ZDOCKを動かすの変更点

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[[PDB toolbox]]

*ZDOCKを動かす [#kce58cd8]
ZDOCKはZhiping Wengらのグループが作っているドッキングソフトウェア．
-ZDOCK2.3　PSC+Elec+ACE (2 FFTs)
--ZDOCK2.3.1　2.3+Conv3D
--ZDOCK2.3.2　2.3+Conv3D+その他の最適化（.outの形式がちょっと変わった）
-ZDOCK3.0　PSC+Elec+IFACE (7 FFTs)
--ZDOCK3.0.1　3.0+Conv3D
--ZDOCK3.0.2　3.0+Conv3D+その他の最適化（.outの形式がちょっと変わった）
が存在する．

**ZDOCKの使い方 [#p033fd3f]
基本
 ./zdock -R receptor.pdb -L ligand.pdb -o docking.out

''重要''&br;
receptor.pdb と ligand.pdb は mark_sur というプログラムを実行してUniCHARMMパラメータを付加したものでないといけない．&br;
(カレントディレクトリにUniCHARMMファイルがないとmark_surが動かない)&br;
(逆に言うとUniCHARMMファイルを編集してオリジナルのパラメータも入れられる)
 mv receptor.pdb receptor.bak; ./mark_sur receptor.bak > receptor.pdb
 mv ligand.pdb ligand.bak; ./mark_sur ligand.bak > ligand.pdb
--mark_surについて．バージョンごとのmark_surとuniCHARMMファイルを使うこと．

ZDOCKを動かす の変更点

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