2021年

2021/12/6

高畠和輝研究員がICBBS 2021にてBest Presentation (Oral Session Ⅵ) を受賞しました。
ICBBS 2021 Best Presentation (Oral Session Ⅵ)
Kazuki Takabatake, Improved Large-Scale Homology Search bby Two-Step Seed Search Using Multiple Reduced Amino Acid Alphabets

津嶋佑旗君 (M2) がSIGBIO優秀プレゼンテーション賞(第67回BIO研究会)を受賞しました。
SIGBIO優秀プレゼンテーション賞(BIO研究会)第67回研究会
津嶋 佑旗, タンパク質表面との結合親和性を考慮した長距離フラグメントリンキング手法の開発

2021/8/16

科学技術振興機構(JST) 「Science Portal 動画ニュース」にて、清尾康志教授(MIDL研究分担者/生命理工学院)らの核酸創薬と秋山泰教授(MIDL研究代表者/情報理工学院)らの中分子IT創薬研究推進体(MIDL)でのペプチド創薬の取り組みが「中分子創薬 情報科学との融合で目指す実用化」として、動画で紹介されました。


科学技術振興機構(JST) Science Portal 動画ニュース
中分子創薬 情報科学との融合で目指す実用化
科学技術振興機構(JST) Science Portal

2021/7/26

杉田昌岳特任助教と杉山聡君(2020卒・修士)が筆頭の論文"Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations"が、論文誌:Journal of Chemical Information and Modeling, 61(7): 3681-3695, 2021. に掲載され、Supplymentaly Coverにも採用されました。

Journal of Chemical Information and Modeling

2021/7/15

動画「中分子創薬イノベーション -ITと化学合成技術の融合-」を作成しました。
秋山泰教授らが参画する東工大 中分子IT創薬研究推進体(MIDL)では、文部科学省「地域イノベーション・エコシステム形成プログラム(平成29年度採択)」の支援を受け、中分子創薬の技術開発とその事業化、川崎市域でのエコシステム形成に取り組んでおり、本事業での活動を動画にまとめました。


東工大 中分子IT創薬研究推進体(MIDL)ニュース

2021/7/13

大規模分子シミュレーションによる環状ペプチドの細胞膜透過性予測法を開発しました。(J Chem Inf Model掲載)

秋⼭泰教授らは、環状ペプチドの細胞膜透過性をスパコンの⼤規模活⽤による最新鋭の分⼦動⼒学シミュレーション技術に基づいて計算する、新たな予測⼿法を開発しました。
多様な標的に対して⾼い結合親和性を持つ環状ペプチドは創薬において注目されていますが、適切な設計を⾒つける(予測する)ことが困難という課題がありました。秋⼭教授らの研究グループは分⼦シミュレーションによるペプチド設計の予測⼿法を開発し、156個の環状ペプチドを対象とした検証実験を通じて評価しました。その結果、提案⼿法による細胞膜透過性の予測値は実験値との良好な相関が⾒られ、⼗分に実⽤的な予測性能をもつことが実証されました。さらにシミュレーションによる動態解析の結果、環状ペプチドを構成する原⼦と細胞膜や⽔との間の静電相互作⽤が、細胞膜透過性と強く関係することが明らかになりました。この知⾒は膜透過メカニズムの解明や膜透過性を有する分⼦を設計するための指針に繋がり、ペプチド創薬技術の確⽴に⼤きく貢献するものです。
研究成果は2021年7⽉8⽇(現地時間)付で⽶国化学会Journal of Chemical Information and Modeling(ケミカル・インフォメーション・アンド・モデリング)誌のオンライン速報版で公開され、掲載号のカバーピクチャーに採⽤されました。
環状ペプチドの細胞膜透過性予測手法を開発した本研究についてのプレスリリースを、2021年7月9日14:00に行いました。


図. 脂質二重膜を透過する環状ペプチド。
左側のグラフは、静電相互作用(横軸)と膜中央部付近での透過性(Pflip、縦軸)が相関している様子を示す。
右側のグラフは、膜透過性の実験値(横軸)と提案手法による予測値(縦軸)が相関している様子を示す。
© 2021 Sugita M, et al. Published by American Chemical Society (Licensed under CC BY 4.0).



掲載誌 : Journal of Chemical Information and Modeling
論文タイトル : Large-scale membrane permeability prediction of cyclic peptides crossing a lipid bilayer based on enhanced sampling molecular dynamics simulations
著者 : Masatake Sugita†, Satoshi Sugiyama†, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama († equally contributed)
DOI : 10.1021/acs.jcim.1c00380


2021/5/7

井澤和也君が2020年度SIGBIO優秀プレゼンテーション賞を受賞しました。
SIGBIO優秀プレゼンテーション賞(BIO研究会)第65回研究会
井澤 和也, 標的配列との結合・開放エネルギー推定に基づくアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究

2021/4/27

文部科学省「地域イノベーション・エコシステム形成プログラム」(平成29年度採択)における中分子創薬支援の研究成果を事業化するため、東京工業大学 情報理工学院 秋山泰教授および生命理工学院の清尾康志教授らがファスタイド株式会社を設立。令和3年4月1日に東京工業大学と同社が共同でプレスリリースを行いました。
東京工業大学 中分子IT創薬研究推進体(MIDL)
東京工業大学 プレスリリース
※東工大発ベンチャー第130号(2021年6月30日)

2021/4/5

柳澤渓甫助教らが「令和元年度東工大教育賞」を受賞されました。
対象業績:「大学院を対象とするデータサイエンス・AI全学教育プログラム」
東工大ニュース

秋山研究室に新たに修士学生2名、学士学生2名が配属されました。

2021/4/1

秋山研究室に新たに特任助教1名、研究員1名が着任されました。

2021/3/26

井澤和也君(B4)が令和2年度 東京工業大学優秀学生賞を受賞しました。
顕彰の主旨 : 学士課程学生の勉学意欲の向上を図ることを目的に、大学の運営費交付金を原資として、学業成績及び人物ともに優秀な学士課程学生を表彰する。
顕彰一覧