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News †

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2022年 †

  • 2022/3/3　情報処理学会 2021年度（令和3年度）山下記念研究賞を受賞しました。
    • 受賞業績：大上雅史：GBDTによる化合物の血液胎盤関門透過性予測 (2021-BIO-65)
    • 大上が情報処理学会 2021年度（令和3年度）山下記念研究賞を受賞しました | Ohue Laboratory https://www.li.c.titech.ac.jp/20220323-759
  • 2022/2/16　情報処理学会第84回全国大会で下記の発表を行います。
    • 古井海里，大上雅史: "ランク学習を用いた化合物スクリーニングにおける多様なアッセイデータの統合戦略", 情報処理学会第84回全国大会, 2ZM-02, 3/3 2022.
    • 兒嶋佑季，小杉孝嗣，大上雅史: "タンパク質間相互作用阻害剤設計のための分子生成手法の開発", 情報処理学会第84回全国大会, 2ZM-03, 3/3 2022.
  • 2022/2/16　情報処理学会第69回バイオ情報学研究会で下記の発表を行います。
    • 杉田駿也, 大上雅史: "適用領域を考慮した薬剤標的親和性予測", 情報処理学会研究報告, 2022-BIO-69(x):1-6, 3/10 2022.
    • 稲垣雅也, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "フラグメント化された化合物立体構造データベースの構築", 2022-BIO-69(x):1-8, 3/10 2022.
    • 山崎眞拓, 伊澤和輝, 平田稜, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "結合エネルギーを考慮したゲノムワイドな高速短鎖核酸配列検索手法の開発", 2022-BIO-69(x):1-8, 3/10 2022.
    • 玉野史結, 伊澤和輝, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "Gapmer型ASOにおけるオフターゲット効果のリスク評価手法の提案", 2022-BIO-69(x):1-7, 3/10 2022.
    • 津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. "新たなデータセットによる長距離フラグメントリンキング手法の再評価", 情報処理学会研究報告, 2022-BIO-69(x):1-8, 3/10 2022.
  • 2022/2/16　情報処理学会第137回数理モデル化と問題解決研究会で下記の発表を行います。
    • 杉田駿也, 大上雅史: "自由エネルギー摂動法計算における化合物ネットワーク構造の効率化", 情報処理学会研究報告, 2022-MPS-137(12):1-6, 3/3 2022.
  • 2022/1/20　実験医学 2022年2月号で小特集「いま知りたい!!使ってわかったAlphaFoldのリアル」を企画しました。大上の総説２報を含む４報の記事が掲載されています。
    • 大上雅史: "AlphaFold のタンパク質立体構造予測の性能", 実験医学, 2022年2月号, 40(2): 427-430, 羊土社, 2022. doi: 10.18958/6977-00002-0000038-00 [ Book ]
    • 大上雅史: "AlphaFold利用のすすめ", 実験医学, 2022年2月号, 40(2): 433-438, 羊土社, 2022. doi: 10.18958/6977-00002-0000040-00 [ Book ]
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2021年 †

  • 2021/9/12　第67回バイオ情報学研究会で１件の共著発表を行います。
    • 津嶋佑旗, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰. "タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発", 情報処理学会研究報告, BIO-67(1): 1-8, 2021.
  • 2021/9/10　CBI学会2021年大会にて、１件の講演と１件の共著発表を行います。
    • 大上雅史. "TSUBAME 3.0 による Cresset Flare FEP 計算の展開", CBI学会2021年大会, 2021/10/27. （口頭発表）
    • Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. "Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations", CBI学会2021年大会, O2-1, 2021/10/26. （口頭発表）
  • 2021/9/4　第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）にて３件のポスター発表と１件の講演を行います。
    • Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue. "Development of a Quantitative Estimate Index for Early-Stage Screening of Compounds Targeting Protein-Protein Interactions", 第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）, P-10, 2021/9/27-29. （ポスター発表）
    • Kairi Furi, Masahito Ohue. "Improvement of learning-to-rank for ligand-based virtual screening using gradient boosting technique with relevance refinement", 第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）, P-13, 2021/9/27-29. （ポスター発表）
    • Shunya Sugita, Masahito Ohue. "Drug-Target Affinity Prediction using applicability domain of feature learning", 第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）, P-45, 2021/9/27-29. （ポスター発表）
    • 大上雅史. "AlphaFold2の登場とオープンサイエンス", 第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）, 企画セッション, 2021/9/27-29. （口頭発表）
  • 2021/8/20　AMED BINDS 長浜バイオ大学における『BINDSユニット連携講習会』にてチュートリアルを行います。
    • 大上雅史. "計算によるタンパク質間相互作用予測と複合体構造予測", AMED BINDS 長浜バイオ大学におけるBINDSユニット連携講習会, 2021/9/17. https://www.binds.jp/informations/view/258　
  • 2021/7/20　２本の論文が国際会議IEEE CIBCB2021に口頭発表・Full Paper採択されました。発表は10月に行われます。
    • Shunya Sugita, Masahito Ohue: Drug-target affinity prediction using applicability domain based on data density. In Proceedings of The 18th IEEE International Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB 2021), ChemRxiv, Preprint. 2021. doi:10.26434/chemrxiv.14498688.v1
    • Takatsugu Kosugi, Masahito Ohue: Quantitative estimate of protein-protein interaction targeting drug-likeness. In Proceedings of The 18th IEEE International Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB 2021), ChemRxiv, Preprint. 2021. doi:10.26434/chemrxiv.14489769.v1
  • 2021/5/11　プレプリントを4件発表しました。
  • 2021/4/24　情報処理学会バイオ情報学研究会優秀プレゼンテーション賞を受賞しました
  • 2021/3/29　日本バイオインフォマティクス学会(JSBi)ニュースレター第39号に大上のOxford Journals JSBi Prize受賞報告記事が掲載されました。
  • 2021/3/11　情報処理学会第65回バイオ情報学研究会で下記の発表を行いました。
    • 大上雅史, 古井海里: "GBDTによる化合物の血液胎盤関門透過性予測", 情報処理学会研究報告, 2021-BIO-65(8):1-3, 3/11 2021.
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2020年 †

  • 2020/11/30　第418回CBI学会講演会で講演を行いました。 https://cbi-society.org/home/documents/seminar/2017to20/20201130.html
  • 2020/11/13　研究成果のプレスリリースを行いました（J Med Chem掲載）。
  • 2020/10/27　高大連携の一環として、横浜市立南高等学校２年生を対象とした出張講義を実施しました。本講義は「日本生物物理学会 小中高校への講師派遣サポート事業」の支援で実施されています。 https://twitter.com/ohuelab/status/1321003629411594240
  • 2020/9/3　Oxford Journals - JSBi Prizeを受賞しました。
  • 2020/4/1　テニュアトラック助教に配置換され、大上研究室が始動しました。
  • 2020/2/20　令和元年度名誉教授懇談会及び職員等の栄誉の祝賀会にて、大上が栄誉の祝賀を受けました。
  • 2020/2/20　情報処理学会 第61回バイオ情報学研究会で下記の発表を行います。
    • 渡辺紘生, 大上雅史, 秋山泰: マルチノード・マルチGPU上での網羅的なタンパク質間相互作用予測の高速化, 情報処理学会研究報告, 2020-BIO-61(3), 1-8, 2020.
    • 久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰: 共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発, 情報処理学会研究報告, 2020-BIO-61(4), 1-8, 2020.
    • 村田翔太朗, 山田雄太, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰: 二次元分子記述子を用いた機械学習による環状ペプチドの細胞膜透過性予測, 情報処理学会研究報告, 2020-BIO-61(5), 1-7, 2020.
    • 高畠和輝, 伊澤和輝, 秋川元宏, 大上雅史, 秋山泰: 圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良, 情報処理学会研究報告, 2020-BIO-61(10), 1-6, 2020.
  • 2020/2/15　Biophysical Soceity Annual Meeting (San Diego, US) でポスター発表を行います。
  • 2020/1/31　LiHub創薬塾ワークショップにて、講演を行いました。
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2019年 †

  • 2019/12/3　日本分子生物学会年会にて、フォーラム企画で講演しました。（薬効評価・予測技術の進歩による創薬研究の加速）
  • 2019/11/7　長野県屋代高等学校および屋代高等学校附属中学校にて、同校SSH事業によるバイオサイエンス講座（出前講義）を開催しました。本講座は日本生物物理学会の小中高校への講師派遣サポート事業として実施されました。
    • 長野県屋代高等学校附属中学校２年生「コンピューターが拓く科学の最先端」
    • 長野県屋代高等学校理数科１年生「計算で明らかにするタンパク質の出会いとネットワーク―バイオインフォマティクスの世界」
  • 2019/4/9　平成31年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞を受賞しました。（対象業績：「生体内のタンパク質等の相互作用の網羅的な予測研究」 ）
  • 2019/2/16　情報処理学会第57回バイオ情報学研究会で4件の発表を行います。
    • 黄毅聰, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "拡張サンプリング法による環状ペプチドの膜透過性予測システムの開発", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(10), 1-8, 3/11 2019.
    • 伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "分子グラフ上の距離を考慮したグラフ畳込みニューラルネットワークによる化合物活性予測", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(11), 1-8, 3/11 2019.
    • 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰: "代表タンパク質群との構造アラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(12), 1-7, 3/11 2019.
    • 山田雄太, 吉川寧, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "機械学習を用いた環状ペプチドの膜透過性予測手法の開発", 情報処理学会研究報告, 2019-BIO-57(13), 1-8, 3/11 2019.
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2018年 †

  • 2018/9/27　Asia Hub e-Drug Discovery Symposium 2018 (AHeDD 2018) (2018/9/26-29) でinvited talkを行いました。
  • 2018/9/16　日本生物物理学会 若手招待講演賞を受賞しました。（発表題目：スーパーコンピューティングによる網羅的タンパク質間相互作用予測法の開発と予測結果データベースの公開）
  • 2018/8/9　第56回日本生物物理学会年会 2018/9/15-17 で以下の発表を行います。
    • Masahito Ohue, Takanori Hayashi, Hiroki Watanabe, Yuri Matsuzaki, Nobuyuki Uchikoga, Yutaka Akiyama: "Supercomputing-based exhaustive protein-protein interaction prediction and its open database", The 56th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, 1YB0915, 2018/9/15. （招待講演）
    • 大上雅史, 林孝紀, 渡辺紘生, 松崎由理, 内古閑伸之, 秋山泰: "スーパーコンピューティングによる網羅的タンパク質間相互作用予測法の開発と予測結果データベースの公開", 第56回日本生物物理学会年会, 1C1448, 2018/9/15.（口頭発表）
    • 林孝紀, 大上雅史, Juliette Martin, Guillaume Launay, 松崎由理, 内古閑伸之, 秋山泰: "タンパク質複合体構造モデリングの評価のためのベンチマークデータセット", 第56回日本生物物理学会年会, 3Pos201, 2018/9/17.（ポスター発表）
  • 2018/7/31　第41回日本分子生物学会年会 2018/11/28-30 で以下のワークショップ発表を行います。
    • 大上雅史: "新しい創薬標的の探索を支えるインフォマティクス技術", 第41回日本分子生物学会年会, 2PW1-11, 2018/11/29.（口頭発表）
  • 2018/7/31　第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）2018/9/19-21 で以下のポスター発表を行います。
    • Takanori Hayashi, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "代表タンパク質構造群とのアラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
    • Yicong Huang, Yasushi Yoshikawa, Naoki Wakui, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama:"Construction of membrane permeability prediction system for cyclic peptides using enhanced sampling molecular dynamics simulation", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
    • Kento Aoyama, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Performance Improvements of PPI Prediction Software by Tuning GPU Device Allocation on Multi-GPU Environments", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
    • 伊井良太, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "大域的化合物特徴を表現するグラフ畳込みニューラルネットワーク", 第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）, 2018/9/19-21.
  • 2018/7/17　第7回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2018）2018/9/19-21 に参加します。
  • 2018/7/14　東工大挑戦的研究賞の受賞が決定しました。（研究課題名：細胞内PPI阻害を可能にするin silico中分子設計技術の開発）
  • 2018/5/16　情報処理学会第54回バイオ情報学研究会@OISTで4件の共著発表を行います。
    • 久保田陸人, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰: "共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(42), 1-7, 6/16 2018.
    • 多治見隆志, 和久井直樹, 大上雅史, 秋山泰: "複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(45), 1-7, 6/16 2018.
    • 渡辺紘生, 林孝紀, 大上雅史, 秋山泰: "ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(46), 1-8, 6/16 2018.
    • 青山健人, 大上雅史, 秋山泰: "生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(47), 1-7, 6/16 2018.
  • 2018/5/8　第1回RWBC-OIL Workshopで口頭発表を行いました。
  • 2018/4/1　科研費 若手研究（代表）、基盤研究(C)（分担）に採択されました。
    • 日本学術振興会 科研費 若手研究，「ミトコンドリアを取り巻く未知のインタラクトームの予測と実証」，18K18149, 2018年4月-2021年3月，代表: 大上雅史．
    • 日本学術振興会 科研費 基盤研究(C)，「ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化」，18K11523, 2018年4月-2021年3月，代表: 山本一樹、分担：大上雅史、森脇由隆．
  • 2018/1/19　日経産業新聞2018年1月19日(金)版の6面に「たんぱく質の相互作用予測、東工大が手法確立 創薬に応用期待」として大上らの成果が掲載されました。大上のコメントも掲載されています。
  • 2018/1/18　情報処理学会第80回全国大会で行われるイベントIPSJ-ONEで大上が口頭発表を行います。また、学生セッションで1件の共著発表を行います。
    • 大上雅史: "出会い系タンパク質を探す旅", 情報処理学会第80回全国大会, IPSJ-ONE (4), 早稲田大学 3/15, 2018. (招待講演)
    • 飯野翼, 大上雅史, 秋山泰, 清水佳奈: "タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム", 情報処理学会第80回全国大会, 7ZF-01, 3/15, 2018.
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2017年 †

  • 2017/12/18　Artificial Life and Robotics誌に論文がアクセプトされました。
    • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "PKRank: A novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM", Artificial Life and Robotics. (accepted)
  • 2017/11/21　Journal of Molecular Graphics and Modelling誌に論文がアクセプトされました。
    • Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Masahito Ohue, Masakazu Sekijima: Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach, Journal of Molecular Graphics and Modelling. (accepted)
  • 2017/11/10　国際会議4th IITM-TokyoTech Joint Symposiumで招待講演を行いました。また、2件のポスター発表を行いました。
  • 2017/10/7　国際会議APBC2018に論文が２報アクセプトされました。
    • Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue*, Yutaka Akiyama*: MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions, BMC Bioinformatics (APBC2018). (accepted)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Rikuto Kubota, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm, Computational Biology and Chemistry (APBC2018). (accepted)
  • 2017/10/6　生命情報科学若手の会第９回研究会に参加します。
  • 2017/9/5　国際会議IEEE ICCABS2017に論文がアクセプトされました。
    • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction, Proc. ICCABS2017. (accepted)
  • 2017/6/19　情報処理学会第50回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
    • 柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, 大上雅史, 秋山泰: "フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(39), 1-8, 6/25 2017．
    • 林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, 大上雅史, 秋山泰: "タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(40), 1-8, 6/25 2017．
    • 伊澤和輝, 山澤まりな, 大上雅史, 石田貴士, 秋山泰: "歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(41), 1-6, 6/25 2017.
    • 山澤まりな, 伊澤和輝, 大上雅史, 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰: "高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(42), 1-6, 6/25 2017.
  • 2017/4/3　研究分担者として参加する科研費 基盤研究(B)に採択されました。（中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発、代表者：秋山泰）
  • 2017/4/1　日本学術振興会-フランス外務省 二国間交流事業 共同研究 SAKURAプログラムに採択されました。（2017年4月-2019年3月, 代表. (2,000千円)）
  • 2017/3/23　情報処理学会第49回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
    • 大上雅史，山本悠生，秋山泰: "Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(4), 1-3, 3/23 2017．
    • 柳澤渓甫，大上雅史，石田貴士, 秋山泰: "標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(6), 1-8, 3/23 2017．
    • 青山建人, 山本悠生，大上雅史，秋山泰: "コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(3), 1-8, 3/23 2017．
  • 2017/3/6　人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集：「日本のAI 元気な若手の動き」に記事が掲載されました。
    • 堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史: "生命情報科学若手の会", 人工知能, 32(2), 270-271, 2017.
      [ JSAI ] (Open Access)
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2016年 †

  • 2016/12/12　国際会議AROB2017に論文が採択されました．共同研究者が口頭発表を行います．
    • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data", In Proceedings of 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 22nd 2017), 2017.
  • 2016/10/28　CBI学会2016年大会で，共著のポスター発表がポスター賞を受賞しました．
    • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
  • 2016/9/16　CBI学会2016年大会で2件のポスター発表と1件のフォーカストセッション発表，フォーカストセッション運営，ACDDユニットキックオフシンポジウムの運営をします．
    • 大上雅史, "構造情報に基づくタンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK", CBI学会2016年大会, FS-07 バイオインフォマティクスとその医学応用・第4回 オミックス解析における実務者意見交換会, 10/27 2016.（口頭発表）
    • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds", CBI学会2016年大会, P2-19, 10/26-28 2016. (poster)
  • 2016/8/18　第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）でBoFセッション「薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 ― 人智と計算の融合の可能性を探る」 (9/29 13:30-15:00) を主催します．
    また，以下の7件のポスター発表を行います．(http://www.jsbi.org/iibmp2016/program_poster )
    • Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P64, 2016. (poster)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P65, 2016. (poster)
    • Masahito Ohue, Yuki YAmamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P52, 2016. (poster)
    • Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P69, 2016. (poster)
    • Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P57, 2016. (poster)
    • Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P25, 2016. (poster)
    • Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama: "Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P59, 2016. (poster)
  • 2016/7/25　国際会議GIW2016にfull paperが採録されました．(2016/10/3-5 於 上海, 中国)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", In Proceedings of The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016), 2016.
  • 2016/7/15　平成28年度 東工大基金による「研究の種発掘」支援に採択されました． Link
  • 2016/7/13　第30回リバネス研究費 マイクロソフト賞に採択されました．
  • 2016/5/25　情報処理学会第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会で3件の共著発表を行います．
    • 後藤公太，笠原浩太，大上雅史，中村春木，秋山泰: "SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化"，2016-BIO-46(17), 7/5 2016．
    • 柳澤渓甫，小峰駿汰，鈴木翔吾，大上雅史，石田貴士，秋山泰: "フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法 ESPRESSO"，2016-BIO-46(18), 7/5 2016.
    • 鈴木翔吾，大上雅史，秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング"，2016-BIO-46(26), 7/5 2016.
  • 2016/4/6　大上が執筆した書籍「学振申請書の書き方とコツ DC/PD獲得を目指す若者へ」が発売になりました．
  • 2016/4/1　東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニットが立ち上がりました．
  • 2016/4/1　学内組織改変に伴い，所属が東京工業大学 情報理工学院 情報工学系に変わりました．
  • 2016/2/20　第45回情報処理学会バイオ情報学研究会（2016/3/19，石川県能美市）で3件の発表を行います．
    • 藤井智也，角田将典，大上雅史，石田貴士，石原和幸，秋山泰: "GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用"，情報処理学会研究報告，2016-BIO-45(2):1-4, 2016．
    • 長澤一輝，松崎由理，大上雅史，秋山泰: "タンパク質間相互作用予測結果データベースと表示系の構築"，2016-BIO-45(3):1-4, 2016．
    • 山崎卓朗，大上雅史，秋山泰: "タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング"，2016-BIO-45(12):1-7, 2016．
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2015年 †

  • 2015/11/28　創剤フォーラム若手研究会で４件のポスター発表を行いました．
    • 大上雅史，松崎由理，石田 貴士，秋山泰: "タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCKによるEGFRパスウェイ解析", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-9, 2015.11.28 (東京大学).
    • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Improving Conformational Search of Protein-Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-4, 2015.11.28 (東京大学).
    • 鈴木翔吾，大上雅史, 秋山泰: "活性値情報のグループ化を用いたランク学習による化合物スクリーニング", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-5, 2015.11.28 (東京大学).
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on ligand decomposition", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-6, 2015.11.28 (東京大学).
  • 2015/11/15　サイエンスアゴラ2015にて，統計数理研究所 数学協働プログラム主催のイベント「科学における発見、数学における発見」で講演を行いました．（題目：数学と計算で探るタンパク質の出会いとネットワーク）
  • 2015/11/9　第18回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2015)(11/25-27)のディスカッショントラックで１件の共著発表を行います．
    • 鈴木翔吾, 大上雅史, 秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による活性化合物予測", 第18回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2015), poster D-19, つくば, 茨城, 11/25-27, 2015.
  • 2015/9/29　生命医薬情報学連合大会2015年大会で２件の共著発表があります．
    • Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
    • Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on compound decomposition", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
  • 2015/9/7　生命医薬情報学連合大会2015年大会で若手合同セッション「生命・化学・医療情報学は連携できるのか？」をオーガナイズします．
  • 2015/8/20　第53回日本生物物理学会年会（金沢，9/13-15）の３日目にポスター発表による研究発表を行います．
    • 大上雅史, 内古閑伸之，松崎由理，秋山泰："アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析"，第53回日本生物物理学会年会，3Pos190，石川県金沢市，9/13-15，2015．（ポスター発表）
    • 内古閑伸之，松崎由理，大上雅史, 秋山泰："剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析"，第53回日本生物物理学会年会，3Pos189，石川県金沢市，9/13-15，2015．（ポスター発表）
  • 2015/6/22　第4回育志賞研究発表会（京都, 8/31）にて，「大規模タンパク質間相互作用予測によるEGFR系解析」について発表します．
  • 2015/6/10　第364回CBI学会講演会 「タンパク質立体構造予測とタンパク質デザイン」（6/22）に参加します．
  • 2015/6/10　第42回バイオ情報学研究会（OIST，6/23-25）で下記の２件の共著発表があります．
    • 鈴木 翔吾, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰：SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測，情報処理学会研究報告，2015-BIO-42(31), 2015.
    • 和久井 直樹, 大上 雅史, 千葉 峻太朗, 石田 貴士, 岩�� 博史, 秋山 泰 ：既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択，情報処理学会研究報告，2015-BIO-42(60), 2015.
  • 2015/5/15　第42回バイオ情報学研究会 (OIST) 6/23-25 に参加します．
  • 2015/4/2　生物物理誌に男女共同参画に関する記事を寄稿しました．
  • 2015/4/1　科研費 平成27年度 若手研究(B)「中規模ペプチドの構造的相互作用解析基盤技術の開発」（代表）の採択を頂きました．
  • 2015/4/1　科研費 平成27年度 基盤研究(C)「アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発」（分担，代表者:中央大学 内古閑伸之）の採択を頂きました．
  • 2015/4/1 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の助教に着任しました。
  • 2015/2/17　手島精一記念研究賞（博士論文賞）を受賞しました． http://www.titech.ac.jp/news/2015/030055.html
  • 2015/1/21　国際会議APBC2015での共著論文がBMC Systems Biology誌に掲載されました．
    • Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures", BMC Systems Biology (In Proc. of APBC2015), 9(Suppl 1): S6, 2015. [ BioMedCentral ]
  • 2015/1/21　国際会議APBC2015でポスター発表を行いました．
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2014年 †

  • 2014/12/3　大上が分担執筆した著書「これだけ！生化学」が秀和システムより発刊されました． [ Amazon ]
  • 2014/11/13　国際会議AHeDD'2014でBest Poster Awardを受賞しました．
  • 2014/10/29　生命情報科学若手の会第6回研究会にスタッフとして参加しました．
  • 2014/10/1　国際会議APBC2015に論文が採択されました．NVIDIA Tesla GPUとIntel Xeon Phiの比較をドッキング計算プログラムを例に行ったものです．
  • 2014/10/1　第3回生命医薬情報学連合大会でポスター発表とライトニングトークを行いました．[ Link1, Link2 ]
  • 2014/9/25　第52回日本生物物理学会年会でポスター発表を行いました．[ Link ]
  • 2014/9/10　アメリカ生物物理学会の国際会議「Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery」でポスター発表を行いました．[ Link ]
  • 2014/8/20　日本学術振興会 育志賞研究発表会でポスター発表を行いました．[ Link ]
  • 2014/8/6　GPUスパコン上で大量のタンパク質ドッキングを実行可能なアプリケーション「MEGADOCK 4.0」の論文が，Bioinformatics誌より出版されました． [ Oxford ]
  • 2014/7/22　大上の博士論文が情報処理学会研究会推薦博士論文速報で取り上げられました． [ link ]
  • 2014/7/1　日本生物物理学会の平成27年度〜28年度代議員に選出されました．
  • 2014/6/27　情報処理学会第38回バイオ情報学研究会（沖縄，OIST）でGPUクラスタでのタンパク質ドッキングの並列化について話しました．スライドはこちら [ slide ]
  • 2014/4/1　日本学術振興会 特別研究員 (PD) に就任しました．
  • 2014/3/28　情報生命博士教育院のHPにインタビュー記事が掲載されました． [ 情報生命博士教育院 ]
  • 2014/3/26　東京工業大学博士後期課程を修了し，博士（工学）の学位を取得しました．
  • 2014/3/11　第4回 日本学術振興会 育志賞受賞報告について本学HPに掲載されました． [ 東京工業大学 ]
  • 2014/1/31　第4回 日本学術振興会 育志賞を受賞しました．
    [ 日本学術振興会HP | 秋山研究室HP | 東京工業大学 | 東京工業大学情報生命博士教育院 ]
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2013年 †

  • 2013/12/25　博士論文公聴会を行いました． http://www.cs.titech.ac.jp/H26-3-doctor.pdf
  • 2013/12/20　BMC Proceedings誌よりTemplate-base/Template-freeの統合予測に関する論文が出版されました． [ Link ]
  • 2013/11/1　MEGADOCK-GPUの論文が公開されました． [ ACM Digital Library ]
  • 2013/9/23　ACM-BCB2013でポスター発表を行いました．
  • 2013/9/22　ParBio2013で共同研究者が口頭発表を行いました．
  • 2013/9/6-9　第53回生物物理若手の会夏の学校に参加しました．MEGADOCKに関するハンズオンセミナーの資料を公開しています． [ Link ]
  • 2013/9/5　FIT2013で共同研究者が口頭発表を行いました．
  • 2013/9/5　Source Code for Biology and Medicine誌よりMEGADOCK 3.0に関する論文が出版されました． [ Link ]
  • 2013/8/30-9/1　第53回生命科学夏の学校に参加しました．
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Last-modified: 2023-09-27 (水) 13:30:50 (211d)