MEGADOCK 4.0 - Akiyama Lab.

FAQ

1. `megadock-gpu-dp`または`megadock-gpu`を実行したときに以下のエラーが出る

error while loading shared libraries: libcudart.so.{ver}: cannot open shared object file: No such file or directory

A: 恐らくCUDAのライブラリのパスの指定がうまくいっていません．環境変数$LD_LIBRARY_PATHにパスを追加して下さい．例：

$ export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}

2. 対応しているCUDAのバージョンは？ (GPU利用時のみ)

A: MEGADOCK 4.0はCUDA 5.0, 5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5で動作を確認しています．

3. 実行終了時にMPI_ABORTが起きる (MPI利用時のみ)

A: MEGADOCKのMPIによる並列実行はMPI ABORTを出力して終了するようになっています．ログファイル master.log (または-lgで指定したファイル) を確認して全てのドッキング計算が正常に終了していることを確認して下さい．

4. FFTW3のインストール方法がわからない

A: FFTWのサイト ( fftw.org) からFFTW3の最新バージョンをダウンロードします．その後，インストールを以下のように行います．

 $ tar xzf fftw-3.X.X.tar.gz
 $ cd fftw-3.X.X
 $ ./configure --enable-float --enable-sse2 --prefix=/as/you/like
  (SIMD化が効く場合，--enable-sse, --enable-sse2, --enable-avx オプションによってSSE, SSE2またはAVXを有効にすると性能向上が見込めます．ご利用のCPUの命令セットを確認して対応するオプションをお使い下さい．)
  (インテルコンパイラを利用の場合は オプションに "CC=icc" を追加してください．)
 $ make
 $ make check
 $ make install

上記のインストールの場合， FFTW_INSTALL_PATH は /as/you/like になります．MEGADOCKの Makefile の編集時にこのパスを記述します．

FFTW_INSTALL_PATH ?= /as/you/like

5. ドッキングスコアの値がCPUとGPUで微妙に変わる

A: GPUの演算精度等の関係で，CPUとGPUでは結果に差異が生じますが，その差はおよそ0.001%ほど（ドッキングスコアの値で0.01～0.02程度）であり，ドッキング結果に影響はほとんどありません．

6. MEGADOCK 4.0はフリーソフトウェアですか？

A: はい，MEGADOCK 4.0はGPLv3ライセンスのもと，研究等の非商用用途であれば自由にご利用頂けます．MEGADOCK 4.0の参考文献は以下の論文になります．MEGADOCK 4.0を利用した論文等を出版の際には，以下を引用頂ければ幸いです．

Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0 : an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers. Bioinformatics. 30(22): 3281-3283, 2014.

7. 旧バージョンのMEGADOCKは使えますか？

A: はい，旧バージョンも以下のリンクより取得できます．が，バグフィックスなどのメンテナンスは最新バージョンでのみ行われておりますので，MEGADOCK 4.0の最新バージョンの利用を推奨します．

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