back>PDB toolbox PDBを綺麗にする †PDBファイルの中には書式がテキトウなのが結構あります. #!/usr/bin/python # # Masahito Ohue # python pdbclean.py pdbfile import os import sys import Bio from Bio.PDB import * # delete terminal of rows PDB = sys.argv[1] fp = open(PDB, 'r') line = fp.readlines() fp.close() fp = open(PDB, 'w') for l in line: fp.write(l[0:67]+"\n") fp.close() # add element columns by biopython parser = PDBParser() str = parser.get_structure("test1", PDB) io = PDBIO() io.set_structure(str) io.save(sys.argv[1]) これで $ python pdbclean.py protein.pdb とするとprotein.pdbが綺麗になっています(上書き注意). 注意 †
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