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MEGADOCK 2.1

大規模タンパク質間相互作用予測のためのタンパク質間ドッキングシステム．

ダウンロード

Ver. 2.1: megadock-2.1.tgz

インストールに必要なもの

MEGADOCKはFFTW3ライブラリを用いています．FFTW3はhttp://www.fftw.org からダウンロードしてください．
FFTW3のインストール時に--enable-floatオプションを指定してください．

インストール方法

圧縮ファイルの解凍

    $ tar xzf megadock-2.1.tgz
    $ cd megadock-2.1

Makefileの編集

C++コンパイラをCCに指定
(例：CC = g++ -fopenmp)
FFTWのヘッダファイルが含まれるディレクトリパスをCFLAGSに指定
(例：CFLAGS = -c -I/usr/local/include)
FFTWライブラリのインストール先のディレクトリパスをLDFLAGSに指定
(例：LDFLAGS = -lm -L/usr/local/lib -lfftw3f)

使用方法

例:

    $ ./megadock -R receptor.pdb -L ligand.pdb -o megadock.out
    $ perl create.pl megadock.out

注意事項:

create.plによって予測構造のPDBファイルを生成する際には， receptor.pdb，ligand.pdbがoutファイルに記述された場所にあること，及びcreate_ligがカレントディレクトリに存在している必要があります．

オプション:

    -R [レセプタータンパク質のPDBファイル]
    -L [リガンドタンパク質のPDBファイル]
    -o [出力ファイル名] (デフォルト: レセプターファイル名-リガンドファイル名.out)
    -D 回転角の刻み幅を6°にして計算します（54000通りの回転パターン）．
       このオプションを使用しない場合は15°で計算します（3600通りの回転パターン）．
    -N [出力されるdecoy数] (デフォルト: 2000)
    -t [1回転角ごとに出力されるデコイ数] (デフォルト: 1)
    　※N は3600×[-t]（-Dオプション使用時は54000×[-t]）以下の数を指定してください．

スレッド並列化:

MEGADOCKはリガンドタンパク質の回転計算をOpenMPによって並列化しています．環境変数$OMP_NUM_THREADSにCPUコア数を指定することで， 3600ないしは54000通りの回転パターンを並列化することができます．

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Last update : 2011/11/24