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News †
2017年 †
- 2017/3/23 情報処理学会第49回バイオ情報学研究会にて発表を行います。
- 大上雅史，山本悠生，秋山泰: "Microsoft Azure上でのタンパク質間相互作用予測システムの並列計算と性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(4), 1-3, 3/23 2017．
- 柳澤渓甫，大上雅史，石田貴士, 秋山泰: "標的タンパク質の立体構造を用いたリガンド候補化合物の上限サイズの推定による化合物フィルタリング", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(6), 1-8, 3/23 2017．
- 青山建人, 山本悠生，大上雅史，秋山泰: "コンテナ型仮想化による分散計算環境におけるタンパク質間相互作用予測システムの性能評価", 情報処理学会研究報告, 2017-BIO-49(3), 1-8, 3/23 2017．
- 2017/3/6 人工知能学会の学会誌「人工知能」の小特集：「日本のAI 元気な若手の動き」に記事が掲載されました。
- 堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史: "生命情報科学若手の会", 人工知能, 32(2), 270-271, 2017.
[ JSAI ] (Open Access)
2016年 †
- 2016/12/12 国際会議AROB2017に論文が採択されました．共同研究者が口頭発表を行います．
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning-to-rank based compound virtual screening by using pairwise kernel with multiple heterogeneous experimental data", In Proceedings of 22nd International Symposium on Artificial Life and Robotics (AROB 22nd 2017), 2017.
- 2016/10/28 CBI学会2016年大会で，共著のポスター発表がポスター賞を受賞しました．
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
- 2016/9/16 CBI学会2016年大会で2件のポスター発表と1件のフォーカストセッション発表，フォーカストセッション運営，ACDDユニットキックオフシンポジウムの運営をします．
- 大上雅史, "構造情報に基づくタンパク質間相互作用予測システムMEGADOCK", CBI学会2016年大会, FS-07 バイオインフォマティクスとその医学応用・第4回 オミックス解析における実務者意見交換会, 10/27 2016.（口頭発表）
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", CBI学会2016年大会, P2-14, 10/26-28 2016. (poster)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method with segmented compounds", CBI学会2016年大会, P2-19, 10/26-28 2016. (poster)
- 2016/8/18 第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2016）でBoFセッション「薬のタネ発見のための計算技術と創薬知 ― 人智と計算の融合の可能性を探る」 (9/29 13:30-15:00) を主催します．
また，以下の7件のポスター発表を行います．(http://www.jsbi.org/iibmp2016/program_poster )
- Kazuki Yamamoto, Yoshitaka Moriwaki, Keita Oda, Masahito Ohue, Itsuo Nakane, Ryunosuke Yoshino, Hayase Hakariya, Tadaaki Mashimo, Mitsuhito Wada, Yoshifumi Fukunishi: "Human insight in drug discovery: docking pose selection in protein-ligand docking and hit-compounds selection in structure-based virtual screening", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P64, 2016. (poster)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound segmentation", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P65, 2016. (poster)
- Masahito Ohue, Yuki YAmamoto, Hiroyuki Sato, Takashi Matsushita, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-Azure: High-performance protein-protein interaction prediction system on Microsoft Azure HPC", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P52, 2016. (poster)
- Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Learning to Rank with Ignoring Meaningless Order and Its Application to Virtual Screening for Drug Discovery", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P69, 2016. (poster)
- Takanori Hayashi, Kazuki Nagasawa, Yuri Matsuzaki, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "MEGADOCK-WEB: a database of predicted protein-protein interactions and its web interface", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P57, 2016. (poster)
- Marina Yamasawa, Tomoya Fujii, Kota Goto, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Kazuyuki Ishihara, Yutaka Akiyama: "GPU/MPI Parallelization of Metagenomic Sequence Homology Search Tool and Its Application to Oral Metagenomics", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P25, 2016. (poster)
- Kota Goto, Kota Kasahara, Masahito Ohue, Haruki Nakamura, Yutaka Akiyama: "Accelerating SHAKE Calculation of myPresto/omegagene Molecular Dynamics Simulation on CPU/GPU heterogeneous environment", Informatics in Biology, Medicine and Pharmacology 2016 (IIBMP2016), P59, 2016. (poster)
- 2016/7/25 国際会議GIW2016にfull paperが採録されました．(2016/10/3-5 於 上海, 中国)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Shogo D. Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "ESPRESSO: An ultrafast compound pre-screening method based on compound decomposition", In Proceedings of The 27th International Conference on Genome Informatics (GIW 2016), 2016.
- 2016/7/15 平成28年度 東工大基金による「研究の種発掘」支援に採択されました． Link
- 2016/7/13 第30回リバネス研究費 マイクロソフト賞に採択されました．
- 2016/5/25 情報処理学会第108回MPS・第46回BIO合同研究発表会で3件の共著発表を行います．
- 後藤公太，笠原浩太，大上雅史，中村春木，秋山泰: "SHAKE法に着目した分子動力学ソフトウェアmyPresto/OmegageneのCPU・GPU混在環境における高速化"，2016-BIO-46(17), 7/5 2016．
- 柳澤渓甫，小峰駿汰，鈴木翔吾，大上雅史，石田貴士，秋山泰: "フラグメント分割に基づく超高速化合物プレスクリーニング手法 ESPRESSO"，2016-BIO-46(18), 7/5 2016.
- 鈴木翔吾，大上雅史，秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による化合物スクリーニング"，2016-BIO-46(26), 7/5 2016.
- 2016/4/6 大上が執筆した書籍「学振申請書の書き方とコツ DC/PD獲得を目指す若者へ」が発売になりました．
- 2016/4/1 東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニットが立ち上がりました．
- 2016/4/1 学内組織改変に伴い，所属が東京工業大学 情報理工学院 情報工学系に変わりました．
- 2016/2/20 第45回情報処理学会バイオ情報学研究会（2016/3/19，石川県能美市）で3件の発表を行います．
- 藤井智也，角田将典，大上雅史，石田貴士，石原和幸，秋山泰: "GPUを用いたメタゲノム配列相同性解析ツールのMPI並列化と応用"，情報処理学会研究報告，2016-BIO-45(2):1-4, 2016．
- 長澤一輝，松崎由理，大上雅史，秋山泰: "タンパク質間相互作用予測結果データベースと表示系の構築"，2016-BIO-45(3):1-4, 2016．
- 山崎卓朗，大上雅史，秋山泰: "タンパク質-化合物相互作用ネットワークのリンクマイニング"，2016-BIO-45(12):1-7, 2016．
2015年 †
- 2015/11/28 創剤フォーラム若手研究会で４件のポスター発表を行いました．
- 大上雅史，松崎由理，石田 貴士，秋山泰: "タンパク質間相互作用予測システムMEGADOCKによるEGFRパスウェイ解析", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-9, 2015.11.28 (東京大学).
- Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Improving Conformational Search of Protein-Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-4, 2015.11.28 (東京大学).
- 鈴木翔吾，大上雅史, 秋山泰: "活性値情報のグループ化を用いたランク学習による化合物スクリーニング", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-5, 2015.11.28 (東京大学).
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on ligand decomposition", 第21回創剤フォーラム若手研究会, P-6, 2015.11.28 (東京大学).
- 2015/11/15 サイエンスアゴラ2015にて，統計数理研究所 数学協働プログラム主催のイベント「科学における発見、数学における発見」で講演を行いました．（題目：数学と計算で探るタンパク質の出会いとネットワーク）
- 2015/11/9 第18回情報論的学習理論ワークショップ (IBIS2015)(11/25-27)のディスカッショントラックで１件の共著発表を行います．
- 鈴木翔吾, 大上雅史, 秋山泰: "活性値情報のグループ化とランク学習による活性化合物予測", 第18回情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2015), poster D-19, つくば, 茨城, 11/25-27, 2015.
- 2015/9/29 生命医薬情報学連合大会2015年大会で２件の共著発表があります．
- Tomohiro Ban, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama: "Multiple Grids Arrangement for Ligand Docking and Its Application to Inverse Docking Problem", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
- Keisuke Yanagisawa, Shunta Komine, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama: "Fast pre-filtering for virtual screening based on compound decomposition", IIBMP2015, Kyoto, Japan, Oct 29-31. (poster)
- 2015/9/7 生命医薬情報学連合大会2015年大会で若手合同セッション「生命・化学・医療情報学は連携できるのか？」をオーガナイズします．
- 2015/8/20 第53回日本生物物理学会年会（金沢，9/13-15）の３日目にポスター発表による研究発表を行います．
- 大上雅史, 内古閑伸之，松崎由理，秋山泰："アミノ酸プロファイルによるタンパク質ペプチド複合体のポストドッキング解析"，第53回日本生物物理学会年会，3Pos190，石川県金沢市，9/13-15，2015．（ポスター発表）
- 内古閑伸之，松崎由理，大上雅史, 秋山泰："剛体アンサンブルドッキングによって得られた候補構造群における相互作用残基ペアの特徴の解析"，第53回日本生物物理学会年会，3Pos189，石川県金沢市，9/13-15，2015．（ポスター発表）
- 2015/6/22 第4回育志賞研究発表会（京都, 8/31）にて，「大規模タンパク質間相互作用予測によるEGFR系解析」について発表します．
- 2015/6/10 第364回CBI学会講演会 「タンパク質立体構造予測とタンパク質デザイン」（6/22）に参加します．
- 2015/6/10 第42回バイオ情報学研究会（OIST，6/23-25）で下記の２件の共著発表があります．
- 鈴木 翔吾, 柳澤 渓甫, 大上 雅史, 石田 貴士, 秋山 泰：SVMとDeep Learningに基づくヒトc-Yesキナーゼ阻害化合物の予測，情報処理学会研究報告，2015-BIO-42(31), 2015.
- 和久井 直樹, 大上 雅史, 千葉 峻太朗, 石田 貴士, 岩�� 博史, 秋山 泰 ：既知の活性／非活性化合物のドッキング解析によるバーチャルスクリーニングに適したタンパク質立体構造モデルの選択，情報処理学会研究報告，2015-BIO-42(60), 2015.
- 2015/5/15 第42回バイオ情報学研究会 (OIST) 6/23-25 に参加します．
- 2015/4/2 生物物理誌に男女共同参画に関する記事を寄稿しました．
- 2015/4/1 科研費 平成27年度 若手研究(B)「中規模ペプチドの構造的相互作用解析基盤技術の開発」（代表）の採択を頂きました．
- 2015/4/1 科研費 平成27年度 基盤研究(C)「アミノ酸残基レベルの相互作用プロファイルを用いたタンパク質間相互作用予測法の開発」（分担，代表者:中央大学 内古閑伸之）の採択を頂きました．
- 2015/4/1 東京工業大学 大学院情報理工学研究科 計算工学専攻の助教に着任しました。
- 2015/2/17 手島精一記念研究賞（博士論文賞）を受賞しました． http://www.titech.ac.jp/news/2015/030055.html
- 2015/1/21 国際会議APBC2015での共著論文がBMC Systems Biology誌に掲載されました．
- Takehiro Shimoda, Shuji Suzuki, Masahito Ohue, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama:
"Protein-Protein Docking on Hardware Accelerators: Comparison of GPU and MIC Architectures",
BMC Systems Biology (In Proc. of APBC2015), 9(Suppl 1): S6, 2015.
[ BioMedCentral ]
- 2015/1/21 国際会議APBC2015でポスター発表を行いました．
2014年 †
- 2014/12/3 大上が分担執筆した著書「これだけ！生化学」が秀和システムより発刊されました． [ Amazon ]
- 2014/11/13 国際会議AHeDD'2014でBest Poster Awardを受賞しました．
- 2014/10/29 生命情報科学若手の会第6回研究会にスタッフとして参加しました．
- 2014/10/1 国際会議APBC2015に論文が採択されました．NVIDIA Tesla GPUとIntel Xeon Phiの比較をドッキング計算プログラムを例に行ったものです．
- 2014/10/1 第3回生命医薬情報学連合大会でポスター発表とライトニングトークを行いました．[ Link1, Link2 ]
- 2014/9/25 第52回日本生物物理学会年会でポスター発表を行いました．[ Link ]
- 2014/9/10 アメリカ生物物理学会の国際会議「Modeling of Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery」でポスター発表を行いました．[ Link ]
- 2014/8/20 日本学術振興会 育志賞研究発表会でポスター発表を行いました．[ Link ]
- 2014/8/6 GPUスパコン上で大量のタンパク質ドッキングを実行可能なアプリケーション「MEGADOCK 4.0」の論文が，Bioinformatics誌より出版されました． [ Oxford ]
- 2014/7/22 大上の博士論文が情報処理学会研究会推薦博士論文速報で取り上げられました． [ link ]
- 2014/7/1 日本生物物理学会の平成27年度〜28年度代議員に選出されました．
- 2014/6/27 情報処理学会第38回バイオ情報学研究会（沖縄，OIST）でGPUクラスタでのタンパク質ドッキングの並列化について話しました．スライドはこちら [ slide ]
- 2014/4/1 日本学術振興会 特別研究員 (PD) に就任しました．
- 2014/3/28 情報生命博士教育院のHPにインタビュー記事が掲載されました．
[ 情報生命博士教育院 ]
- 2014/3/26 東京工業大学博士後期課程を修了し，博士（工学）の学位を取得しました．
- 2014/3/11 第4回 日本学術振興会 育志賞受賞報告について本学HPに掲載されました． [ 東京工業大学 ]
- 2014/1/31 第4回 日本学術振興会 育志賞を受賞しました．
[ 日本学術振興会HP | 秋山研究室HP | 東京工業大学 | 東京工業大学情報生命博士教育院 ]
2013年 †
- 2013/12/25 博士論文公聴会を行いました． http://www.cs.titech.ac.jp/H26-3-doctor.pdf
- 2013/12/20 BMC Proceedings誌よりTemplate-base/Template-freeの統合予測に関する論文が出版されました． [ Link ]
- 2013/11/1 MEGADOCK-GPUの論文が公開されました． [ ACM Digital Library ]
- 2013/9/23 ACM-BCB2013でポスター発表を行いました．
- 2013/9/22 ParBio2013で共同研究者が口頭発表を行いました．
- 2013/9/6-9 第53回生物物理若手の会夏の学校に参加しました．MEGADOCKに関するハンズオンセミナーの資料を公開しています． [ Link ]
- 2013/9/5 FIT2013で共同研究者が口頭発表を行いました．
- 2013/9/5 Source Code for Biology and Medicine誌よりMEGADOCK 3.0に関する論文が出版されました． [ Link ]
- 2013/8/30-9/1 第53回生命科学夏の学校に参加しました．
![[PukiWiki]](image/pukiwiki.png "[PukiWiki]")
