010 7/5〜7（ポスター発表）
- 情報処理学会第73回全国大会学生奨励賞（2011）
- 大上雅史, 松崎由理, 秋山 泰:“立体構造情報を用いたドッキング計算による大規模タンパク質-RNA間相互作用予測手法”，第73回情報処理学会全国大会，1ZF-8，Mar 2011．
- 情報処理学会数理モデル化と問題解決研究会プレゼンテーション賞（2010）
- 大上雅史, 松崎由理, 松崎裕介, 佐藤智之, 秋山 泰:“MEGADOCK：立体構造情報からの網羅的タンパク質間相互作用予測とそのシステム生物学への応用”, 情報処理学会研究報告, 2010-MPS-78(3): 1-9, May 2010.
- DEIM2010 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム 学生奨励賞（2010）
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 佐藤智之, 秋山 泰: “エネルギー計算に基づくリランキングとクラスタリングを用いた網羅的タンパク質間相互作用予測手法の提案”, 第2回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム(DEIM2010), E4-4, Mar 2010.
- 2009年SIGBIO学生奨励賞（2010）
- 大上雅史, 松崎裕介, 松崎由理, 秋山 泰: “網羅的タンパク質間相互作用予測システムにおける判別精度の改良”, 情報処理学会研究報告, 2009-BIO-18(3): 1-8, Sep 2009.
- 石川工業高等専門学校 電子情報工学科 学業成績優秀賞（首席卒業）（2007）
- 電子情報通信学会北陸支部 学生優秀論文発表賞（2006）
- 大上雅史, 越野亮:“決定木による白血病遺伝子の自動分類ルールの抽出”，平成18年度電気関係学会北陸支部連合大会，F-57，Sep 2006．
学位論文 †
- 修士論文：立体構造情報に基づく網羅的タンパク質間相互作用予測に関する研究，東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻（修士(工学)）
- 学士論文：物理化学的相互作用の導入によるタンパク質間相互作用予測の高精度化，東京工業大学 工学部 情報工学科
- 準学士論文：遺伝子発現データ解析のための新しい属性選択手法の提案，石川工業高等専門学校電子情報工学科
所属学会・研究会 †
興味 †
- バイオインフォマティクス
- タンパク質間相互作用（Protein-Protein Interaction）
- 生物物理学
- 構造生物学
- システム生物学
- 機械学習
- データマイニング
吹奏楽，サクソフォンアンサンブル，編曲，麻雀，音楽ゲーム
保有資格 †
- 第１種普通自動車免許（現中型）
- 初級システムアドミニストレータ
- 基本情報技術者
- ソフトウェア開発技術者
- JSBi認定バイオインフォマティクス技術者
- ディジタル技術検定1級情報部門
- ディジタル技術検定2級制御部門
- ヤマハエレクトーン演奏グレード6級
連絡先 †
〒152-8552 東京都目黒区大岡山2-12-1 W8-76
Tel: 03-5734-3645, Fax: 03-5734-3646
E-Mail:
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