[[PDB toolbox]]
関連: [[ZDOCKを動かす]]
*ZRANKを動かす [#k89c3f01]
-使い方
$ zrank zdockoutfile startidx endidx
--startidx, endidxにリランキングしたいdecoyの順位の範囲を入力.(例 startidx=1, endidx=2000)
$ zrank 1CGI.out 1 2000
--outファイル中に書いてあるPDBが存在しかつ水素付きであること.
--出力は指定したoutファイルの名前に.zr.outがくっついた名前のファイル.
中身は
順位\tエネルギースコア
の羅列
--Ref: Pierce, B., & Weng, Z. (2007). ZRANK: reranking protein docking predictions with an optimized energy function. Proteins, 67(4), 1078-86. doi:10.1002/prot.21373