[[PDB toolbox]]

関連: [[ZDOCKを動かす]]

*ZRANKを動かす [#k89c3f01]
-使い方
 $ zrank zdockoutfile startidx endidx
--startidx, endidxにリランキングしたいdecoyの順位の範囲を入力．（例 startidx=1, endidx=2000）
 $ zrank 1CGI.out 1 2000
--outファイル中に書いてあるPDBが存在しかつ水素付きであること．
--出力は指定したoutファイルの名前に.zr.outがくっついた名前のファイル．
中身は
 順位\tエネルギースコア
の羅列

--Ref: Pierce, B., & Weng, Z. (2007). ZRANK: reranking protein docking predictions with an optimized energy function. Proteins, 67(4), 1078-86. doi:10.1002/prot.21373
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