PDBをchainで分割するの変更点

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[[PDB toolbox]]
*PDBをchainで分割する [#xc0cd694]
名前通りのスクリプト．

**PDBの中のチェインをすべて取り出す [#uea517ce]
-separate_single.py
 #!/usr/bin/python
 #last updated : 2014/10/21
 
 import re
 import sys 
 
 if (len(sys.argv) != 2):
     print 'Usage: # python %s pdbfile' % sys.argv[0]
     quit()
 
 id = sys.argv[1][0:4]
 fp = open(sys.argv[1])
 pdb = fp.read()
 fp.close()
 
 pdb = pdb.rstrip("\n")
 pdb = pdb.split("\n")
 
 cl = []
 
 for l in pdb:
     if l[0:6] == 'COMPND' and l[11:17] == 'CHAIN:':
         cl.append(l[18])
 
 for c in cl:
     fc = open(id + "_" + c + ".pdb", "w")
     for ll in pdb:
         l = ll
         if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
             continue
         if l[17:20] == 'HOH':
             continue
         if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
             continue
         if l[21] == c:
             fc.write(ll + "\n") 
 
     fc.write("TER\n")
     fc.write("END")
     fc.close()

つかいかた
 $ python separate_single.py 1CGI.pdb
とすると，チェインごとのファイル（1CGI_I.pdb, 1CGI_E.pdb）が生成されます．

**複数ファイルを扱うバージョン [#t34a9c6f]
-separate.py
 #!/usr/bin/python
 # Masahito Ohue 
 
 import re
 import sys
 
 if (len(sys.argv) != 2):
     print 'Usage: # python %s listfile' % sys.argv[0]
     quit()
 
 fp = open(sys.argv[1])
 lst = fp.readlines()
 fp.close()
 
 for ll in lst:
     l = ll
     id = l.split(",")[0]
     cs = l.split(",")[1].strip()
     cl = list(cs)
 
     try:
         fp = open(id + ".pdb")
     except IOError:
         print 'not found, PDB ID =', id, ", Chain", cs
     else:
         print 'open, PDB ID =', id, ', Chain =', cs
         pdb = fp.read()
         fp.close() 
 
         fc = open(id + "_" + cs + ".pdb", "w")
         pdb = pdb.rstrip("\n")
         pdb = pdb.split("\n")
         for c in cl:
             for lll in pdb:
                 l = lll
                 if l[0:4] != 'ATOM' and l[0:6] != 'HETATM':
                     continue
                 if l[17:20] == 'HOH':
                     continue
                 if l[16] != ' ' and l[16] != 'A':
                     continue
                 if l[21] == c:
                     fc.write(lll + "\n")  
 
             fc.write("TER\n") 
         fc.write("END")
         fc.close()


こんなリストファイルを用意する．
-list.txt
 3WVL, A
 3WVL, O
 3WVL, ABCOPQ
 2ZYQ, B
--[[PDB 3WVL>http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3WVL]]
--[[PDB 2ZYQ>http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2ZY9]]

3WVL.pdbと2ZYQ.pdbがある場所で，以下を実行．
 $ python separate.py list.txt
 open, PDB ID = 3WVL , Chain = A
 open, PDB ID = 3WVL , Chain = O
 open, PDB ID = 3WVL , Chain = ABCOPQ
 open, PDB ID = 2ZYQ , Chain = B
すると
 3WVL_A.pdb 3WVL_O.pdb 3WVL_ABCOPQ.pdb 2ZYQ_B.pdb
ができている．

**注意 [#k5a5b0ac]
-ATOM行とHETATM行だけ見ます．
-水(HOH)は省きます．省きたくない場合は該当のif文をコメントアウト．
-残基名の前にAとかBとかあるやつ（同一残基が複数の座標に存在する可能性を持つもの）は，Aだけ抜き出します．
PDBをchainで分割する の変更点

PDBをchainで分割するの変更点
