ZDOCKを動かす

PDB toolbox

ZDOCKを動かす †

ZDOCKはZhiping Wengらのグループが作っているドッキングソフトウェア．

• ZDOCK2.3　PSC+Elec+ACE (2 FFTs)
  • ZDOCK2.3.1　2.3+Conv3D
  • ZDOCK2.3.2　2.3+Conv3D+その他の最適化（.outの形式がちょっと変わった）
• ZDOCK3.0　PSC+Elec+IFACE (7 FFTs)
  • ZDOCK3.0.1　3.0+Conv3D
  • ZDOCK3.0.2　3.0+Conv3D+その他の最適化（.outの形式がちょっと変わった） が存在する．

ZDOCKの使い方 †

基本

./zdock -R receptor.pdb -L ligand.pdb -o docking.out

重要
receptor.pdb と ligand.pdb は mark_sur というプログラムを実行してUniCHARMMパラメータを付加したものでないといけない．
(カレントディレクトリにUniCHARMMファイルがないとmark_surが動かない)
(逆に言うとUniCHARMMファイルを編集してオリジナルのパラメータも入れられる)

mv receptor.pdb receptor.bak; ./mark_sur receptor.bak > receptor.pdb
mv ligand.pdb ligand.bak; ./mark_sur ligand.bak > ligand.pdb

• mark_surについて．バージョンごとのmark_surとuniCHARMMファイルを使うこと．