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*News [#d21640b9]
***2018年 [#x971a745]

-2018/7/31 [[第41回日本分子生物学会年会>http://www2.aeplan.co.jp/mbsj2018/]] 2018/11/28-30 で以下のワークショップ発表を行います。
--''大上雅史'': "新しい創薬標的の探索を支えるインフォマティクス技術", 第41回日本分子生物学会年会, 2PW1-11, 2018/11/29.(口頭発表)

-2018/7/31 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)2018/9/19-21 で以下のポスター発表を行います。
--Takanori Hayashi, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "代表タンパク質構造群とのアラインメントを用いた高速なタンパク質間相互作用予測", 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018), 2018/9/19-21.
--Yicong Huang, Yasushi Yoshikawa, Naoki Wakui, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama:"Construction of membrane permeability prediction system for cyclic peptides using enhanced sampling molecular dynamics simulation", 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018), 2018/9/19-21.
--Kento Aoyama, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "Performance Improvements of PPI Prediction Software by Tuning GPU Device Allocation on Multi-GPU Environments", 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018), 2018/9/19-21.
--伊井良太, 柳澤渓甫, ''大上雅史'', 秋山泰: "大域的化合物特徴を表現するグラフ畳込みニューラルネットワーク", 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018), 2018/9/19-21.

-2018/7/17 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018)2018/9/19-21 に参加します。

-2018/7/17 [[第56回日本生物物理学会年会>https://www2.aeplan.co.jp/bsj2018/index.html]] 2018/9/15-17 に参加します。

-2018/7/14 東工大挑戦的研究賞の受賞が決定しました。(研究課題名:細胞内PPI阻害を可能にするin silico中分子設計技術の開発)
--http://www.rso.titech.ac.jp/jp/awards/2/

-2018/5/16 情報処理学会第54回バイオ情報学研究会@OISTで4件の共著発表を行います。
--久保田陸人, 柳澤渓甫, ''大上雅史'', 秋山泰: "共通な部分構造の再利用アルゴリズムを用いたタンパク質リガンドドッキング手法の開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(42), 1-7, 6/16 2018.
--多治見隆志, 和久井直樹, ''大上雅史'', 秋山泰: "複数のLasso回帰解に基づく解釈性の良い予測モデルを目指した環状ペプチド医薬品の体内安定性予測", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(45), 1-7, 6/16 2018.
--渡辺紘生, 林孝紀, ''大上雅史'', 秋山泰: "ミトコンドリアに関連したヒトタンパク質間相互作用予測データベースMEGADOCK-Web-Mitoの開発", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(46), 1-8, 6/16 2018.
--青山健人, ''大上雅史'', 秋山泰: "生命情報解析分野におけるコンテナ型仮想化技術の動向と性能検証", 情報処理学会研究報告, 2018-BIO-54(47), 1-7, 6/16 2018.

-2018/5/8 第1回RWBC-OIL Workshopで口頭発表を行いました。

-2018/4/21 [[公益財団法人 船井情報科学振興財団>http://www.funaifoundation.jp]] 船井研究奨励賞 を受賞しました。
--[[大上雅史助教が船井研究奨励賞を受賞 | 情報工学系 News | 東京工業大学 情報理工学院 情報工学系>https://educ.titech.ac.jp/cs/news/2018_03/055502.html]]
--[[秋山研究室News>http://www.bi.cs.titech.ac.jp/web/news2018_ja.html#2018-4-21]]

-2018/4/1 科研費 若手研究(代表)、基盤研究(C)(分担)に採択されました。
--日本学術振興会 科研費 若手研究,「ミトコンドリアを取り巻く未知のインタラクトームの予測と実証」,18K18149, 2018年4月-2021年3月,代表: ''大上雅史''.
--日本学術振興会 科研費 基盤研究(C),「ヒューマンコンピュテーションと計算創薬の融合的実装による創薬計算科学の深化」,18K11523, 2018年4月-2021年3月,代表: 山本一樹、分担:''大上雅史''、森脇由隆.

-2018/1/19 日経産業新聞2018年1月19日(金)版の6面に「たんぱく質の相互作用予測、東工大が手法確立 創薬に応用期待」として大上らの成果が掲載されました。大上のコメントも掲載されています。

-2018/1/18 [[情報処理学会第80回全国大会>https://www.ipsj.or.jp/event/taikai/80/index.html]]で行われるイベント[[IPSJ-ONE>http://ipsj-one.org/]]で大上が口頭発表を行います。また、学生セッションで1件の共著発表を行います。
--''大上雅史'': "出会い系タンパク質を探す旅", 情報処理学会第80回全国大会, IPSJ-ONE (4), 早稲田大学 3/15, 2018. (招待講演)
--飯野翼, ''大上雅史'', 秋山泰, 清水佳奈: "タンパク質分子の柔軟性を考慮した新規ドッキングゲーム", 情報処理学会第80回全国大会, 7ZF-01, 3/15, 2018.

***2017年 [#c01ad798]

-2017/12/18 Artificial Life and Robotics誌に論文がアクセプトされました。
--Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "PKRank: A novel learning-to-rank method for ligand-based virtual screening using pairwise kernel and RankSVM", '''Artificial Life and Robotics'''. (accepted) 
-2017/11/21 Journal of Molecular Graphics and Modelling誌に論文がアクセプトされました。
--Naoki Wakui, Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, ''Masahito Ohue'', Masakazu Sekijima: Exploring the selectivity of inhibitor complexes with Bcl-2 and Bcl-XL: a molecular dynamics simulation approach, '''Journal of Molecular Graphics and Modelling'''. (accepted)
-2017/11/10 国際会議4th IITM-TokyoTech Joint Symposiumで招待講演を行いました。また、2件のポスター発表を行いました。
-2017/10/7 国際会議APBC2018に論文が2報アクセプトされました。
--Takanori Hayashi, Yuri Matsuzaki, Keisuke Yanagisawa, ''Masahito Ohue''*, Yutaka Akiyama*: MEGADOCK-Web: an integrated database of high-throughput structure-based protein-protein interaction predictions, '''BMC Bioinformatics''' (APBC2018). (accepted) 
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Rikuto Kubota, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: Optimization of memory use of fragment extension-based protein-ligand docking with an original fast minimum cost flow algorithm, '''Computational Biology and Chemistry''' (APBC2018). (accepted) 
-2017/10/6 生命情報科学若手の会第9回研究会に参加します。
-2017/9/5 国際会議IEEE ICCABS2017に論文がアクセプトされました。
--Tomohiro Ban, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama. Efficient Hyperparameter Optimization by Using Bayesian Optimization for Drug-Target Interaction Prediction, '''Proc. ICCABS2017'''. (accepted)
-2017/6/19 情報処理学会第50回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
--柳澤渓甫, 小峰駿汰, 久保田陸人, ''大上雅史'', 秋山泰: "フラグメント伸長型化合物ドッキング計算のための重み付きオフラインキャッシュ問題の厳密解アルゴリズム", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(39), 1-8, 6/25 2017.
--林孝紀, 山本悠生, 松崎由理, ''大上雅史'', 秋山泰: "タンパク質間相互作用予測統合データベースMEGADOCK-WEBの改良とクラウド計算環境との連携", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(40), 1-8, 6/25 2017.
--伊澤和輝, 山澤まりな, ''大上雅史'', 石田貴士, 秋山泰: "歯周病の発症要因の特定に向けた口腔内細菌叢解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(41), 1-6, 6/25 2017.
--山澤まりな, 伊澤和輝, ''大上雅史'', 石田貴士, 石原和幸, 秋山泰: "高速相同性解析ツールGHOSTXを用いた口腔内メタゲノム解析", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-50(42), 1-6, 6/25 2017.

-2017/4/3 研究分担者として参加する科研費 基盤研究(B)に採択されました。(中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発、代表者:秋山泰)

-2017/4/1 日本学術振興会-フランス外務省 二国間交流事業 共同研究 SAKURAプログラムに採択されました。(2017年4月-2019年3月, 代表. (2,000千円))

-2017/3/23 情報処理学会第49回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
--''大上雅史'',山本悠生,秋山泰: "Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(4), 1-3, 3/23 2017.
--柳澤渓甫,''大上雅史'',石田貴士, 秋山泰: "標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(6), 1-8, 3/23 2017.
--青山建人, 山本悠生,''大上雅史'',秋山泰: "コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(3), 1-8, 3/23 2017.

-2017/3/6 人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集:「日本のAI 元気な若手の動き」に記事が掲載されました。
--堀之内貴明, 尾崎遼, ''大上雅史'': "生命情報科学若手の会", 人工知能, 32(2), 270-271, 2017.&br;
[ [[JSAI>http://id.nii.ac.jp/1004/00008581/]] ] (Open Access)

***2016年 [#k570edaa]

-2016/12/12 国際会議AROB2017に論文が採択されました.共同研究者が口頭発表を行います.
--Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data", In '''Proceedings of 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 22nd 2017)''', 2017.

-2016/10/28 CBI学会2016年大会で,共著のポスター発表がポスター賞を受賞しました.
--Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, ''Masahito Ohue'', Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", '''CBI学会2016年大会''', P2-14, 10/26-28 2016. (poster)

-2016/9/16 CBI学会2016年大会で2件のポスター発表と1件のフォーカストセッション発表,フォーカストセッション運営,ACDDユニットキックオフシンポジウムの運営をします.
--''大上雅史'', "構造情報に基づくタンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK", '''CBI学会2016年大会, FS-07 バイオインフォマティクスとその医学応用・第4回 オミックス解析における実務者意見交換会''', 10/27 2016.(口頭発表)
--Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, ''Masahito Ohue'', Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", '''CBI学会2016年大会''', P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds", '''CBI学会2016年大会''', P2-19, 10/26-28 2016. (poster)

-2016/8/18 [[第5回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2016)>http://www.jsbi.org/iibmp2016/]]でBoFセッション[[「薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 ― 人智と計算の融合の可能性を探る」>http://www.jsbi.org/iibmp2016/program_bof/#B6]] (9/29 13:30-15:00) を主催します.&br;
また,以下の7件のポスター発表を行います.(http://www.jsbi.org/iibmp2016/program_poster )
--Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, ''Masahito Ohue'', Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P64, 2016. (poster)
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P65, 2016. (poster)
--''Masahito Ohue'', Yuki YAmamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P52, 2016. (poster)
--Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P69, 2016. (poster)
--Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P57, 2016. (poster)
--Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P25, 2016. (poster)
--Kota Goto, Kota Kasahara, ''Masahito Ohue'', Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama: "Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment", '''Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016)''', P59, 2016. (poster)

-2016/7/25 国際会議GIW2016にfull paperが採録されました.(2016/10/3-5 於 上海, 中国)
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", '''In Proceedings of The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016)''', 2016.

-2016/7/15 平成28年度 東工大基金による「研究の種発掘」支援に採択されました. [[Link>http://www.rso.titech.ac.jp/cat7/detail_70.html]]

-2016/7/13 第30回リバネス研究費 マイクロソフト賞に採択されました.

-2016/5/25 [[FIT2016 第15回情報科学技術フォーラム>http://www.ipsj.or.jp/event/fit/fit2016/index.html]]の[[「助教が吼える! 各界の若手研究者大集合」セッション>http://www.ipsj.or.jp/event/fit/fit2016/FIT2016program_web/data/html/event/event62.html]](9月9日(金) 9:30-12:00)で講演します.

-2016/5/25 情報処理学会[[第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会>http://www.ipsj.or.jp/kenkyukai/event/mps108bio46.html]]で3件の共著発表を行います.
--後藤公太,笠原浩太,''大上雅史'',中村春木,秋山泰: "SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化",2016-BIO-46(17), 7/5 2016.
--柳澤渓甫,小峰駿汰,鈴木翔吾,''大上雅史'',石田貴士,秋山泰: "フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法 ESPRESSO",2016-BIO-46(18), 7/5 2016.
--鈴木翔吾,''大上雅史'',秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング",2016-BIO-46(26), 7/5 2016.

-2016/4/6 大上が執筆した書籍「学振申請書の書き方とコツ DC/PD獲得を目指す若者へ」が発売になりました.
--http://www.amazon.co.jp/o/ASIN/4061531603/ (Amazonへのリンクです)

-2016/4/1 東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニットが立ち上がりました.
-2016/4/1 学内組織改変に伴い,所属が東京工業大学 情報理工学院 情報工学系に変わりました.
-2016/2/20 第45回情報処理学会バイオ情報学研究会(2016/3/19,石川県能美市)で3件の発表を行います.
--藤井智也,角田将典,''大上雅史'',石田貴士,石原和幸,秋山泰: "GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用",情報処理学会研究報告,2016-BIO-45(2):1-4, 2016.
--長澤一輝,松崎由理,''大上雅史'',秋山泰: "タンパク質間相互作用予測結果データベースと表示系の構築",2016-BIO-45(3):1-4, 2016.
--山崎卓朗,''大上雅史'',秋山泰: "タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング",2016-BIO-45(12):1-7, 2016.


***2015年 [#id895dab]

-2015/11/28 創剤フォーラム若手研究会で4件のポスター発表を行いました.
--''大上雅史'',松崎由理,石田 貴士,秋山泰: "タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCKによるEGFRパスウェイ解析", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-9, 2015.11.28 (東京大学).
--Tomohiro Ban, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Improving Conformational Search of Protein-Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-4, 2015.11.28 (東京大学).
--鈴木翔吾,''大上雅史'', 秋山泰: "活性値情報のグループ化を用いたランク学習による化合物スクリーニング",  第21回創剤フォーラム若手研究会, P-5, 2015.11.28 (東京大学).
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on ligand decomposition",  第21回創剤フォーラム若手研究会, P-6, 2015.11.28 (東京大学).

-2015/11/15 サイエンスアゴラ2015にて,統計数理研究所 数学協働プログラム主催のイベント[[「科学における発見、数学における発見」:http://coop-math.ism.ac.jp/event/2015C02]]で講演を行いました.(題目:数学と計算で探るタンパク質の出会いとネットワーク)
-2015/11/9 [[第18回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2015):http://ibisml.org/ibis2015/]](11/25-27)のディスカッショントラックで1件の共著発表を行います.
--鈴木翔吾, ''大上雅史'', 秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による活性化合物予測", 第18回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2015), poster D-19, つくば, 茨城, 11/25-27, 2015.

-2015/9/29 生命医薬情報学連合大会2015年大会で2件の共著発表があります.
--Tomohiro Ban, ''Masahito Ohue'', Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
--Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on compound decomposition", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
-2015/9/7 生命医薬情報学連合大会2015年大会で[[若手合同セッション「生命・化学・医療情報学は連携できるのか?」>http://biomedinfo.kuicr.kyoto-u.ac.jp/?page_id=416#young]]をオーガナイズします.
-2015/8/20 第53回日本生物物理学会年会(金沢,9/13-15)の3日目にポスター発表による研究発表を行います.
--''大上雅史'', 内古閑伸之,松崎由理,秋山泰:"アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析",第53回日本生物物理学会年会,3Pos190,石川県金沢市,9/13-15,2015.(ポスター発表)
--内古閑伸之,松崎由理,''大上雅史'', 秋山泰:"剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析",第53回日本生物物理学会年会,3Pos189,石川県金沢市,9/13-15,2015.(ポスター発表)
-2015/6/22 第4回育志賞研究発表会(京都, 8/31)にて,「大規模タンパク質間相互作用予測によるEGFR系解析」について発表します.
-2015/6/10 第364回CBI学会講演会 「タンパク質立体構造予測とタンパク質デザイン」(6/22)に参加します.
-2015/6/10 第42回バイオ情報学研究会(OIST,6/23-25)で下記の2件の共著発表があります.
--鈴木 翔吾, 柳澤 渓甫, ''大上 雅史'', 石田 貴士, 秋山 泰:SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測,情報処理学会研究報告,2015-BIO-42(31), 2015.
--和久井 直樹, ''大上 雅史'', 千葉 峻太朗, 石田 貴士, 岩 博史, 秋山 泰 :既知の活性/非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択,情報処理学会研究報告,2015-BIO-42(60), 2015.
-2015/5/15 第42回バイオ情報学研究会 (OIST) 6/23-25 に参加します.
-2015/4/2 生物物理誌に男女共同参画に関する記事を寄稿しました.
--''大上 雅史'', 根岸 瑠美. "「鍵はダイバーシティ」男女共同参画・若手支援シンポジウム報告",生物物理,55(2): 108-110, 2015. 
[[http://www.biophys.jp/journal/journal_dl.php?fnm=55-2>http://www.biophys.jp/journal/journal_dl.php?fnm=55-2]]
-2015/4/1 科研費 平成27年度 若手研究(B)「中規模ペプチドの構造的相互作用解析基盤技術の開発」(代表)の採択を頂きました.
-2015/4/1 科研費 平成27年度 基盤研究(C)「アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発」(分担,代表者:中央大学 内古閑伸之)の採択を頂きました.
-2015/4/1  東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の助教に着任しました。
-2015/2/17 手島精一記念研究賞(博士論文賞)を受賞しました. [[http://www.titech.ac.jp/news/2015/030055.html>http://www.titech.ac.jp/news/2015/030055.html]] 
-2015/1/21 国際会議APBC2015での共著論文がBMC Systems Biology誌に掲載されました.&br;
--Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, ''Masahito Ohue'', Takashi Ishida, Yutaka Akiyama:
"Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures",
'''BMC Systems Biology (In Proc. of APBC2015)''', ''9''(Suppl 1): S6, 2015.
[ [[BioMedCentral>http://www.biomedcentral.com/1752-0509/9/S1/S6]] ]
-2015/1/21 国際会議APBC2015でポスター発表を行いました.

***2014年 [#s42abc1b]
-2014/12/3 大上が分担執筆した著書「これだけ!生化学」が秀和システムより発刊されました. [ [[Amazon>http://goo.gl/ahycCT]] ]
-2014/11/13 国際会議AHeDD'2014でBest Poster Awardを受賞しました.
-2014/10/29 生命情報科学若手の会第6回研究会にスタッフとして参加しました.
-2014/10/1 国際会議APBC2015に論文が採択されました.NVIDIA Tesla GPUとIntel Xeon Phiの比較をドッキング計算プログラムを例に行ったものです.
-2014/10/1 第3回生命医薬情報学連合大会でポスター発表とライトニングトークを行いました.[ [[Link1>http://www.biomedpharminfo.org/]], [[Link2>http://iibmp2014.castle104.com/#!_/presentations/11554]] ]
-2014/9/25 第52回日本生物物理学会年会でポスター発表を行いました.[ [[Link>http://www.aeplan.co.jp/bsj2014/]] ]
-2014/9/10 アメリカ生物物理学会の国際会議「Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery」でポスター発表を行いました.[ [[Link>http://www.biophysics.org/2014istanbul/Home/tabid/4414/Default.aspx]] ]
-2014/8/20 日本学術振興会 育志賞研究発表会でポスター発表を行いました.[ [[Link>http://www.jsps.go.jp/j-ikushi-prize/kenkyu_happyoukai.html]] ]
-2014/8/6 GPUスパコン上で大量のタンパク質ドッキングを実行可能なアプリケーション「MEGADOCK 4.0」の論文が,Bioinformatics誌より出版されました. [ [[Oxford>http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu532]] ]
-2014/7/22 [[大上の博士論文>http://www.bi.cs.titech.ac.jp/~ohue/paper/thesis_11D38020_MasahitoOhue.pdf]]が情報処理学会研究会推薦博士論文速報で取り上げられました. [ [[link>http://www.ipsj.or.jp/magazine/hakase/BIO01.html]] ]
-2014/7/1 日本生物物理学会の平成27年度〜28年度代議員に選出されました.
-2014/6/27 情報処理学会第38回バイオ情報学研究会(沖縄,OIST)でGPUクラスタでのタンパク質ドッキングの並列化について話しました.スライドはこちら [ [[slide>https://dl.dropboxusercontent.com/u/342898/slide/sigbio38.pdf]] ]
-2014/4/1 日本学術振興会 特別研究員 (PD) に就任しました.
-2014/3/28 情報生命博士教育院のHPにインタビュー記事が掲載されました. 
[ [[情報生命博士教育院>http://www.acls.titech.ac.jp/ja/node/324]] ]
-2014/3/26 東京工業大学博士後期課程を修了し,博士(工学)の学位を取得しました.
-2014/3/11 第4回 日本学術振興会 育志賞受賞報告について本学HPに掲載されました. [ [[東京工業大学>http://www.titech.ac.jp/news/2014/025298.html]] ]
-2014/1/31 第4回 日本学術振興会 育志賞を受賞しました.&br;
[ [[日本学術振興会HP>http://www.jsps.go.jp/j-ikushi-prize/kettei_2_h25.html]] | [[秋山研究室HP>http://www.bi.cs.titech.ac.jp/web/news/53d78cde-59274e0a96c553f2541b-d3-7b2c456de-65e5672c5b668853632f82084f1a-80b25fd78cde309253d78cde]] | [[東京工業大学>http://www.titech.ac.jp/news/2014/024997.html]] | [[東京工業大学情報生命博士教育院>http://www.acls.titech.ac.jp/ja/node/280]] ]

***2013年 [#l7e63c55]
-2013/12/25 博士論文公聴会を行いました. http://www.cs.titech.ac.jp/H26-3-doctor.pdf
-2013/12/20 BMC Proceedings誌よりTemplate-base/Template-freeの統合予測に関する論文が出版されました. [ [[Link>http://www.biomedcentral.com/1753-6561/7/S7/S6]] ]
-2013/11/1 MEGADOCK-GPUの論文が公開されました. [ [[ACM Digital Library>http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2506693]] ]
-2013/9/23 ACM-BCB2013でポスター発表を行いました.
-2013/9/22 ParBio2013で共同研究者が口頭発表を行いました.
-2013/9/6-9 第53回生物物理若手の会夏の学校に参加しました.[[MEGADOCK>http://www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock]]に関するハンズオンセミナーの資料を公開しています. [ [[Link>http://bpwakate.net/archives/summer2013/program/handson.html]] ]
-2013/9/5 FIT2013で共同研究者が口頭発表を行いました.
-2013/9/5 Source Code for Biology and Medicine誌よりMEGADOCK 3.0に関する論文が出版されました. [ [[Link>http://www.scfbm.org/content/8/1/18/]] ]
-2013/8/30-9/1 第53回生命科学夏の学校に参加しました.

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