研究メモ/protein complex benchmarks
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[[研究メモ]]
*Protein-Protein Docking Benchmark [#tc4648ca]
[[ZDOCKグループ:http://zlab.umassmed.edu]]のベンチマーク...
-Benchmark3.0まで [[URL:http://zlab.bu.edu/zdock/benchma...
-Benchmark4.0 https://zlab.umassmed.edu/benchmark/benchm...
--以下の点に注意
---PDB ID:1OYVより2種類の複合体を利用している(1OYV_A:I, 1...
1OYV_A:I の方は1OYV, 1OYV_B:I の方は''BOYV''としてデータ...
この2つのLigandは全く同じファイルである.
---PDB ID:1QFWより2種類の複合体を利用している(1QFW_HL:AB,...
1QFW_IM:ABの方は1QFW, 1QFW_HL:ABの方は''2QFW''としてデー...
この2つのLigandは全く同じファイルである.
---2012/7/6 にiRMSDが訂正され,難易度カテゴリが一部変更さ...
-Benchmark5.0 [[URL:http://zlab.umassmed.edu/benchmark/]]
--The Complex PDB Code is the PDB code of the structure f...
--1TFH contains two chains, A and B, for the same protein...
''References''
-Mintseris, J., Wiehe, K., Pierce, B., Anderson, R., Chen...
-Hwang, H., Pierce, B., Mintseris, J., Janin, J., & Weng,...
-Hwang, H., Vreven, T., Janin, J., & Weng, Z. (2010). Pro...
*Dockground [#xd5d8d38]
Vakserらのグループによるベンチマーク.
-http://dockground.bioinformatics.ku.edu/index.shtml
-version 3.0
DOUBLE(unboundが両方あるやつ)とSINGLE(片方しかunbound...
DOUBLEは102複合体,SINGLEは131複合体.unboundが一部水素付...
モノマー同士のペアは,DOUBLEが65個,SINGLEが105個.&br;
単体タンパク質の重複,ZLAB Benchmarkとの重複など調査中.
''References''
-Liu, S., Gao, Y., & Vakser, I. A. (2008). DOCKGROUND pro...
*NLC Dataset [#rc0d715d]
-SDOCKのチームが使ってるドッキングベンチマーク
-NLC = no large conformational change
-http://mdl.ipc.pku.edu.cn/mdlweb/register.php?id=12
*Transcription Factor-DNA Docking Benchmark [#j5a788cc]
-http://bioinfozen.uncc.edu/tf-dna-benchmarks/
''References''
-Kim, R., Corona, R. I., Hong, B., & Guo, J.-tao. (2011)....
*Protein-RNA Docking Benchmark [#v2839965]
-A protein–rna docking benchmark (i): Nonredundant ...
-A protein-RNA docking benchmark (II): extended set from ...
--http://life.bsc.es/pid/protein-rna-benchmark/
''References''
-Barik A, C N, P M, Prasad Bahadur R. (2012). A protein-r...
Proteins. [[doi:10.1002/prot.24083:http://onlinelibrary.w...
-Pérez-Cano L, Jimenez-Garcia B and Fernandez-Recio ...
*Protein-RNA Docking Benchmark (別グループ) [#dc7a7ac8]
-http://zoulab.dalton.missouri.edu/RNAbenchmark/
''Reference''
-Huang SY, Zou X. A nonredundant structure dataset for be...
**番外編 [#s82eec5e]
-Gao, M., & Skolnick, J. (2011). New benchmark metrics fo...
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[[研究メモ]]
*Protein-Protein Docking Benchmark [#tc4648ca]
[[ZDOCKグループ:http://zlab.umassmed.edu]]のベンチマーク...
-Benchmark3.0まで [[URL:http://zlab.bu.edu/zdock/benchma...
-Benchmark4.0 https://zlab.umassmed.edu/benchmark/benchm...
--以下の点に注意
---PDB ID:1OYVより2種類の複合体を利用している(1OYV_A:I, 1...
1OYV_A:I の方は1OYV, 1OYV_B:I の方は''BOYV''としてデータ...
この2つのLigandは全く同じファイルである.
---PDB ID:1QFWより2種類の複合体を利用している(1QFW_HL:AB,...
1QFW_IM:ABの方は1QFW, 1QFW_HL:ABの方は''2QFW''としてデー...
この2つのLigandは全く同じファイルである.
---2012/7/6 にiRMSDが訂正され,難易度カテゴリが一部変更さ...
-Benchmark5.0 [[URL:http://zlab.umassmed.edu/benchmark/]]
--The Complex PDB Code is the PDB code of the structure f...
--1TFH contains two chains, A and B, for the same protein...
''References''
-Mintseris, J., Wiehe, K., Pierce, B., Anderson, R., Chen...
-Hwang, H., Pierce, B., Mintseris, J., Janin, J., & Weng,...
-Hwang, H., Vreven, T., Janin, J., & Weng, Z. (2010). Pro...
*Dockground [#xd5d8d38]
Vakserらのグループによるベンチマーク.
-http://dockground.bioinformatics.ku.edu/index.shtml
-version 3.0
DOUBLE(unboundが両方あるやつ)とSINGLE(片方しかunbound...
DOUBLEは102複合体,SINGLEは131複合体.unboundが一部水素付...
モノマー同士のペアは,DOUBLEが65個,SINGLEが105個.&br;
単体タンパク質の重複,ZLAB Benchmarkとの重複など調査中.
''References''
-Liu, S., Gao, Y., & Vakser, I. A. (2008). DOCKGROUND pro...
*NLC Dataset [#rc0d715d]
-SDOCKのチームが使ってるドッキングベンチマーク
-NLC = no large conformational change
-http://mdl.ipc.pku.edu.cn/mdlweb/register.php?id=12
*Transcription Factor-DNA Docking Benchmark [#j5a788cc]
-http://bioinfozen.uncc.edu/tf-dna-benchmarks/
''References''
-Kim, R., Corona, R. I., Hong, B., & Guo, J.-tao. (2011)....
*Protein-RNA Docking Benchmark [#v2839965]
-A protein–rna docking benchmark (i): Nonredundant ...
-A protein-RNA docking benchmark (II): extended set from ...
--http://life.bsc.es/pid/protein-rna-benchmark/
''References''
-Barik A, C N, P M, Prasad Bahadur R. (2012). A protein-r...
Proteins. [[doi:10.1002/prot.24083:http://onlinelibrary.w...
-Pérez-Cano L, Jimenez-Garcia B and Fernandez-Recio ...
*Protein-RNA Docking Benchmark (別グループ) [#dc7a7ac8]
-http://zoulab.dalton.missouri.edu/RNAbenchmark/
''Reference''
-Huang SY, Zou X. A nonredundant structure dataset for be...
**番外編 [#s82eec5e]
-Gao, M., & Skolnick, J. (2011). New benchmark metrics fo...
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