BioPython の変更点

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[[PDB toolbox]]

*TSUBAME上にBiopython 1.61をインストールする方法 [#off75acc]
TSUBAMEにはnumpyが入っているので，そのままインストールできる．
 python setup.py build
 python setup.py test
 python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE

-パスを通す
 （例）
 export PYTHONPATH=/home/usr5/A2600088/src/biopython/lib64/python2.6/site-packages:$PYTHONPATH
 
*マニュアル [#w7b6cb1f]
チュートリアル
-http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf

その他
-http://biopython.org/DIST/docs/cookbook/biopdb_faq.pdf
-http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ
-http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~tak/biopython.html

*PDBの操作例 [#jdd94382]
 import Bio
 from Bio.PDB import *
 
 parser = PDBParser()
 str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb)
 
 for model in str.get.list():
    for chain in model.get_list():
       for residue in chain.get_list():
          residue.get_resname()
          for atom in residue.get_list():
             atom.get_name()

*原子間距離 [#x8f9958b]
atomオブジェクトの変数a1とa2に対し，
 d = a1 - a2
で距離d[Å]が得られる．