超並列計算によるタンパク質ドッキングソフトウェア

必要なもの

• FFTW3 - http://www.fftw.org
  FFTW3をコンパイルする際には--enable-floatフラグを付けてください．(FAQも参照のこと).
• OpenMPI - http://www.open-mpi.org (MPIによるマルチノード実行を利用の場合)
  
• CUDA Toolkit ver >= 5.0 - https://developer.nvidia.com/cuda-zone (GPUを利用の場合)
  
• GPU Computing SDK code samples (CUDA SDK, same version as CUDA Toolkit) - https://developer.nvidia.com/cuda-zone (GPUを利用の場合)

インストール方法

MEGADOCK 4.0を利用する環境によってインストール方法が異なります．(a) GPUクラスタ, (b) CPUクラスタ, (c) 単一GPUノード, (d) 単一CPUノード　のうち該当する箇所に沿ってインストールして下さい．

(a) GPUクラスタ (複数のGPU計算ノードを利用する場合．GPU, MPI & OpenMPハイブリッド並列．)

tarの解凍

      $ tar xzf megadock-4.1.1.tgz
      $ cd megadock-4.1.1

Makefileの編集
Makefileの該当箇所を以下に沿って編集して下さい．（CUDAやFFTWのパスをそれぞれ確認して適切なものを入力して下さい．）

    CUDA_INSTALL_PATH ?= your/cuda/toolkit/install/path # default: /usr/local/cuda
    CUDA_SAMPLES_PATH ?= your/cuda/sdk/install/path     # default: /usr/local/cuda/samples
    FFTW_INSTALL_PATH ?= your/fftw/library/install/path # default: /usr/local
    CPPCOMPILER       ?= g++                            # default: g++ (or icpc, others)
    MPICOMPILER       ?= mpicxx                         # default: mpicxx (or others)
    OPTIMIZATION      ?= -O3                            # 
    OMPFLAG           ?= -fopenmp                       # default: -fopenmp (g++), or -openmp, -qopenmp (intel)

コンパイル

      $ make

megadock-gpu-dpという名前のバイナリファイルが生成されます．

(b) CPUクラスタ (複数のCPU計算ノードを利用する場合．MPI & OpenMPハイブリッド並列．)

tarの解凍

      $ tar xzf megadock-4.1.1.tgz
      $ cd megadock-4.1.1

Makefileの編集
Makefileの該当箇所を以下に沿って編集して下さい．（FFTWのパスを確認して適切なものを入力して下さい．）

    FFTW_INSTALL_PATH ?= your/fftw/library/install/path # default: /usr/local
    CPPCOMPILER       ?= g++                            # default: g++ (or icpc, others)
    MPICOMPILER       ?= mpicxx                         # default: mpicxx (or others)
    OPTIMIZATION      ?= -O3                            # 
    OMPFLAG           ?= -fopenmp                       # default: -fopenmp (g++), or -openmp, -qopenmp (intel)
    
    USE_GPU := 0 

コンパイル

      $ make

megadock-dpという名前のバイナリファイルが生成されます．

(c) GPU単一ノード (GPUを搭載した計算ノード，PCなど．CUDAとOpenMPによるスレッド並列．)

tarの解凍

      $ tar xzf megadock-4.1.1.tgz
      $ cd megadock-4.1.1

Makefileの編集
Makefileの該当箇所を以下に沿って編集して下さい．（CUDAやFFTWのパスをそれぞれ確認して適切なものを入力して下さい．）

    CUDA_INSTALL_PATH ?= your/cuda/toolkit/install/path # default: /usr/local/cuda
    CUDA_SAMPLES_PATH ?= your/cuda/sdk/install/path     # default: /usr/local/cuda/samples
    FFTW_INSTALL_PATH ?= your/fftw/library/install/path # default: /usr/local
    CPPCOMPILER       ?= g++                            # default: g++ (or icpc, others)
    OPTIMIZATION      ?= -O3                            # 
    OMPFLAG           ?= -fopenmp                       # default: -fopenmp (g++), or -openmp, -qopenmp (intel)
    
    USE_MPI := 0 

コンパイル

      $ make

megadock-gpuという名前のバイナリファイルが生成されます．

(d) CPU単一ノード (通常のPCなど．OpenMPによるスレッド並列．)

tarの解凍

      $ tar xzf megadock-4.1.1.tgz
      $ cd megadock-4.1.1

Makefileの編集
Makefileの該当箇所を以下に沿って編集して下さい．（FFTWのパスを確認して適切なものを入力して下さい．）

    FFTW_INSTALL_PATH ?= your/fftw/library/install/path # default: /usr/local
    CPPCOMPILER       ?= g++                            # default: g++ (or icpc, others)
    OPTIMIZATION      ?= -O3                            # 
    OMPFLAG           ?= -fopenmp                       # default: -fopenmp (g++), or -openmp, -qopenmp (intel)

    USE_GPU := 0
    USE_MPI := 0

コンパイル

      $ make

megadockという名前のバイナリファイルが生成されます．