超並列計算によるタンパク質ドッキングソフトウェア

はじめに

MEGADOCK 4.0は高速フーリエ変換を用いたグリッドに基づくタンパク質ドッキングを行う構造バイオインフォマティクスソフトウェアです．NVIDIAのCUDAで記述されており，複数のGPUが搭載されたノードを利用でき，かつマルチノード実行が可能です．

ダウンロード

version 4.1.1: megadock-4.1.1.tgz
(2019/4/17 更新：ドッキングスコアのソートアルゴリズムを変更しました）
GitHub リポジトリはこちら．
(旧バージョンのMEGADOCKは現在のバージョンに統合されていますが，必要な場合はそれぞれダウンロードしてください．)

必要なもの

• FFTW3 - http://www.fftw.org
  FFTW3をコンパイルする際には--enable-floatフラグを付けてください．(FAQも参照のこと).
• OpenMPI - http://www.open-mpi.org (MPIによるマルチノード実行を利用の場合)
  
• CUDA Toolkit ver >= 5.0 - https://developer.nvidia.com/cuda-zone (GPUを利用の場合)
  
• GPU Computing SDK code samples (CUDA SDK, same version as CUDA Toolkit) - https://developer.nvidia.com/cuda-zone (GPUを利用の場合)

ライセンス

MEGADOCKはGNU General Public Licence version 3 (GPLv3) のオープンソースソフトウェアです．

参考文献

Masahito Ohue, Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK 4.0: an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers, Bioinformatics. 30(22): 3281-3283, 2014.

連絡先

問い合わせやバグの報告などは以下のアドレスまで．
megadock @ bi.cs.* (* を titech.ac.jp に変更して下さい．)