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大上 雅史 / Masahito OHUE †
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博士（工学）
1987年生まれ，石川県出身．
Curriculum Vitae (2018/8/29 update)
Email: ohue (at) c.titech.ac.jp
* (at)は@に置換してください．
所属 †
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 助教
東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニット 兼担
東京工業大学 中分子IT創薬研究推進体 構成員
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系 秋山研究室
東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニット
東京工業大学 中分子IT創薬研究推進体
News †
- 2019/4/9 平成31年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞を受賞しました。（対象業績：「生体内のタンパク質等の相互作用の網羅的な予測研究」 ）
- 2019/2/16 情報処理学会第57回バイオ情報学研究会で4件の発表を行います。
- 黄毅聰, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "拡張サンプリング法による環状ペプチドの膜透過性予測システムの開発", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(10), 1-8, 3/11 2019.
- 伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "分子グラフ上の距離を考慮したグラフ畳込みニューラルネットワークによる化合物活性予測", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(11), 1-8, 3/11 2019.
- 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰: "代表タンパク質群との構造アラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(12), 1-7, 3/11 2019.
- 山田雄太, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "機械学習を用いた環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(13), 1-8, 3/11 2019.
- 2018/10/31 河合塾みらいぶプラスにて大上の研究が紹介されました。
- 2018/9/27 Asia Hub e-Drug Discovery Symposium 2018 (AHeDD 2018) (2018/9/26-29) でinvited talkを行いました。
- 2018/9/21 科学新聞で大上らの研究の取り組みが紹介されました。
- 2018/9/16 日本生物物理学会 若手招待講演賞を受賞しました。（発表題目：スーパーコンピューティングによる網羅的タンパク質間相互作用予測法の開発と予測結果データベースの公開）
- 2018/8/9 第56回日本生物物理学会年会 2018/9/15-17 で以下の発表を行います。
- Masahito Ohue, Takanori Hayashi, Hiroki Watanabe, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama: "Supercomputing-based exhaustive protein-protein interaction prediction and its open database", The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 1YB0915, 2018/9/15. （招待講演）
- 大上雅史, 林孝紀, 渡辺紘生, 松崎由理, 内古閑伸之, 秋山泰: "スーパーコンピューティングによる網羅的タンパク質間相互作用予測法の開発と予測結果データベースの公開", 第56回日本生物物理学会年会, 1C1448, 2018/9/15.（口頭発表）
- 林孝紀, 大上雅史, Juliette Martin, Guillaume Launay, 松崎由理, 内古閑伸之, 秋山泰: "タンパク質複合体構造モデリングの評価のためのベンチマークデータセット", 第56回日本生物物理学会年会, 3Pos201, 2018/9/17.（ポスター発表）
- 2018/7/31 第41回日本分子生物学会年会 2018/11/28-30 で以下のワークショップ発表を行います。
- 大上雅史: "新しい創薬標的の探索を支えるインフォマティクス技術", 第41回日本分子生物学会年会, 2PW1-11, 2018/11/29.（口頭発表）
- 2018/7/31 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018） 2018/9/19-21 で以下のポスター発表を行います。
- Takanori Hayashi, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "代表タンパク質構造群とのアラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
- Yicong Huang, Yasushi Yoshikawa, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama:"Construction of membrane permeability prediction system for cyclic peptides using enhanced sampling molecular dynamics simulation", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
- Kento Aoyama, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Performance Improvements of PPI Prediction Software by Tuning GPU Device Allocation on Multi-GPU Environments", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
- 伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "大域的化合物特徴を表現するグラフ畳込みニューラルネットワーク", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
- 2018/7/14 東工大挑戦的研究賞の受賞が決定しました。（研究課題名：細胞内PPI阻害を可能にするin silico中分子設計技術の開発）
- 2018/5/16 情報処理学会第54回バイオ情報学研究会@OISTで4件の共著発表を行います。
- 久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(42), 1-7, 6/16 2018.
- 多治見隆志, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(45), 1-7, 6/16 2018.
- 渡辺紘生, 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰: "ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(46), 1-8, 6/16 2018.
- 青山健人, 大上雅史, 秋山泰: "生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(47), 1-7, 6/16 2018.
- 2018/5/8 第1回RWBC-OIL Workshopで口頭発表を行いました。
- 2018/4/1 科研費 若手研究（代表）、基盤研究(C)（分担）に採択されました。
- 日本学術振興会 科研費 若手研究，「ミトコンドリアを取り巻く未知のインタラクトームの予測と実証」，18K18149, 2018年4月-2021年3月，代表: 大上雅史．
- 日本学術振興会 科研費 基盤研究(C)，「ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化」，18K11523, 2018年4月-2021年3月，代表: 山本一樹、分担：大上雅史、森脇由隆．
- 2018/1/19 日経産業新聞2018年1月19日(金)版の6面に「たんぱく質の相互作用予測、東工大が手法確立 創薬に応用期待」として大上らの成果が掲載されました。大上のコメントも掲載されています。
- 2018/1/18 情報処理学会第80回全国大会で行われるイベントIPSJ-ONEで大上が口頭発表を行います。また、学生セッションで1件の共著発表を行います。
- 大上雅史: "出会い系タンパク質を探す旅", 情報処理学会第80回全国大会, IPSJ-ONE (4), 早稲田大学 3/15, 2018. (招待講演)
- 飯野翼, 大上雅史, 秋山泰, 清水佳奈: "タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム", 情報処理学会第80回全国大会, 7ZF-01, 3/15, 2018.
- 2017/12/18 Artificial Life and Robotics誌に論文がアクセプトされました。
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "PKRank: A novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM", Artificial Life and Robotics. (accepted)
- 2017/11/21 Journal of Molecular Graphics and Modelling誌に論文がアクセプトされました。
- Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue, Masakazu Sekijima: Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach, Journal of Molecular Graphics and Modelling. (accepted)
- 2017/11/10 国際会議4th IITM-TokyoTech Joint Symposiumで招待講演を行いました。また、2件のポスター発表を行いました。
- 2017/10/7 国際会議APBC2018に論文が２報アクセプトされました。
- Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue*, Yutaka Akiyama*: MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions, BMC Bioinformatics (APBC2018). (accepted)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Rikuto Kubota, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm, Computational Biology and Chemistry (APBC2018). (accepted)
- 2017/10/6 生命情報科学若手の会第９回研究会に参加します。
- 2017/9/5 国際会議IEEE ICCABS2017に論文がアクセプトされました。
- Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction, Proc. ICCABS2017. (accepted)
- 2017/6/19 情報処理学会第50回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
- 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰: "フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(39), 1-8, 6/25 2017．
- 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰: "タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(40), 1-8, 6/25 2017．
- 伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰: "歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(41), 1-6, 6/25 2017.
- 山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰: "高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(42), 1-6, 6/25 2017.
- 2017/4/3 研究分担者として参加する科研費 基盤研究(B)に採択されました。（中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発、代表者：秋山泰）
- 2017/4/1 日本学術振興会-フランス外務省 二国間交流事業 共同研究 SAKURAプログラムに採択されました。（2017年4月-2019年3月, 代表. (2,000千円)）
過去のニュース
連絡先 †
〒152-8550 東京都目黒区大岡山2-12-1 W8-76
Tel: 03-5734-3645, Fax: 03-5734-3646
Email: ohue (at) c.titech.ac.jp
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last modified: 2025-02-15 (土) 11:36:34
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