back>[[PDB toolbox]]
*PDBを綺麗にする [#t679c708]
PDBファイルの中には書式がテキトウなのが結構あります.&br;
ツールが動かない!?なんてときは以下のスクリプトを試してみてください.(Biopythonが必要です)
#!/usr/bin/python
#
# Masahito Ohue
# python pdbclean.py pdbfile
import os
import sys
import Bio
from Bio.PDB import *
# delete terminal of rows
PDB = sys.argv[1]
fp = open(PDB, 'r')
line = fp.readlines()
fp.close()
fp = open(PDB, 'w')
for l in line:
fp.write(l[0:67]+"\n")
fp.close()
# add element columns by biopython
parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("test1", PDB)
io = PDBIO()
io.set_structure(str)
io.save(sys.argv[1])
これで
$ python pdbclean.py protein.pdb
とするとprotein.pdbが綺麗になっています(上書き注意).&br;
**注意 [#a700a05f]
-ATOM行,HETATM行以外は知りません.
-エレメント列周辺を消してからbiopythonで自動的にエレメント列を付けます.
-色々大事な情報が消えるかもしれません.