PDBを綺麗にする

back>PDB toolbox

PDBを綺麗にする †

PDBファイルの中には書式がテキトウなのが結構あります．
ツールが動かない！？なんてときは以下のスクリプトを試してみてください．（Biopythonが必要です）

#!/usr/bin/python
#
# Masahito Ohue
# python pdbclean.py pdbfile

import os
import sys
import Bio
from Bio.PDB import *

# delete terminal of rows
PDB = sys.argv[1]
fp = open(PDB, 'r')
line = fp.readlines()
fp.close()
fp = open(PDB, 'w')
for l in line:
    fp.write(l[0:67]+"\n")
fp.close()

# add element columns by biopython
parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("test1", PDB) 

io = PDBIO()
io.set_structure(str)
io.save(sys.argv[1])

これで

$ python pdbclean.py protein.pdb

とするとprotein.pdbが綺麗になっています（上書き注意）．

注意 †

• ATOM行，HETATM行以外は知りません．
• エレメント列周辺を消してからbiopythonで自動的にエレメント列を付けます．
• 色々大事な情報が消えるかもしれません．