BioPython
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開始行:
[[PDB toolbox]]
*TSUBAME上にBiopython 1.61をインストールする方法 [#off75a...
TSUBAMEにはnumpyが入っているので,そのままインストールで...
python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE
-パスを通す
(例)
export PYTHONPATH=/home/usr5/A2600088/src/biopython/lib6...
*マニュアル [#w7b6cb1f]
チュートリアル
-http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf
その他
-http://biopython.org/DIST/docs/cookbook/biopdb_faq.pdf
-http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioin...
-http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~tak/biopython.html
*PDBの操作例 [#jdd94382]
import Bio
from Bio.PDB import *
parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb)
for model in str.get.list():
for chain in model.get_list():
for residue in chain.get_list():
residue.get_resname()
for atom in residue.get_list():
atom.get_name()
*原子間距離 [#x8f9958b]
atomオブジェクトの変数a1とa2に対し,
d = a1 - a2
で距離d[Å]が得られる.
終了行:
[[PDB toolbox]]
*TSUBAME上にBiopython 1.61をインストールする方法 [#off75a...
TSUBAMEにはnumpyが入っているので,そのままインストールで...
python setup.py build
python setup.py test
python setup.py install --exec-prefix /AS/YOU/LIKE
-パスを通す
(例)
export PYTHONPATH=/home/usr5/A2600088/src/biopython/lib6...
*マニュアル [#w7b6cb1f]
チュートリアル
-http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf
その他
-http://biopython.org/DIST/docs/cookbook/biopdb_faq.pdf
-http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioin...
-http://www.bi.a.u-tokyo.ac.jp/~tak/biopython.html
*PDBの操作例 [#jdd94382]
import Bio
from Bio.PDB import *
parser = PDBParser()
str = parser.get_structure("hoge", nantoka.pdb)
for model in str.get.list():
for chain in model.get_list():
for residue in chain.get_list():
residue.get_resname()
for atom in residue.get_list():
atom.get_name()
*原子間距離 [#x8f9958b]
atomオブジェクトの変数a1とa2に対し,
d = a1 - a2
で距離d[Å]が得られる.
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