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大上雅史 / Masahito OHUE †

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博士（工学）

1987年生まれ，石川県出身．

Curriculum Vitae (2017/11/11 update)

Email: ohue (at) c.titech.ac.jp

* (at)は@に置換してください．

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所属 †

東京工業大学情報理工学院情報工学系助教
東京工業大学科学技術創成研究院スマート創薬研究ユニット兼担
東京工業大学中分子IT創薬研究推進体構成員

東京工業大学情報理工学院情報工学系秋山研究室
東京工業大学科学技術創成研究院スマート創薬研究ユニット
東京工業大学中分子IT創薬研究推進体

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News †

2018/4/1　科研費若手研究に採択されました。
- 日本学術振興会科研費若手研究，「ミトコンドリアを取り巻く未知のインタラクトームの予測と実証」，18K18149, 2018年4月-2021年3月，代表: 大上雅史．
- 日本学術振興会科研費基盤研究(C)，「ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化」，18K11523, 2018年4月-2021年3月，代表: 山本一樹、分担者：大上雅史、森脇由隆．

2018/1/19　日経産業新聞2018年1月19日(金)版の6面に「たんぱく質の相互作用予測、東工大が手法確立創薬に応用期待」として大上らの成果が掲載されました。大上のコメントも掲載されています。

2018/1/18　情報処理学会第80回全国大会で行われるイベントIPSJ-ONEで大上が口頭発表を行います。また、学生セッションで1件の共著発表を行います。
- 大上雅史: "出会い系タンパク質を探す旅", 情報処理学会第80回全国大会, IPSJ-ONE (4), 早稲田大学 3/15, 2018. (招待講演)
- 飯野翼, 大上雅史, 秋山泰, 清水佳奈: "タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム", 情報処理学会第80回全国大会, 7ZF-01, 3/15, 2018.

2017/12/18　Artificial Life and Robotics誌に論文がアクセプトされました。
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "PKRank: A novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM", Artificial Life and Robotics. (accepted)
2017/11/21　Journal of Molecular Graphics and Modelling誌に論文がアクセプトされました。
- Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue, Masakazu Sekijima: Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach, Journal of Molecular Graphics and Modelling. (accepted)
2017/11/10　国際会議4th IITM-TokyoTech Joint Symposiumで招待講演を行いました。また、2件のポスター発表を行いました。
2017/10/7　国際会議APBC2018に論文が２報アクセプトされました。
- Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue*, Yutaka Akiyama*: MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions, BMC Bioinformatics (APBC2018). (accepted)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Rikuto Kubota, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm, Computational Biology and Chemistry (APBC2018). (accepted)
2017/10/6　生命情報科学若手の会第９回研究会に参加します。
2017/9/5　国際会議IEEE ICCABS2017に論文がアクセプトされました。
- Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction, Proc. ICCABS2017. (accepted)
2017/6/19　情報処理学会第50回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
- 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰: "フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(39), 1-8, 6/25 2017．
- 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰: "タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(40), 1-8, 6/25 2017．
- 伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰: "歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(41), 1-6, 6/25 2017.
- 山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰: "高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(42), 1-6, 6/25 2017.

2017/4/3　研究分担者として参加する科研費基盤研究(B)に採択されました。（中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発、代表者：秋山泰）

2017/4/1　日本学術振興会-フランス外務省二国間交流事業共同研究 SAKURAプログラムに採択されました。（2017年4月-2019年3月, 代表. (2,000千円)）

2017/3/23　情報処理学会第49回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
- 大上雅史，山本悠生，秋山泰: "Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(4), 1-3, 3/23 2017．
- 柳澤渓甫，大上雅史，石田貴士, 秋山泰: "標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(6), 1-8, 3/23 2017．
- 青山建人, 山本悠生，大上雅史，秋山泰: "コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(3), 1-8, 3/23 2017．

2017/3/6　人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集：「日本のAI 元気な若手の動き」に記事が掲載されました。
- 堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史: "生命情報科学若手の会", 人工知能, 32(2), 270-271, 2017.
  [ JSAI ] (Open Access)

2016/12/12　国際会議AROB2017に論文が採択されました．共同研究者が口頭発表を行います．
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data", In Proceedings of 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 22nd 2017), 2017.

2016/10/28　CBI学会2016年大会で，共著のポスター発表がポスター賞を受賞しました．
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)

2016/9/16　CBI学会2016年大会で2件のポスター発表と1件のフォーカストセッション発表，フォーカストセッション運営，ACDDユニットキックオフシンポジウムの運営をします．
- 大上雅史, "構造情報に基づくタンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK", CBI学会2016年大会, FS-07 バイオインフォマティクスとその医学応用・第4回オミックス解析における実務者意見交換会, 10/27 2016.（口頭発表）
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds", CBI学会2016年大会, P2-19, 10/26-28 2016. (poster)

2016/8/18　第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）でBoFセッション「薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 ― 人智と計算の融合の可能性を探る」 (9/29 13:30-15:00) を主催します．
また，以下の7件のポスター発表を行います．(http://www.jsbi.org/iibmp2016/program_poster )
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P64, 2016. (poster)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P65, 2016. (poster)
- Masahito Ohue, Yuki YAmamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P52, 2016. (poster)
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P69, 2016. (poster)
- Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P57, 2016. (poster)
- Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P25, 2016. (poster)
- Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama: "Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P59, 2016. (poster)

2016/7/25　国際会議GIW2016にfull paperが採録されました．(2016/10/3-5 於上海, 中国)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", In Proceedings of The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016), 2016.

2016/7/15　平成28年度東工大基金による「研究の種発掘」支援に採択されました． Link

2016/7/13　第30回リバネス研究費マイクロソフト賞に採択されました．

過去のニュース

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