MEGADOCK - Akiyama Lab.

English/Japanese

大規模タンパク質間相互作用予測のためのタンパク質間ドッキングシステム．

MEGADOCK 2.6は最新バージョン(4.0)に統合されました．
http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock/

ダウンロード

Ver. 2.6: megadock-2.6.tgz
（古いバージョンはこちら）

インストールに必要なもの

MEGADOCKはFFTW3ライブラリを用いています．FFTW3はhttp://www.fftw.org からダウンロードしてください．
FFTW3のインストール時に--enable-floatオプションを指定してください．

インストール方法

圧縮ファイルの解凍

    $ tar xzvf megadock-2.6.tgz
    $ cd megadock-2.6

Makefileの編集

C++コンパイラをCCに指定
(例：CC = g++ -fopenmp)
FFTWのヘッダファイルが含まれるディレクトリパスをCFLAGSに指定
(例：CFLAGS = -c -I/usr/local/include)
FFTWライブラリのインストール先のディレクトリパスをLDFLAGSに指定
(例：LDFLAGS = -lm -L/usr/local/lib -lfftw3f)

使用方法

例:

    $ ./megadock -R receptor.pdb -L ligand.pdb -o dock
    $ perl create.pl dock.out

注意事項:

create.plによって予測構造のPDBファイルを生成する際には， receptor.pdb，ligand.pdbがoutファイルに記述された場所にあること，及びcreate_ligがカレントディレクトリに存在している必要があります．

オプション:

　-R filename    : レセプタータンパク質のPDBファイル
　-L filename    : リガンドタンパク質のPDBファイル

　-o filename    : 出力ファイル名（.outを自動で付けます） (デフォルト："$R-$L.out")
　-O             : 詳細ファイル（[filename].detail）を出力します （デフォルト：なし）
　-N integer     : 出力される候補構造の数（デフォルト：2000）
　-t integer     : 1回転角ごとに出力される候補構造の数（デフォルト：1）
　-F integer     : FFTの点数を固定します（デフォルト：なし）
　-v float       : ボクセルサイズ（デフォルト：1.2）
　-D             : 回転角の刻み幅を6°にして計算します（54000通りの回転パターン）．このオプションを使用しない場合は15°で計算します（3600通りの回転パターン）．
　-e float       : 静電項の重み（デフォルト：1.0）
　-d float       : 疎水項の重み（デフォルト：1.0）
　-a float       : rPSC項のレセプターコアパラメータ（デフォルト：-45）
　-b float       : rPSC項のリガンドコアパラメータ（デフォルト：1）
　-f 1/2/3       : ドッキングスコアの選択
                     (1: rPSCのみ, 2: rPSC+Elec, 3: rPSC+Elec+Hydrophobic, デフォルトは3)
　-h             : ヘルプを表示します

スレッド並列化:

MEGADOCKはリガンドタンパク質の回転計算をOpenMPによって並列化しています．環境変数$OMP_NUM_THREADSにCPUコア数を指定することで， 3600ないしは54000通りの回転パターンを並列化することができます．

バージョン履歴

v2.6 : Added hydrophobic interaction score (based on [Ohue 2012]) (this version)
v2.3 : Corresponding to RNA/DNA molecules (based on [Ohue 2011])
v2.1 : rPSC+Elec score (link)
v2.0 : rPSC score
v1.0 : Katchalski-Katzir score

参考文献

Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system using tertiary structure data, Protein and Peptide Letters, 21(8), 766-778, 2014.
Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama. Improvement of the Protein-Protein Docking Prediction by Introducing a Simple Hydrophobic Interaction Model: an Application to Interaction Pathway Analysis. Lecture Note in Bioinformatics 7632 (In Proc. of PRIB 2012), 178-187, Springer Heidelberg, 2012.
Masahito Ohue, Yuri Matsuzaki, Yutaka Akiyama. Docking-calculation-based Method for Predicting Protein-RNA Interactions. Genom e Informatics, 25(1), 25-39, 2011.