類似配列検索ツールであるGHOST-MPは、 BLASTXのように塩基配列のクエリとアミノ酸配列データベース間で 類似配列の検索を行います。 GHOST-MPは分散メモリシステム上で動作し、 100,000 CPUコア以上を利用したクエリ配列の並列検索が可能です。
GHOST-MPは類似配列検索（相同性検索）ツールである GHOSTX の検索アルゴリズムに基づいて検索を行います。 GHOSTX は接尾辞配列を用いることで、BLASTXの100倍高速に検索を行います。 GHOST-MPは、このGHOSTXの検索アルゴリズムをMessage Passing Interfaceライブラリを 用いて並列化することで、京（独立行政法人理化学研究所計算科学研究機構）や TSUBAME 2.5（東京工業大学学術国際情報センター）などの 並列分散メモリシステム上での大規模並列検索を実現します。