PDBを綺麗にするの変更点

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*PDBを綺麗にする [#t679c708]
PDBファイルの中には書式がテキトウなのが結構あります．&br;
ツールが動かない！？なんてときは以下のスクリプトを試してみてください．（Biopythonが必要です）

 #!/usr/bin/python
 #
 # Masahito Ohue
 # python pdbclean.py pdbfile
 
 import os
 import sys
 import Bio
 from Bio.PDB import *
 
 # delete terminal of rows
 PDB = sys.argv[1]
 fp = open(PDB, 'r')
 line = fp.readlines()
 fp.close()
 fp = open(PDB, 'w')
 for l in line:
     fp.write(l[0:67]+"\n")
 fp.close()
 
 # add element columns by biopython
 parser = PDBParser()
 str = parser.get_structure("test1", PDB) 
 
 io = PDBIO()
 io.set_structure(str)
 io.save(sys.argv[1])

これで
 $ python pdbclean.py protein.pdb
とするとprotein.pdbが綺麗になっています（上書き注意）．&br;

**注意 [#a700a05f]
-ATOM行，HETATM行以外は知りません．
-エレメント列周辺を消してからbiopythonで自動的にエレメント列を付けます．
-色々大事な情報が消えるかもしれません．

PDBを綺麗にする の変更点

PDBを綺麗にするの変更点