秋山 泰 (Yutaka Akiyama)
昭和36年生まれ 東京都出身
学歴：
昭和55年3月 慶應義塾高等学校卒業
昭和55年4月 慶應義塾大学工学部入学
昭和59年3月 慶應義塾大学工学部電気工学科卒業
昭和59年4月 慶應義塾大学大学院理工学研究科電気工学専攻修士課程入学
昭和61年3月 同課程修了
昭和61年4月 慶應義塾大学大学院理工学研究科電気工学専攻博士課程入学
平成 2年3月 同課程修了
学位 工学博士（慶應義塾大学 平成 2年3月）
職歴：
平成 2年 4月 通商産業省工業技術院電子技術総合研究所 研究官
平成 4年 4月 京都大学 助教授（化学研究所）
平成 8年 4月 技術研究組合新情報処理開発機構 研究室長（並列応用つくば研究室）
平成12年 4月 通商産業省工業技術院電子技術総合研究所 主任研究官
（生命情報科学研究センター検討チーム長）
平成13年 4月 独立行政法人産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター長
現在に至る
平成18年 7月 東京工業大学大学院情報理工学研究科情報工学専攻 教授（兼職）
現在に至る
この間、下記を兼任
平成10年4月-11年3月 東京大学 大学院工学研究科 非常勤講師
平成14年4月-15年3月 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 非常勤講師
平成15年4月-現在 東京医科歯科大学大学院 生命情報科学研究部 客員教授
平成15年4月-現在 慶應義塾大学理工学部 生命情報学科 客員教授
平成17年4月-現在 早稲田大学ITバイオ研究所 客員研究員
平成18年9月-現在 早稲田大学理工学術院 客員教授
賞罰：
昭和63年 10月 情報処理学会学術奨励賞 受賞
学会活動等：
（１） 国際会議 ISMB'95（分子生物学向け知的システム国際会議）プログラム委員（平成７年）
（２） 国際会議 ISHPC-I（高性能計算国際ワークショップ）プログラム委員（平成１０年）
（３） 国際会議 PDPTA'98（並列分散処理技術と応用国際会議）プログラム委員（平成１０年）
（４） 国際会議 ISHPC-II（高性能計算国際ワークショップ）プログラム副委員長（平成１１年）
（５） 国内会議 JSPP'99 （並列処理シンポジウム）実行委員会 幹事（平成１１年）
（６） 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI) 運営委員（平成１０年〜平成１２年）
（７） 日本バイオインフォマティクス学会 初代幹事(平成１１年〜平成１２年)
（８） 情報処理学会問題解決と数理モデル研究会(MPS) 幹事（平成１１年〜平成１３年）
（９） 情報処理学会問題解決と数理モデル研究会(MPS) 論文誌編集委員（平成１１年〜平成１４年）
（１０） NPO法人 並列生物情報処理イニシアティブ (IPAB) 代表発起人・副会長（平成１１年から現在）
（１１） 国際会議 ISHPC-III（高性能計算国際ワークショップ）プログラム委員（平成１２年）
（１２） AITEC-HECC（ハイエンドコンピューティング） 調査委員（平成１２年〜平成１３年）
（１３） 科学技術会議ライフサイエンス部会ゲノム科学小委員会ゲノム情報科学WG委員（平成１２年〜平成１３年）
（１４） 文部科学省特定領域研究ゲノム科学高速化委員会 委員（平成１２年〜平成１６年）
（１５） 文部科学省タンパク３０００プロジェクト実施体制検討委員会 委員（平成１３年）
（１６） 総合科学技術会議 ライフサイエンス部会ゲノム科学小委員会 委員（平成１３年〜平成１５年）
（１７） 国際会議 ISHPC-IV（高性能計算国際ワークショップ）プログラム委員（平成１４年）
（１８） 文部科学省タンパク３０００プロジェクト推進委員会 委員（平成１４年〜現在）
（１９） ゲノム創薬フォーラム 評議員（平成１４年〜現在）
（２０） 独立行政法人産業技術総合研究所 先端情報計算センター 運営委員（平成１４年〜平成１６年）
（２１） 国際会議 ISHPC-V（高性能計算国際ワークショップ）プログラム副委員長（平成１５年）
（２２） 独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構 NEDO技術委員（平成１５年〜平成１６年）
（２３） 独立行政法人産業技術総合研究所先端情報計算センター体制検討委員会 委員（平成１５年〜平成１６年）
（２４） 社団法人電子情報技術産業協会 電子材料デバイス技術委員会 委員（平成１５年〜平成１６年）
（２５） 社団法人電子情報技術産業協会 バイオインフォマティクス専門委員会 委員長（平成１５年〜平成１６年）
（２６） 独立行政法人日本学術振興会 科学研究費委員会 専門委員（平成１６年〜現在）
（２７） 社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム バイオインフォマティクス技術者認定制度 認定事業委員会 委員（平成１６年〜現在）、および検定委員会 委員（平成１６年〜現在）
（２８） 財団法人バイオインダストリー協会 機能性RNA研究推進委員会 委員（平成１６年〜平成１７年）
（２９） 独立行政法人理化学研究所 ゲノム情報科学研究評価委員会 委員（平成１６年〜現在）
（３０） 独立行政法人日本学術振興会 日英協力に関する国際科学技術協力推進委員（平成１７年〜現在）
（３１） 文部科学省科学技術・学術審議会 ゲノム領域評価委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３２） 文部科学省科学技術・学術審議会 総合的基盤構築専門委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３３） 文部科学省科学技術・学術審議会 データベース整備戦略作業部会 委員（平成１７年〜現在）
（３４） 文部科学省科学技術・学術審議会 基盤ゲノム専門委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３５） 文部科学省細胞・生体機能シミュレーション評価委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３６） 文部科学省細胞・生体機能シミュレーション公募選定委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３７） 財団法人バイオインダストリー協会 細胞アレイ研究推進委員会 委員（平成１７年〜現在）
（３８） 総合科学技術会議 分野別推進戦略(情報通信分野)研究開発基盤技術WG委員（平成１７年〜現在）
（３９） 社団法人人工知能学会 理事（平成１７年〜現在）
（４０） 日本バイオインフォマティクス学会 評議員（平成１７年〜現在）
（４１） 日本バイオインフォマティクス学会 副会長（平成１８年〜現在）
（４２） 理化学研究所生命体統合シミュレーション開発研究委員会・データ解析融合WG委員（平成１８年〜現在）
（４３） 国家プロジェクトへの参加
1. ＨＦＳＰゲノムプロジェクトメンバー（平成４年〜平成８年）
2. 文部省重点領域研究 「ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究」計画班 （平成4年〜８年）
3．経済産業省「学習・適応型情報処理による診断システムの開発」再委託（平成６年〜８年）
4. 経済産業省「学習・適応型情報処理による診断システムの開発」委託事業 研究室長, 並列アプリケーション領域総括（平成８年〜平成１０年）
5. 経済産業省「エネルギー使用合理化電子計算機技術開発」委託事業 研究室長, 並列アプリケーション領域総括（平成９年〜平成１２年）
6. ミレニアム・ゲノムプロジェクト「バイオコンピューティングの研究開発」提案代表者（平成１２年〜平成１６年）
7. 科学技術振興調整費・新興分野人材養成「産総研生命情報科学人材養成コース」提案代表者（平成１３年〜平成１７年）
8. 経済産業省FOCUS21プロジェクト「バイオIT融合機器開発プロジェクト」サブテーマの提案者（平成１５年〜平成１７年）
9. 経済産業省「バイオ人材育成事業」プロジェクトサブテーマの参加メンバー（平成１５年）
10. 科学技術振興調整費・新興分野人材養成「生命情報科学技術者養成コース」提案代表者（平成１７年〜現在）
11. 文部科学省特定領域研究 「生体分子群のデジタル精密計測に基づいた細胞機能解析：ライフサーベイヤをめざして」計画班 （平成１７年〜現在）
12. 独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構「モデル細胞を用いた遺伝子機能等解析技術開発／細胞アレイ等による遺伝子機能の解析技術開発」プロジェクト サブテーマ責任者（平成１７年〜現在）
秋山 泰 業績リスト（論文・著書・口頭発表・特許など）
１． 学位論文 工学博士
The Gaussian Machine: A Stochastic, Continuous Neural Network Model
慶應義塾大学 平成 2年 2月
２． 学術論文（査読付き）
【１】ニューラルネットワーク，遺伝的アルゴリズム
（１） Akiyama, Y., Yamashita, A., Kajiura, M., Anzai, Y., and Aiso, H.: The Gaussian Machine: A Stochastic Neural Network for Solving Assignment Problems, Journal of Neural Network Computing, Vol.2, No.3, pp.43-51, 1991.
（２） 古谷立美, 秋山 泰, 田中敏夫, 新田 徹: フィードバック付き多層ニューラルネットワーク,情報処理学会論文誌, Vol.32, No.9, pp.1210-1213, 1991.
（３） 秋山 泰，古谷立美: ホップフィールド型ニューラルネットにおける制約の動的な制御の効果，並列処理シンポジウムJSPP'91 論文集, pp.469-476，1991.
（４） 秋山 泰： ニューラルネットワークのハードウェア, オペレーションズ・リサーチ, Vol.37, No.7, pp.342-346, 1992.
（５） 新田 徹, 赤穂昭太郎, 秋山 泰, 古谷立美: 複素バックプロパゲーション・ネットワークにおける重みパラメータと決定表面の構造,情報処理学会論文誌, Vol.33, No.11, pp.1306-1313, 1992.
（６） Ogata,H., Akiyama,Y., and Kanehisa,M.: A genetic algorithm based molecular modeling technique for RNA stem-loop structures, Nucleic Acids Research, Vol.23, Issue 3, pp.694-701, 1995.
（７） 秋山 泰: エントロピー項の導入によるバックプロパゲーション学習則の拡張と学習効率の向上, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG09, pp.81-90, 1999.
（８） Tominaga, D., Takahashi, K., and Akiyama, Y.: Distributed Genetic Algorithm for Inference of Biological Scale-Free Network Structure, Lecture Notes in Computer Science, Vol.2858, pp.214-221, 2003.
（９） Kikuchi, S., Tominaga, D., Arita, M., Takahashi, K., and Akiyama, Y.: Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system, Bioinformatics, Vol.19, No.5, pp.643-650, 2003.
【２】バイオインフォマティクス
（１０） Akiyama, Y., Mori, H., Kuhara, S., Ogasawara, N., Miyajima, N., Furukawa, T., Sato, K., and Murakami, Y.: Genomatica: an Integrated Data Management and Analysis Tool for Genome Sequencing Projects, Genome Informatics, Vol.4, pp.394-401, 1993.
（１１） Araki, S., Goshima, M., Mori, S., Nakashima, H., Akiyama, Y., and Kanehisa, M.: Application of Parallelized DP and A* Algorithm to Multiple Sequence Alignment, Genome Informatics, Vol.4, pp.94-102, 1993.
（１２） 秋山 泰: 二次構造を予測する, 日本物理学会誌, Vol.48, No.5, pp.346-350, 1993.
（１３） Onizuka, K., Noguchi, T., and Akiyama, Y.: Parallel PDB Data Retriever 'PDB Diving Booster', Lecture Notes on Computer Science, Springer-Verlag, Vol.1336, pp.389-396, 1997.
（１４） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T, and Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system running on a 64-node PC Cluster, Genome Informatics, Vol.8, pp.131-140, 1998.
（１５） 鬼塚健太郎, 野口 保, 安藤 誠, 秋山 泰: 多次元分布の線形変換による圧縮表現のタンパク質立体構造認識問題への応用, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG02, pp.105-116, 1999.
（１６） 野口 保, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 安藤 誠: タンパク質立体構造の配列および原子間距離による分類と非冗長化されたPDB代表タンパク質チェインデータベース(PDB-REPRDB)の作成, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG02, pp.117-128, 1999.
（１７） Noguchi, T., Onizuka, K., Ando, M., Matsuda, H., and Akiyama, Y.: Quick Selection of Representative Protein Chain Sets Based on Customizable Requirements, Bioinformatics, Vol.16, No.6, pp.520-526, 2000.
（１８） Noguchi, T., Matsuda, H., and Akiyama, Y.: PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank(PDB), Nucleic Acids Research, Vol.29, No.1, pp.219-220, 2001.
（１９） Noguchi, T., Ito, M., Matsuda, H., Akiyama, Y., and Nishikawa, K.: Prediction of Protein Secondary Structure Using the Threading Algorithm and Local Sequence Similarity, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol.5, Nos.1-2, pp.115-131, 2001.
（２０） Onizuka, K., Noguchi, T., Akiyama, Y., and Matsuda, H.: Using Data Compression for Multidimensional Distribution Analysis, IEEE Intelligent Systems, Vol.17, No.3, pp.48-54, 2002.
（２１） Noguchi, T., and Akiyama, Y.: PDB-REPRDB: a database of representative protein chains from the Protein Data Bank (PDB) in 2003, Nucleic Acids Research, Vol.31, No.1, pp.492-493, 2003.
（２２） Kadota, K., Tominaga, D., Akiyama, Y., and Takahashi, K.: Detecting outlying samples in microarray data: A critical assessment of the effect of outliers on sample classifications, Chem-Bio Informatics Journal, Vol.3, No.1, pp.30-45, 2003.
（２３） Suwa, M., Sato, T., Okouchi, I., Arita, M., Matsumoto, S., Tsutsumi, S., Aburatani, H., Asai, K., and Akiyama, Y.: SEVENS: The Comprehensive Collection of Seven Transmembrane Helix Receptors, hunted from Human genome, Nucleic Acid Research, Vol.31, No.1, Database Issue, Collection entry number #373, 2003.
（２４） Tomii, K., and Akiyama Y.: FORTE: a profile-profile comparison tool for protein fold recognition, Bioinformatics, Vol.20, No.4, pp.594-595, 2004.
（２５） Hourai, Y., Akutsu T., and Akiyama Y.: Optimizing Substitution Matrices by Separating Score Distributions, Bioinformatics, Vol.20, No.6, pp.863-873, 2004.
（２６） Shiozawa, K. Maita, N., Tomii, K, Seto, A., Goda, N., Akiyama, Y., Shimizu, T., Shirakawa, M., and Hiroaki, H.: Structure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase: characterization of a putative adaptor-binding domain, Journal of Biological Chemistry, Vol.279, Issue 48, pp.50060-50068, 2004.
（２７） Nagano, N., Noguchi, T., and Akiyama, Y.: Systematic Comparison of Catalytic Mechanisms of Hydrolysis and Transfer Reactions Classified in the EzCatDB Database, PROTEINS: Structure, Function, and Bioinformatics, (in press).
【３】大規模シミュレーション，並列処理技術
（２８） Akiyama, Y., Misoo, K., Omura, Y., Matsumoto, H., Saito, M., Noguchi, T., and Onizuka, K.: Parallelization of Space Plasma Particle Simulation, Lecture Notes on Computer Science, Springer-Verlag, Vol.1336, pp.281-292, 1997.
（２９） 斉藤 稔, 三十尾潔高, 志澤由久, 丸川一志, 秋山 泰, 野口 保, 鬼塚健太郎: 分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化，並列処理シンポジウム JSPP'98論文集， pp.231-238，1998.
（３０） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., and Ando, M.: Biological- and Chemical- Parallel Applications on a PC Cluster, Lecture Notes on Computer Science, Springer-Verlag, Vol.1615, pp.220-233, 1999.
（３１） 安藤 誠, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 野口 保: 木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG02, pp.91-104, 1999.
（３２） 三十尾潔高, 志澤由久,秋山 泰, 斎藤 稔: "並列化Barnes-Hut tree codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発", 並列処理シンポジウムJSPP'99 論文集, pp.143-150，1999. （三十尾潔高, 志澤由久,秋山 泰, 斎藤 稔: "並列化Barnes-Hut tree codeを用いた高精度なタンパク質分子動力学法プログラムの開発"，情報処理学会論文誌, Vol.41, No.5, pp.1538-1548, 2000. としても後に採録された）
（３３） 斎藤 稔, 三十尾潔高, 志澤由久, 丸川一志, 秋山 泰, 野口 保, 鬼塚健太郎: 分子動学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化による高速化, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.5, pp.2142-2151, 1999.
（３４） 十時 泰, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 野口 保, 斎藤 稔, 安藤 誠: アミノ酸配列のマルチプルアラインメントにおける反復改善過程の並列化とA*アルゴリズムの適用, 情報処理学会論文誌, Vol.40, No.SIG09, pp.138-149, 1999.
（３５） 佐藤智之, 秋山 泰, 中野達也, 上林正巳, 北浦和夫: Ab initioペア近似法による並列分子軌道計算プログラムABINIT-MPの作成と性能評価, 情報処理学会論文誌, Vol.41, No.SIG05, pp.104-112, 2000.
（３６） Nakano, T., Kaminuma, T., Sato, T., Akiyama, Y., Uebayashi, M., and Kitaura, K.: Fragment molecular orbital method: application to polypeptides, Chemical Physics Letters, Vol.318, Issue 6, pp.614-618, 2000.
（３７） 安藤 誠, 秋山 泰, 松田秀雄: 階層的な大規模並列木探索によるタンパク質立体配座解析システムESCAPE/Hi, 情報処理学会論文誌, Vol.42, No.SIG09, pp.36-44, 2001.
（３８） Ando, M., Akiyama, Y., and Matsuda, H.: Peptide Conformation Prediction by High-Speed Parallel Tree Search on a Massively Parallel Computer, Research Communications in Biochemistry, Cell and Molecular Biology, Vol.5, Nos.1-2, pp. 95-114, 2001.
（３９） Nakano, T., Kaminuma, T., Sato, T., Fukuzawa, K., Akiyama, Y., Uebayashi, M., and Kitaura, K.: Fragment Molecular Orbital Method: use of approximate electrostatic potential, Chemical Physics Letters, Vol.351, Issues 5-6, pp.475-480, 2002.
（４０） Sekijima, M., Motono, C., Yamasaki,S., Kaneko,K., and Akiyama, Y.: Molecular dynamics simulation of dimeric and monomeric forms of human prion protein (HuPrP): Insight into dynamics and properties, Biophysical Journal, Vol.85, Issue 2, pp.1176-1185, 2003.
（４１） Sekijima, M., Motono, C., Yamasaki,S., Kaneko,K., and Akiyama, Y.: Molecular Dynamics Simulation of Prion Protein by Large Scale Cluster Computing, Lecture Notes in Computer Science, Vol.2858, pp.476-485, 2003.
（４２） Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., and Takahashi, K.: Fragmentation study of peptides using Fourier transform ion cyclotron resonance with infrared multiphoton dissociation: experiment and simulation, European Journal of Mass Spectrometry, Vol.10, No.5, pp.639-647, 2004.
（４３） Fukui, K., Naito, Y., Akiyama, Y., and Takahashi K.: Charge State Selective Fragmentation Analysis for Protonated Peptides in Infrared Multiphoton Dissociation and Collision Induced Dissociation, International Journal of Mass Spectrometry, Vol.235, Issue 1, pp.25-32, 2004.
（４４） Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., and Akiyama, Y.: Structural Changes in flexible region of the Prion Protein induced by P102L Substitution: Investigation through Molecular Dynamics Simulations, Protein Science, Vol.13, Supplement 1, pp.170-170, 2004.
（４５） Tsukamoto, K., Watanabe T., Nagashima, U., and Akiyama, Y.: Hartree-Fock and density functional theory calculations for the reaction mechanism of nitric oxide reductase cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum, Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, Vol.732, Issues 1-3, pp.87-98, 2005.
（４６） Fukui, K., Kameyama, A., Mukai, Y., Takahashi, K., Ikeda, N., Akiyama, Y., and Narimatsu H.: A computational study of structure-reactivity relationships in Na-adduct oligosaccharides in collision-induced dissociation reactions, Carbohydrate Research, Vol.341, pp.624-633, 2006.
（４７） Tsukamoto, K., and Akiyama, Y.: Automated Docking of NADH to the Active Site of Nitric Oxide Reductase from Fusarium Oxysporum and Semi-empirical Calculations of the Electron Transfer Mechanism and the Hydrogen-bonding Network, WSEAS Transactions on Computers, Vol.5, No.8, pp.1701-1706, 2006.
（４８）Fukui, K., Akiyama, Y., and Takahashi, K.: Fragmentation Studies of Peptide and Oligosaccharide using a Mid-IR Free Electron Laser, Journal of Japan Society for Laser Surgery and Medicine, Vol. 27, No.2, pp.92-96, 2006.
（４９）Tsukamoto, K., Shimizu, H., Ishida, T., Akiyama, Y., and Nukina, N.: Aggrigation mechanism of polyglutamine diseases revealed using quantum chemical calculations, fragment molecular orbital calculations, molecular dynamics simulations, and binding free energy calculations, Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, (accepted).
（５０）Tsukamoto, K., Shimizu, H., Ishida, T., Akiyama, Y., and Nukina, N.: Evaluation for interaction energy between glutamine and glutamine and various chemical compounds for developing the virtual screening system using quantum chemical calculations and molecular dynamics simulations, WSEAS Transactions on Computers (accepted).
３． 国際会議
（査読付き）
（１） Akiyama, Y., Takefuji, Y., and Aiso, H.: Conductance Programmable ‘Neural' Chips Employing Switched Resistors, Proc. of 1988 Joint Technical Conference on Circuits /Systems, Computers and Communications (JTC-CSCC’88), pp.276-281, (Seoul, Korea), 4 Nov. 1988.
（２） Akiyama, Y., Yamashita, A., Kajiura, M., and Aiso, H.: Combinatorial Optimization with Gaussian Machines, Proc. of 1989 Int'l Joint Conf. on Neural Networks (IJCNN’89), pp.533-539, (Washington DC, USA), 20 Jun. 1989.
（３） Kajiura, M., Akiyama, Y., and Anzai, Y.: Solving Large-scale Puzzles with Neural Networks, Proc. of IEEE Int'l Workshop on Tools for Artificial Intelligence (TAI’89), pp.562-569, (Fairfax, USA), 23 Oct. 1989.
（４） Akiyama, Y., Yamashita,A., Kajiura,M., Anzai,Y., and Aiso,H.: Gaussian Machines: A Stochastic Neural Network Model for Solving Assignment Problems, Proc. of ACM 5th Aerospace Applications of Artificial Intelligence Conference (AAAIC’89), pp.43-51, (Dayton, USA), 26 Oct. 1989.
（５） Noguchi, T., Onizuka, K., Akiyama, Y., Saito, M.: PDB-REPRDB: A Database of Representative Protein Chains in PDB (Protein Data Bank), Proc. the fifth Int'l Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB’97), pp.214-217, (Halkidiki, Greece), 21 Jun. 1997.
（６） Fujibuchi, W., Goto, S., Migimatsu, H., Uchiyama, I., Ogiwara, A., Akiyama, Y., and Kanehisa, M.: DBGET/LinkDB: an Integrated Database Retrieval System, Proc. of PSB'98, pp.683-694, (Hawaii, USA), 4 Jan. 1998.
（７） Ando, M., Tanaka, Y., Kubota, K., Matsuda, M., Akiyama, Y., Sato, M.: Performance Characterization of Shared- and Distributed-Memory Multiprocessors on a Tree Search Problem, Proc. 3rd High Performance Computing Asia (HPC-Asia’98), pp. 620-629, (Singapore), 22 Sep. 1998.
（８） Akiyama Y.: Development of Biological and Chemical Applications on a 64-node PC Cluster, Proc. Int'l Workshop on Innovative Architectures (IWIA'98), pp.27-34, (Maui, USA), Oct.25 1998.
（９） Ando, M., Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T.: ESCAPE: Parallel Tree Search System for Conformational Analysis of Peptides, Proc. the 1999 International Conference on Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications (PDPTA'99), Vol.3, pp. 1537-1543, (Las Vegas, USA), 28 Jun. 1999.
（１０） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system running on a 64-node PC Cluster, Proc. of 5th Int'l Conf. on Artificial Life and Robotics, No.2, pp.729-732, (Beppu), 28 Jan. 2000.
（１１） Ando, M., Akiyama Y., Matsuda, H.: ESCAPE 2.0: Parallel Exhaustive Conformational Search System of Peptides with Conformational Libraries as Building Blocks, Proc. the Fourth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPC-Asia 2000), pp.1097-1102, (Beijing, China), 14 May 2000.
（１２） Misoo, K., Akiyama, Y., Shizawa Y., Saito, M.: Development of Molecular Dynamics Programs for Protein with a Parallelized Barnes-Hut Code, Proc. the Fourth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (HPC-Asia 2000), pp.1103-1111, (Beijing, China), 14 May 2000.
（１３）Sekijima, M., Doi, J., Noguchi, T., Akiyama, Y., and Shimizu, S.: Optimization and Evaluation of Parallel Molecular Dynamics Simulation on Blue Gene/L, Proc. the IASTED Int'l Conf. on Parallel and Distributed Computing and Networks (PDCN2007), (Innsbruck, Austria), 13-15 Feb. 2007 (accepted).
(国際基調講演)
（１４） Akiyama, Y. : Bioinformatics research project using a 1040-cpu PC cluster and expectation for GRID technology, Grid Form GFK2 (Seoul, Korea), 12 Jun. 2002.
（１５） Akiyama, Y. : Bioinformatics approaches to Human Genome analysis", VECPAR2002 conference (Port, Portugal), 26 Jun. 2002.
（１６） Akiyama, Y. : Large-scale parallel computing for systematic biological analysis, Seoul Symposium on Systems Biology (SSSB2003), (Seoul, Korea), 4 Apr. 2003.
(国際招待講演)
（１７） Akiyama, Y., Goto, S., Uchiyama, I., Kanehisa, M.: WebDBGET: An Integrated Database Retrieval System which provides HyperLinks among Related Entries, Second Meeting on Interconnection of Molecular Biology Databases, (Cambridge, UK), 21 Jul. 1995.
（１８） Akiyama, Y. : Bioinformatics Research at CBRC using a 1040-processors PC Cluster, Innovation in genome-based drug discovery JPMA/ABPI Conference (Cambridge, UK), 14 Sep. 2001.
（１９） Akiyama, Y. : Gene Finding and Approaches to Protein Structure Prediction, Symposium on Protein Structure for Drug Target (Seoul, Korea), 24 Sep. 2002.
（２０） Akiyama, Y.: Bioinformatics research activity at CBRC - Deep computing with a 1040-CPU PC cluster, Symposium on Bioinformatics 2003, (Seoul, Korea), 17 Sep. 2003.
（２１） Akiyama, Y.: Large-scale Parallel Computing for Bioinformatics, The third waterfront symposium on human genome science (WASH3), (Tokyo), 24 Feb. 2004.
（２２） Akiyama, Y.: Building a High-Performance Computing Pipeline from Genome Sequence to Protein Structure and Drug Discovery, International Conference on Advances in Network Sciences (ICANS 2005) (Singapore), 30 Jun. 2005.
（２３） Akiyama, Y.: From bioinformatics to computational biology: aligning, clustering, fitting, toward simulating, International Symposium on Leading Project for Biosimulation, (Tokyo), 6 Jul. 2005.
（２４） Akiyama, Y.: From Genome Sequence to Protein Structure and Drug Discovery: a computational pipeline with bioinformatics and supercomputing, 25th Anniversary International CBI Conference (CBI2005), (Yokohama), 24 Aug. 2005.
（２５） Akiyama, Y.: e-Drug Discovery related projects in Japan and CBRC’s strategies for e-Drug Discovery, Asia Hub for e-Drug Discovery Workshop, (Jeju, Korea), 28 Aug. 2005.
（２６） Akiyama, Y.: Building a Supercomputing Pipeline from Genome Sequence to Protein Structure and Drug Design, The Eleventh "Science in Japan" Forum, (Washington DC, USA), 16 Jun. 2006.
（２７） Akiyama, Y.: Computer prediction of protein tertiary structures and protein-protein interactions, Third International Conference on Genomics, Proteomics, Bioinformatics and Nanotechnologies for Medicine, (Novosibirsk, Russia), 12-16 Jul. 2006.
４． 著書・口頭発表論文
(著書)
（１） 秋山 泰: 人工ニューラルシステム，第11章ニューロチップ，共立出版，1988.
（２） 秋山 泰: ニューロコンピューティングへの挑戦，第9章ニューロチップの開発，三田出版会，1989.
（３） 共著：情報処理ハンドブック，情報処理学会，1989.
（４） 秋山 泰: 生物化学素子とバイオコンピュータII，III 1.3ボルツマンマシンとその応用，サイエンスフォーラム，1990.
（５） 共著：情報科学事典，岩波書店，1990.
（６） 秋山 泰: 遺伝子情報処理への挑戦，第8章トリッキープログラムの謎を解け−RNA２次構造予測への組合せ最適化的アプローチ, 共立出版，1994.
（７） 秋山 泰: ゲノムネットのデータベース利用法，第6章 WWWによる統合データベース環境，共立出版，1996.
（８） 秋山 泰: はじめての並列プログラミング，第6.6章並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム, 共立出版，1998
（９） 秋山 泰 : ポストゲノム−ライフサイエンス最前線, 丸善，2002.
（１０） 共著：人工知能事典，共立出版，2005.
（１１） 共著：産総研のすごい仕事〜製品化（モノづくり）へのこだわりレシピ，日経ＢＰ，2006.
（解説記事）
（１） 秋山 泰 :ニューラルネットの新モデルを構築−重みづけを自由にかえられるニューロチップも開発", 日経ハイテク情報, No.95, pp.7135-7140，1988.
（２） 秋山 泰 : (翻訳記事) ニューラルネットワーク・モデルのVLSIによる実現, 人工ニューラルシステム, 共立出版, pp.1368-1377，1989.
（３） 山下明良，秋山 泰 : (翻訳記事) 構造化ニューラルネットワークによる計算, 人工ニューラルシステム, 共立出版, pp. 1409-1423，1989.
（４） 梶浦正浩，秋山 泰 : ボルツマンマシンとNクイーン問題，bit, Vol.22, No.3, 共立出版, pp.340-341，1990.
（５） 秋山 泰 : ガウシアンマシンと巡回セールスマン問題，bit, Vol.22, No.5, 共立出版, pp. 586-587，1990.
（６） 秋山 泰 : ニューラルネットワークによる最適化計算，bit, Vol.22, No.8, 共立出版, pp.920-921，1990.
（７） 秋山 泰 : ボルツマンマシン，数理科学, No.338, サイエンス社, pp.38-43，1991.
（８） 秋山 泰 : RNAの二次構造予測", bit, No.25, No.10, 共立出版, pp.83-91，1993.
（９） 秋山 泰，金久 實：ゲノムネットのデータベース・サービス，実験医学, Vol.13, No.13, 羊土社, pp.1201-1205，1995.
（１０） 秋山 泰: ＷＷＷによる研究支援, システム／制御／情報, Vol.40, No.7, pp.291-296, 1996.
（１１） 秋山 泰 : パソコンクラスタを用いた超高速タンパク質情報解析システム，日経サイエンス 1998年11月号, p.112，1998.
（１２） 秋山 泰 : 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム，バイオサイエンスとインダストリー, Vol.56, No.7, pp.31-34，1998.
（１３） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス〜情報システムとしての生命現象の理解へ〜, 情報処理, Vol.40, No.11, pp.1136-1138，1999.
（１４） 秋山 泰 : 大規模並列計算機によるタンパク質情報解析, 人工知能学会誌, Vol.15, No.1, pp.27-34, 2000.
（１５） 秋山 泰 : 日本初のコンピューテーショナルバイオロジー研究施設 お台場に始動，日経サイエンス 2001年5月号, p.112，2001.
（１６） 秋山 泰 : 生命情報科学と大規模PCクラスタ −Pentium系で世界一の654GFlopsを達成−, AIST Today, 2001年11月号, p.15，2001.
（１７） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス，計算工学, Vol.6, No.1, p.2, 2001.
（１８） 秋山 泰 : 生命情報科学研究センターとバイオインフォマティクス研究, ゲノム医学, Vol.2, No.1, pp.67-72, 2002.
（１９） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスが必要とする計算機環境, 蛋白質 核酸 酵素, Vol.48, No.9, pp.1306-1312, 2003.
（２０） 秋山 泰 : 超高速計算機で分子シミュレーションの壁を砕く， Bionics， No.0， pp.42-44, 2004.
（２１） 秋山 泰 : 生命科学と超高速コンピュータシステム，Bionics，No.9， pp.18-19, 2005.
（２２） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス—生物学と情報科学の学際分野にて，三田評論，Vol.1077, 2005.
（２３） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス研究者スキル, 情報処理, Vol.46, No.3, p239-245, 2005.
（２４） 秋山 泰 : ２０世紀の名著名論 Erwin Schroedinger: What is Life?，情報処理，Vol.47, No.3，pp.314, 2006.
（２５） 向井有理，広川貴次，富井健太郎，諏訪牧子，浅井潔，成松久，秋山 泰 : バイオインフォマティクスによる糖転移酵素遺伝子の発見，ケミカルエンジニヤリング, Vol.51, No.6, pp.437-440, 2006.
（２６） 阿久津達也，秋山 泰 : バイオインフォマティクスと人工知能の相互作用, 人工知能学会誌, Vol.22, No.1, 2007 (in press).
（国内招待講演）
（１） 秋山 泰 : ニューロコンピューティング，ソフトウェアシンポジウム'91 チュートリアル講演，(名古屋)，10 Jun. 1991.
（２） 秋山 泰 : 生命科学とニューロコンピューティング技術，Symposium on Nueral-networks; Alliances and perspectives in Senri 1993，（千里），25 Jun. 1993.
（３） 秋山 泰，金久 實：ヒトゲノム解析計画に必須となったグローバルネットワーキング， 電子情報通信学会ネットワーキングアーキテクチャワークショップ，招待講演 A-2-(1-8)，（沖縄），25 Aug. 1994.
（４） 秋山 泰：身近になった並列処理技術とその応用事例—パソコンクラスタを 用いた高速遺伝子情報解析，電子情報通信学会中国支部講演会 招待講演，（岡山），30 Nov. 1998.
（５） 秋山 泰 : ゲノム情報科学と並列処理技術，理化学研究所「ゲノム情報科学の課題と展望」ゲノム情報科学オープンフォーラム 招待講演，（和光），27 Jun. 1999.
（６） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスと並列処理，並列処理シンポジウムJSPP2000 チュートリアル講演資料 pp.39-68，（早稲田），30 May 2000.
（７） Akiyama, Y. : Bioinformatics Research at CBRC using a 1024-processors PC Cluster, The 2001 Annual Meeting of CBI Society 招待講演，(Komaba), 25 Jul. 2001.
（８） Akiyama, Y. : Initiative for Parallel Bioinformatics, RWC2001 Final Exhibition & Symposia, (Ariake), 3 Oct. 2001.
（９） Akiyama, Y. : Bioinformatics Research at CBRC, JBIRC Inaugural Symposium ，(Daiba), 16 Oct. 2001.
（１０） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスと大規模並列コンピューティング〜タンパク質の配列・構造・機能解析, 次世代計算機環境ワークショップ，(三田)，5 Nov. 2001.
（１１） 秋山 泰 : 生命情報科学（バイオインフォマティクス）の最前線, つくばTCI講座 ，（つくば），8 Nov. 2001.
（１２） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスと大規模並列計算, わが国におけるバイオインフォマティクスの最前線講演会，（札幌），22 Nov. 2001.
（１３） 秋山 泰 : 大規模並列処理によるバイオインフォマティクス〜産総研CBRCが目指すもの, 第14回HPC研究会，（有明），5 Dec. 2001.
（１４） 秋山 泰 : 生命情報科学研究センターとバイオインフォマティクス, 未来開拓学術研究推進事業「生体の計測と制御」シンポジウム 特別講演，（台場），25 Jan. 2002.
（１５） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス研究と大規模計算技術, 日本経済新聞社プリズムセミナー第一回「生命情報科学への期待と課題」招待講演，（大阪），17 May 2002.
（１６） 秋山 泰 : 遺伝子発見ソフトの開発，バイオ・ゲノムベンチャーフォーラム， (つくば)， 23 May 2002.
（１７） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスの展望と並列・グリッド技術, 人工知能学会全国大会，(竹橋), 31 May 2002.
（１８） 秋山 泰 : 生命現象・数理モデル・大規模計算，バイオウィークin札幌，（札幌），2 Jul. 2002.
（１９） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスと超並列計算", 日本応用数理学会大会 特別講演，(日吉)，21 Sep. 2002.
（２０） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスとPCクラスタ 〜SCoreとの5年間〜, 第一回SCoreセミナー, （天王洲），30 Oct. 2002.
（２１） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスの役割と最新動向, 情報処理学会北陸支部10周年記念シンポジウム 招待講演, （富山）, 20 Nov. 2002.
（２２） 秋山 泰 : 大規模PCクラスタによるバイオインフォマティクス研究, 筑波大学計算物理学センター研究講演会, （つくば）, 18 Mar 2003.
（２３） 秋山 泰 : 生命情報のシステム的理解を目指した大規模バイオインフォマティクス研究， 慶應義塾大学「システム生物学の展開と人材育成」シンポジウム 招待講演, （日吉），26 Jul. 2003.
（２４） 秋山 泰 : ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス，バイオビジネス国際フォーラム２００３ 招待講演, （神戸），29 Aug. 2003.
（２５） 秋山 泰 : 大規模計算によるバイオインフォマティクス研究の加速，情報処理学会 第10回「数理モデル化と問題解決」シンポジウム 基調講演，（京田辺），24 Oct. 2003.
（２６） 秋山 泰 : 最先端バイオインフォマティクス〜現状と将来〜， バイオ先端医療講座， 専修大学大学院社会知性開発研究センター（神保町）， 10 Mar 2004.
（２７） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス：数理モデルと大規模計算で生命メカニズムに迫る， 同志社大学学術フロンティア「知能情報科学とその応用」AFIIS symposium 2003 基調講演， （京田辺）， 16 Apr. 2004.
（２８） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスとバイオビジネス， バイオビジネス創出研究会第4回講演会 招待講演，（長浜），23 Apr. 2004.
（２９） 秋山 泰 : 分子標的創薬Molecular Targeted Drug Discovery， Bio Japan 2004 招待講演，（高輪），29 Sep. 2004.
（３０） 秋山 泰 : 大規模PCクラスタによる生命情報科学の展開，東京理科大学 学術フロンティアプロジェクト研究成果報告会 招待講演，（お茶の水），13 Oct. 2004.
（３１） 秋山 泰 : 大規模並列計算を利用した遺伝情報解析支援，第４９回日本人類遺伝学会年会 シンポジウム招待講演 S3-1，（平河町），14 Oct. 2004.
（３２） 秋山 泰 : 酵素反応とバイオインフォマティクス，第８回生体触媒化学シンポジウム 招待講演, P.75,（日吉），17 Dec. 2004.
（３３） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス：数理モデルと大規模計算によるゲノム情報の解析技術，日本技術士会情報工学部会 招待講演，（虎ノ門），28 Jan. 2005.
（３４） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス研究の最前線〜生命現象のシステム的理解から創薬へ〜，第3回マイクロ・ナノ先端技術交流会 招待講演，（神田），18 Feb. 2005.
（３５） 秋山 泰 : バイオインフォマティクス研究の最前線，情報処理学会東北支部研究講演会 招待講演，（弘前），25 Mar. 2005.
（３６） 秋山 泰 : 生命の謎と算数パズル，算数オリンピック２００５日中知的交流会，（代々木），7 Aug. 2005.
（３７） 秋山 泰 : ゲノム配列から，タンパク質構造予測，薬剤候補スクリーニングへ：バイオインフォマティクスによる情報解析パイプラインの最前線，「生命をはかる」研究会講演会 招待講演，（幕張），31. Aug. 2005.
（３８） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスによる大規模情報解析の最前線，第19回バイオメディカル分析科学シンポジウム(BMAS2006) 特別講演，（福岡），2. Aug. 2006.
（３９） 秋山 泰 : 生命の謎と算数パズル，算数オリンピック２００６日中知的交流会，（代々木），6 Aug. 2006.
（口頭・ポスター発表）
（１） 秋山 泰 : データ構造に注目したプログラム設計，情報処理学会研究報告 85-SF-13-9, 情報処理学会, pp.61-66. (札幌)，6 Jun. 1985.
（２） 秋山 泰，武藤佳恭，相磯秀夫:確率的な連続値ニューロン・モデルである「ガウシアン・マシン」の提案，情報処理学会第36回全国大会論文集 5B-5，(日吉)，18 Mar. 1988.
（３） 山下明良，秋山 泰，相磯秀夫:「ガウシアン・マシン」モデルのシミュレーションによる評価，情報処理学会第36回全国大会論文集 5B-6，(日吉)，18 Mar. 1988.
（４） 黒川恭一，秋山 泰，相磯秀夫：「ガウシアン・マシン」ニューロン・モデルのためのシストリック・アーキテクチャ，情報処理学会第36回全国大会論文集 5B-7，(日吉),18 Mar. 1988.
（５） 秋山 泰 :ガウシアンマシンとそのアナログ/ディジタル専用アーキテクチャ，電子情報通信学会技術研究報告 CPSY88-16, 電子情報通信学会, pp.69-76，（盛岡），7 Jul. 1988.
（６） Akiyama, Y.: Gaussian Machines: A General Neuron Model, Proc. of 24th SICE Annual Conference, pp.1065-1068，(Chiba)，4 Aug. 1988.
（７） 秋山 泰，山下明良，梶浦正浩：ガウシアンマシンの最適化問題への適用—詰め込みパズルを例として—，第10回神経情報科学研究会，（裾野），18 Aug. 1988.
（８） 秋山 泰，山下明良，梶浦正浩，安西祐一郎，相磯秀夫：ガウシアンマシンによる組合せ最適化，電子情報通信学会技術研究報告 MBE88-183, pp.163-168, 15 Mar. 1989.
（９） 若松 真，秋山 泰，篠沢一彦，安西祐一郎：ニューラルネットワークシミュレータ用ツールSONNET，情報処理学会第38回全国大会論文集 7F-6，(春日)，17 Mar. 1989.
（１０） 梶浦正浩，秋山 泰，安西祐一郎： ボルツマンマシンによるポリオミノパズルの解法， 情報処理学会第38回全国大会論文集 5F-7，(春日)，17 Mar. 1989.
（１１） 梶浦正浩，秋山 泰，安西祐一郎： ボルツマンマシンによるn-クイーン問題の解法， 情報処理学会第38回全国大会論文集 5F-8，(春日)，17 Mar. 1989.
（１２） Kajiura, M., Akiyama, Y., and Anzai, Y.: Neural Networks vs. Tree Search in Puzzle Solving, 1989 Int'l Joint Conf. on Neural Networks (IJCNN’89), (Washington DC, USA), 19 Jun. 1989
（１３） 秋山 泰，安西祐一郎，相磯秀夫： ガウシアンマシンにおけるパラメータの最適設定に向けて，第11回神経情報科学研究会，(裾野)，14 Aug. 1989.
（１４） 秋山 泰，安西祐一郎，相磯秀夫： ガウシアンマシンとその最適化問題への応用，電子情報通信学会「計算学習理論とニューラルネットに関するセミナー」論文集， pp.105-108，（八王子），25 Jan. 1990.
（１５） 山下明良，秋山 泰，安西祐一郎： エントロピーを用いた改良シミュレーテッドアニーリングに関する研究，電子情報通信学会技術研究報告 NC89-67, pp.37-42, （東京），16 Mar. 1990.
（１６） 榎田道弘，秋山 泰，梶浦正浩： Ｍ系列擬似乱数発生LSIの設計，1990年電子情報通信学会秋期全国大会論文集 C-530，2 Oct. 1990.
（１７） 田中敏雄, 古谷立美, 秋山 泰：しきい値の動的制御を用いた相互結合型ニューラルネットワークによる最適化問題の解法，電子情報通信学会技術研究報告 NC90-41， pp.81-88, (仙台)，19 Oct. 1990.
（１８） 秋山 泰： ホップフィールド型ニューラルネットにおけるエネルギー最小状態への収束性を向上させる3つの技法，電子情報通信学会技術研究報告 NC90-40, pp.73-80，(仙台)，19 Oct. 1990.
（１９） 古谷立美，秋山 泰，唐鎌厚志，田中敏雄，新田 徹：バックプロパゲーションネットワークを相互接続したニューラルネットワーク(MBN)とその連想機能，電子情報通信学会技術研究報告 NC90-37, pp.53-57，(仙台)，19 Oct. 1990.
（２０） 秋山 泰：ニューロチップの現状，日本機械学会「ニューラルネットの機械システムへの応用を探る」講習会教材，P.49-56, （川崎），9 Nov. 1990. （依頼講演）
（２１） 秋山 泰，古谷立美： シミュレーテッドアニーリングによるゲノムの二次構造予測， 「知識情報処理技術とヒトゲノム計画」ワークショップ講演要旨集 A-5，（神谷町），3 Dec. 1990
（２２） 秋山 泰，古谷立美： 対称相互結合型ニューラルネットを用いた大規模なRNAの二次構造予測，電子情報通信学会技術研究報告 NC90-62，pp.57-64, 2 Feb. 1991.
（２３） 古谷立美，秋山 泰，田中敏雄，新田 徹：フィードバック付き多層ニューラルネットワーク，情報処理学会第42回全国大会 発表予稿集 1E-7，（八王子），13 Mar. 1991.
（２４） 田中敏雄，古谷立美，秋山 泰：しきい値動的制御法による巡回セールスマン問題の解法， 情報処理学会第42回全国大会 発表予稿集 3E-5，（八王子），13 Mar. 1991.
（２５） 秋山 泰，古谷立美：入出力関数の傾きとバイアス値の動的な調整による局所安定点回避効果，情報処理学会第42回全国大会 発表予稿集 3E-8，（八王子），13 Mar. 1991.
（２６） 秋山 泰，古谷立美：シミュレーテッドアニーリング法を用いたRNA二次構造予測，情報処理学会第42回全国大会 発表予稿集 4N-6，（八王子），13 Mar. 1991.
（２７） 秋山 泰，古谷立美：損失関数にエントロピー項を導入したバックプロパゲーション学習則，電子情報通信学会技術研究報告 NC91-6, 電子情報通信学会, pp.39-46，8 May 1991.
（２８） 秋山 泰，古谷立美：対称相互結合型ニューラルネットの遺伝子情報処理分野への応用， 情報処理学会第43回全国大会 発表予稿集 2-303 (3S-10)，（名古屋），21 Oct. 1991.
（２９） 秋山 泰，古谷立美：エントロピー項を付加したバックプロパゲーション学習則，情報処理学会第43回全国大会 発表予稿集 6G-3，（名古屋），22 Oct. 1991.
（３０） 新田 徹，赤穂昭太郎，秋山 泰，古谷立美：複素BPの基本的性質，情報処理学会第43回全国大会 発表予稿集 6G-8，（名古屋），22 Oct. 1991.
（３１） 田中敏雄，秋山 泰，古谷立美： エネルギー減少量が最大となるニューロンのみを選択的に状態変化させるホップフィールド型ニューラルネット，電子情報通信学会技術研究報告 NC91-61, pp.97-104，28 Oct. 1991.
（３２） 新田 徹，赤穂昭太郎，秋山 泰，古谷立美：複素BPにおける決定表面の構造，電子情報通信学会技術研究報告 NC91-62, pp.105-110，28 Oct. 1991.
（３３） 秋山 泰：ホップフィールド型ニューラルネットを用いた高速なRNA二次構造予測，第2回公開ワークショップ ヒトゲノム計画と情報解析技術 講演予稿集 D-7，（平河町）10 Dec. 1991.
（３４） 秋山 泰，古谷立美：対称相互結合型ニューラルネットワークにおけるエネルギー極小化現象を利用した高速なRNA二次構造予測法, 1992情報学シンポジウム論文集, pp.125-134，(乃木坂)，1992. （依頼講演）
（３５） 秋山 泰：ニューラルネットワークによる高速並列解法，情報処理学会「知識ベースシステムにおける高速推論技術」チュートリアル資料，P.49-68，（神谷町），13 Feb. 1992.（依頼講演）
（３６） 秋山 泰，金久 實： NeuroFold:ホップフィールド型ニューラルネットを用いたRNA二次構造予測システム，ワークショップ「日本におけるヒトゲノム研究」講演要旨集，p.69，23 Jul. 1992.
（３７） 秋山 泰，金久 實：組合せ最適化問題としてのタンパク質/RNA構造予測，情報処理学会研究報告 92-FI-27-6, pp.45-50，8 Sep. 1992.
（３８） 秋山 泰：非線形ダイナミクスを利用した最適化，第19回大阪大学知識科学研究会資料集，20 Oct. 1992. （依頼講演）
（３９） 秋山 泰，金久 實： Hopfield型ニューラルネットを用いたRNA二次構造予測法，第30回日本生物物理学会年会講演予稿集 2E1400，（豊中），5 Nov. 1992.
（４０） 秋山 泰： ニューラルネットを用いた遺伝子情報処理，第 121 回 CBI 研究講演会「遺伝情報解析の新しいアルゴリズム」， 18 Nov. 1992. （依頼講演）
（４１） 秋山 泰，金久 實： Hopfield型ニューラルネットを用いた高速なRNA二次構造予測法， 第９３回京都大学化学研究所研究発表会，4 Dec. 1992.
（４２） 中井謙太，坂本憲広，秋山 泰：局所最適ルール・上流選択ルールとエキソン定義，第15回日本分子生物学会年会講演要旨集 1I-12，7 Dec. 1992.
（４３） 秋山 泰，森 浩禎，久原 哲，古川哲也，佐藤賢二，宮嶋伸行，小笠原直毅，村上康文：大腸菌・枯草菌・酵母染色体配列マネージメントツール，第15回日本分子生物学会年会シンポジウム講演，7 Dec. 1992.
（４４） 中井謙太，秋山 泰，坂本憲広： 異常スプライシングデータベースはスプライス部位選択ルールを示唆するか，第3回ゲノム情報ワークショップ講演論文集 A8，14 Dec. 1992.
（４５） 荻原 淳，内山郁夫，秋山 泰，金久 實：ゲノムネットの紹介，第3回ゲノム情報ワークショップ講演論文集 W1，14 Dec. 1992.
（４６） 秋山 泰，森 浩禎，久原 哲，古川哲也，佐藤賢二，宮嶋伸行，小笠原直毅，村上康文：大腸菌・枯草菌・酵母染色体配列マネージメントツール，第3回ゲノム情報ワークショップ講演論文集 W2，14 Dec. 1992.
（４７） 秋山 泰，森 浩禎，久原 哲，小笠原直毅，宮嶋伸行，古川哲也，佐藤賢二，村上康文： 染色体配列マネージメントツール Genomatica，第31回日本生物物理学会年会講演予稿集 1C1315，（名古屋），12 Oct. 1993.
（４８） Akiyama, Y., Mori, H., Kuhara, S., Ogasawara, N., Miyajima, N., Furukawa, T., Sato, K., and Murakami, Y.: Genomatica: an integrated data management and analysis tool for genome sequencing projects, Proc. Human Genome Mapping Workshop (HGM '93), 38-7, 15 Nov. 1993.
（４９） 秋山 泰：遺伝子情報解析と超並列処理 ，平成5年電気関係学会関西支部連合大会講演論文集, S9-5，（大阪），21 Nov. 1993. （依頼講演）
（５０） 竹本経緯子，矢野 実，伊奈佐和子，秋山 泰，森 浩禎：大腸菌ゲノムデータベースの構築，第16回日本分子生物学会年会講演要旨集, 2092，7 Dec. 1993.
（５１） Ogata, H., Akiyama, Y., and Kanehisa, M.: A Computer Modeling Method for the Three-dimensional structure of RNA, Proc. Genome Informatics Workshop IV, pp.270-274, 13 Dec. 1993.
（５２） Akiyama, Y., Mori, H., Kuhara, S., Ogasawara, N., Miyajima, N., Furukawa, T., Sato, K., and Murakami, Y.: Genomatica: an Integrated Data Management and Analysis Tool for Genome Sequencing Projects, Proc. Genome Informatics Workshop IV, pp.394-401 , 13 Dec. 1993.
（５３） 秋山 泰：ゲノムネット：ゲノム解析計画を支える情報インフラとサービス，第1回京都大学高度情報化フォーラム，22 Apr. 1994. （依頼講演）
（５４） Akiyama, Y.: Study on a Constraints Satisfaction System using Hopfield Neural Network Modules, Proc. RWC Symposium '94 (RWCP TR-94001), pp.91-92, 14 Jun. 1994.
（５５） 秋山 泰：染色体配列情報マネージメントシステムの研究，Tutorial on Genome Informatics in Toyama 1994, p.8, （富山），6 Jul. 1995.
（５６） 緒方博之，秋山 泰，金久 實：RNAステムループの分子モデリング法，第32回日本生物物理学会講演予稿集 2H1545，（すずかけ台），29 Sep. 1994.
（５７） 秋山 泰：ヒトゲノム解析計画とネットワーク〜Internetが変える研究の現場〜，インターネットワークセミナー，14 Oct. 1994. （依頼講演）
（５８） 秋山 泰，中井謙太，金久 實： 大型遺伝子のスプライス部位予測, (I) 要素技術の改良， 第17回日本分子生物学会年会講演予稿集，(神戸)，16 Dec. 1994.
（５９） 中井謙太，秋山 泰，金久 實：大型遺伝子のスプライス部位予測, (II) 具体例の検討， 第17回日本分子生物学会年会講演予稿集，(神戸)，16 Dec. 1994.
（６０） Akiyama, Y., Yakoh, T., Mori, H., Ogasawara, N.: A server-client version of 'Genomatica' integrated genome information browser, Proc. Genome Informatics Workshop 1994, pp.202-204, (Yokohama), 19 Dec. 1994.
（６１） Itoh, T., Yano, M., Takemoto, K., Akiyama, Y., and Mori, H.: Construction and analysis of Escherichia coli genome database, Proc. Genome Informatics Workshop 1994, P-01, (Yokohama), 19 Dec. 1994.
（６２） Suzuki, K., Goto, S., Akiyama, Y., and Kanehisa, Y.: A Signal Transduction Database, Proc. Genome Informatics Workshop 1994, P-04, (Yokohama), 19 Dec. 1994.
（６３） 秋山 泰：ゲノムネットの現状，第140回 CBI研究講演会「生体分子データベースとインターネットの利用」，(お茶の水)，13 Jan. 1995.
（６４） 秋山 泰：WWWと統合化データベース〜ネットワーク利用の最前線〜，第59回日本生化学会中部支部例会 論文集，（岐阜），18 May 1995. （依頼講演）
（６５） Akiyama, Y.: Neural systems and their applications for the Human Genome Project: '95 RWC Symposium, F-43, (Hirakawa-cho), 12 Jun. 1995.
（６６） 秋山 泰：ゲノム情報の学問体系〜情報科学との関連性の深化〜，Tutorial on Genome Informatics in Kobe 1995, p.8, （神戸），5 Jul. 1995.
（６７） Goto, S., Akiyama, Y., and Kanehisa, M.: LinkDB: A Database of Cross Links between Molecular Biology Databases, the Second Meeting on Interconnection of Molecular Biology Databases, (Cambridge, UK), 22 Jul. 1995.
（６８） 鈴木健二，秋山 泰，金久 實：不完全ブロックの組合せによるマルチプルアライメント，日本生物物理学会第33回年会, 2K08，（札幌），24, Sep. 1995.
（６９） 秋山 泰：学術研究ネットワークの新しい利用の現状：ゲノム研究への利用，日本学術会議 学術情報ネットワーク小委員会講演会，（乃木坂），29 Sep. 1995.（依頼講演）
（７０） Suzuki, K., Akyama, Y., and Kanehisa, M.: Multiple sequence alignment by combining incomplete blocks of similar segments, Proc. Genome Informatics Workshop, P-18, (Yokohama), 11 Dec. 1995.
（７１） 秋山 泰：遺伝子情報解析の並列処理に関する研究，並列・分散処理研究推進機構 成果概要，pp.87-89, Mar 1996.
（７２） 秋山 泰：分子生物研究用のプログラムとデータの共通化に向けて，第１回分子生物情報(MBI)ワークショップ， 9 Apr. 1996.
（７３） 秋山 泰：CASP-2参加報告，第７回分子生物情報(MBI)ワークショップ，27 Feb. 1997.
（７４） Akiyama, Y., Misoo, K., Onizuka, K., Saito, M., Omura, Y., Matsumoto, H.: Parallelization of Electromagnetic Particle Code: KEMPO1, The Fifth International School/Symposium for Space Simulations (ISSS-5)， 5-5-P，(Kyoto)，12 Mar. 1997.
（７５） 秋山 泰，三十尾潔高，大村善治，松本 紘，斎藤 稔，野口 保，鬼塚健太郎： 宇宙プラズマ粒子シミュレーションの並列化，情報処理学会研究報告，97-HPC-66-1, pp.1-6,（つくば）， 9 May, 1997.
（７６） Onizuka, K., Noguchi, T., and Akiyama, Y.: Parallel PDB Data Retriever 'PDB Diving Booster', The fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB'97), (Halkidiki, Greece), 21 Jun. 1997.
（７７） 野口 保, 秋山 泰, 鬼塚健太郎, 斎藤 稔, 安藤 誠, 志澤由久: 蛋白質立体構造データベース（ＰＤＢ）の代表蛋白質決定システムの並列化，情報処理学会研究報告 97-HPC-67-6 (SWoPP’97), pp.31-36, (阿蘇)，19 Aug. 1997.
（７８） 十時 泰，秋山 泰，野口 保，鬼塚健太郎，斉藤 稔，安藤 誠：A*アルゴリズムを適用した並列反復改善法によるマルチプルアライメント，情報処理学会研究報告 97-HPC-67-7 (SWoPP’97), pp.37-42，(阿蘇)，19 Aug. 1997.
（７９） 安藤 誠, 田中良夫, 久保田和人, 松田元彦, 秋山 泰, 佐藤三久: Knapsack問題における共有メモリ型／分散メモリ型並列計算機の性能比較, 情報処理学会研究報告 97-HPC-67-9 (SWoPP’97), pp.49-54, (阿蘇)，19 Aug. 1997.
（８０） 石川 裕，佐藤三久，工藤知宏，秋山 泰，島田潤一：分散環境におけるシームレス並列コンピューティングシステムの構想 ，電子情報通信学会技術研究報告 CPSY-97-62，pp.83-90，20 Aug. 1997.
（８１） 鬼塚健太郎，野口 保，斉藤 稔，秋山 泰：タンパク質立体構造研究支援のための並列統合解析システムの構築，情報処理学会研究報告 97-HPC-68-8, pp.45-50, (石川)，17 Oct. 1997.
（８２） Ishikawa, Y., Sato, M., Kudoh, T., Akiyama, Y., et.al: Score cluster and PAPIA system, SC’97 Research Exhibition, (San Jose, USA), 17 Nov. 1997.
（８３） 十時 泰，秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，斉藤 稔，安藤 誠：アミノ酸配列のマルチプルアライメント計算におけるA*アルゴリズムの適用の効果，情報処理学会研究報告 97-MPS-16-4, pp.19-24, (茗荷谷)，21 Nov. 1997.
（８４） 野口 保，鬼塚健太郎，秋山 泰，斎藤 稔：配列の相同性と立体構造の類似性を考慮したＰＤＢ代表蛋白質データベース(PDB-REPRDB），第4回「タンパク質立体構造の構築原理」ワークショップ予稿集 2B，（三島），9 Dec. 1997.
（８５） 鬼塚健太郎，野口 保，斎藤 稔，秋山 泰：蛋白質立体構造解析統合並列システムPAPIA system の開発，第４回「タンパク質立体構造の構築原理」ワークショップ予稿集 91C，（三島），10 Dec. 1997.
（８６） 斎藤 稔, 三十尾潔高, 志澤由久, 丸川一志, 秋山 泰, 野口 保, 鬼塚健太郎：分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化と性能評価，情報処理学会研究報告 97-HPC-69-11, pp.61-66, (三田)，12 Dec. 1997.
（８７） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠，斉藤 稔：ＰＣクラスタ上での並列タンパク質情報解析システムの開発，バイオインダストリー協会JBA講演会，24 Dec. 1997. （依頼講演）
（８８） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠，斉藤 稔：タンパク質情報解析と並列処理， へリックス研究所講演会，（かずさ），6 Jan. 1998（依頼講演）
（８９） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠，斉藤 稔：タンパク質情報解析(PAPIA)システムのPCクラスタ上での実現，情報処理学会研究報告 97-HPC-70-6, pp.31-36，(札幌)，5 Mar. 1998.
（９０） Onizuka, K., Akiyama, Y., Noguchi, T., and Saito, M.： PAPIA System: An Integrated Parallel Environment for Protein Structure Analysis, RWC Technical Report (RWCTR-97007),10 Mar. 1998.
（９１） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., Ando, M., and Saito, M.: Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system on RWC PC Cluster, Workshop on Global and Cluster Computing (WGCC'98), (Tsukuba), 13 Mar. 1998. （依頼講演）
（９２） 秋山 泰：並列計算機におけるプラズマ・シミュレーション，並列・分散環境におけるハイパフォーマンスコンピューティングシンポジウム(PDHPC'98)，（つくば），24 Mar. 1998. （依頼講演）
（９３） 秋山 泰：インターネット上での遺伝子情報解析サービスの発展 〜Mail, Gopher時代から，並列タンパク質情報解析システムPAPIAまで〜，情報処理学会システムソフトウェアとオペレーティング・システム研究会，(沖縄)，7 May 1998. （依頼講演）
（９４） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., and Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system, Proc. 1998 RWC Symposium (RWC TR-98001), pp.123-128, (平河町)，9 Jun. 1998.
（９５） Akiyama, Y.: Development of Parallel Applications, Proc. 1998 RWC Symposium (RWC TR-98001), pp.19-26, (平河町)，9 Jun. 1998.
（９６） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., and Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis (PAPIA) system on RWC PC Cluster, ACM International Conference on Supercomputing (ICS'98), (Melbourne, Australia), 12 Jul. 1998.
（９７） 安藤 誠，秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保： 並列木探索を用いたタンパク質立体配座解析システムの構築, 情報処理学会研究報告 98-HPC-72-8, pp.43-48,(長岡)，5 Aug. 1998.
（９８） 秋山 泰：RWC PCクラスタとその応用事例 〜並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム〜， 第13回 超並列計算研究会，（京田辺），11 Sep. 1998.
（９９） 安藤 誠，秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保：木探索アプローチによるタンパク質立体配座解析と大規模並列計算機上での高速解析システムの構築，情報処理学会研究報告 98-MPS-21-5, pp.25-30，(名古屋)，7 Oct. 1998.
（１００） 野口 保，秋山 泰，鬼塚健太郎，安藤 誠：タンパク質立体構造の配列および原子間距離による分類と非冗長化された PDB代表タンパク質チェインデータベース(PDB-REPRDB) の作成，情報処理学会研究報告 98-MPS-21-6, pp.31-36，(名古屋)，7 Oct. 1998.
（１０１） 鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠，秋山 泰：多次元分布の線形基底変換による圧縮表現の提案，及びタンパク質残基間相対位置分布への応用，情報処理学会研究報告 98-MPS-21-7, pp.37-42，(名古屋)，7 Oct. 1998.
（１０２） Akiyama, Y.: Extension of the PAPIA system, SC’98 Research Exhibitoin, (Orlando, Florida), 10 Nov. 1998.
（１０３） 鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠，秋山 泰： 多次元分布の線形変換による圧縮表現のタンパク質立体構造認識問題への応用，情報処理学会研究報告 98-MPS-22-13, pp.75-80，(奈良)，26 Nov. 1998.
（１０４） 野口 保，伊藤將弘，秋山 泰，西川 建：3D-1D法を用いたタンパク質二次構造予測法の改良，第５回「タンパク質の立体構造の構築原理」ワークショップ予稿集，p.48, (早稲田)，8 Dec. 1998.
（１０５） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠：並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築，第５回「タンパク質の立体構造の構築原理」ワークショップ予稿集， p.50, （早稲田），8 Dec. 1998.
（１０６） 秋山 泰：タンパク質立体構造予測コンペティション(CASP3)の概観，人工知能学会分子生物情報研究会第五回研究会，(三田)，18 Jan. 1999.
（１０７） 秋山 泰：エントロピー項の導入によるバックプロパゲーション学習則の拡張と学習効率の向上，情報処理学会研究報告 99-MPS-23-1, pp.1-6, (群馬)，18 Feb. 1999.
（１０８） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠：大規模PCクラスタ上での並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築，国立遺伝学研究所「タンパク質立体構造の分類・予測・デザイン」研究会予稿集，(三島)，20 Feb. 1999.
（１０９） 野口 保，鬼塚健太郎，秋山 泰： CASP3のタンパク質立体構造予測問題の解法（二次構造予測および構造アライメント），RWC Technical Report (RWC TR-98009)，1 Mar. 1999.
（１１０） Ando, M., Akiyama, Y., Onizuka, K., and Noguchi, T.：ESCAPE: Parallel Tree Search System for Conformational Analysis of Peptides, Proc. the 2nd International Workshop on Advanced Genomics, (Yokohama), 27 Apr. 1999.
（１１１） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠：大規模PCクラスタを用いたインターネット上の公開計算サービス〜並列タンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築と利用実績〜, 情報処理学会研究報告 99-OS-81-11, pp.59-64，（沖縄），6 May 1999.
（１１２） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，安藤 誠：大規模PCクラスタを用いたタンパク質情報解析(PAPIA)システムの構築，第180回 CBI研究会，（一ツ橋），25 Jun. 1999. (依頼講演)
（１１３） 秋山 泰，鬼塚健太郎，野口 保，ポール・ホートン，安藤 誠：大規模並列処理による構造生物学への挑戦，産業基盤ソフトウェア・フォーラム第7回 SIF講演会，（大手町），9 Jul. 1999. (依頼講演)
（１１４） 平尾智也，水原隆道，斉藤哲哉，安藤 誠，秋山 泰，城 和貴，国枝義敏：タンパク質分子構造を例とする高性能計算結果の可視化システムの試作，情報処理学会研究報告 99-HPC-77-22 (SWoPP'99), pp.125-130，（下関），3 Aug. 1999.
（１１５） 秋山 泰：バイオインフォマティクスと並列処理 ，東京医科歯科大学生命情報学セミナー，（お茶の水），9 Sep. 1999. （依頼講演）
（１１６） 平尾智也，水原隆道，斉藤哲哉，安藤 誠，秋山 泰，城 和貴，国枝義敏：タンパク質分子構造可視化システム Protein Viewの試作，日本ソフトウェア科学会第１６会大会予稿集，（和歌山），20 Sep. 1999.
（１１７） Akiyama, Y.: MolTreC and Treecode MD, SC’99 Research Exhibitoin, (Portland, USA), 15 Nov. 1999.
（１１８） 中野達也，神沼二眞，上林正巳，佐藤智之，秋山 泰，北浦和夫： Ab initioペア近似法による巨大分子計算プログラムの開発，第22回情報化学討論会, JP-25, （山形），10 Nov. 1999.
（１１９） Akiyama, Y., Onizuka, K., Noguchi, T., and Ando, M.: PAPIA (Parallel Protein Information Analysis) System and MolTreC Parallel Molecular Dynamics Simulator Running on a Compact 8-node Linux PC Cluster, Proc. The 10th Genome Informatics Workshop, D-01, (Yebisu), 14 Dec. 1999.
（１２０） 秋山 泰：AI技術はゲノム解析に本当に役立つか？:ニューラルネットワーク，遺伝的アルゴリズムなどの適用経験から，人工知能学会 ＡＩシンポジウム’99 研究会資料 SIG-J-9901, pp.41-43，(早稲田)，16 Dec. 1999.
（１２１） Akiyama, Y., Noguchi, T., Onizuka, K., Horton, P., and Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis System and Parallel No-Cutoff Molecular Dynamics Simulation on a Compact 8-node Linux PC Cluster, Proc. RWC2000, (Nagata-cho), 18 Jan. 2000.
（１２２） Suwa, M., Sato, T., Okouchi, I., Mikoshiba. M., Akiyama, Y., Asai, A., Matsumoto, S., Tsutsumi, S., and Aburatani, H.: Gene Discovery of G-Protein Coupled Receptors from Human Genome, Proc. GIW 2000 The Eleventh Workshop on Genome Informatics, (Yebisu), 18 Dec. 2000,
（１２３） 安藤 誠，秋山 泰，松田秀雄: 並列木探索によるタンパク質立体配座解析の階層的アプローチによる拡張,数理モデル化と問題解決シンポジウム〜実問題の解決に向けた先進的数理モデル〜論文集, pp.231-238, （京田辺），3. Mar. 2000.
（１２４） 鬼塚健太郎，野口 保，秋山 泰：多次元平均力場ポテンシャル法の厳密な検証結果，人工知能学会分子生物情報研究会第10回研究会，(石川)，17 Mar. 2000.
（１２５） Akiyama, Y., Noguchi, T., Onizuka, K., Horton, P., and Ando, M.: Parallel Protein Information Analysis System and Parallel No-Cutoff Molecular Dynamics Simulation on a Compact 8-node Linux PC Cluster, International Workshop on Innovative Architecture for Future Generation High-Performance Processors and Systems (IWIA2000), (Tsukuba), 15 Mar. 2000.（依頼講演）
（１２６） 秋山 泰：生物の研究でコンピュータはどんな風に使われているの？，東京大学医科学研究所第５回バイオインフォマティクス講習会, （目黒），24 Jul. 2000. （依頼講演）
（１２７） 秋山 泰：大規模並列処理によるタンパク質情報解析，コンピュータによる材料開発・物質設計を考える会 第13期ＣＡＭＭフォーラム例会，(東京)，4 Aug. 2000. （依頼講演）
（１２８） 中野達也，神沼二眞，上林正巳，佐藤智之，稲富雄一，秋山 泰，古明地勇人，長嶋雲兵，北浦和夫： フラグメント分子軌道法による解析的微分を用いた構造最適化計算，第23回情報化学討論会 JP-13,（京都），26 Oct. 2000.
（１２９） 秋山 泰： 並列分子動力学法プログラムMolTreCの開発とそのタンパク質折れ畳みへの応用の試みについて，ゲノム情報科学高速化委員会講演会，（六本木），17 Nov. 2000.
（１３０） 秋山 泰：バイオインフォマティクスと並列処理，日本SGI HPC OPEN FORUM 高速化・並列化分科会，（駒場），29 Nov. 2000.
（１３１） 秋山 泰：並列バイオインフォマティクスの展望（並列処理はバイオインフォマティクスを救えるか？），IPABシンポジウム2000，（品川），1 Dec. 2000.
（１３２） 秋山 泰：大規模並列処理によるタンパク質構造機能解析システム，高度コンピューティング用戦略的ソフトウェアの研究開発プログラム，（竹橋），26 Dec. 2000.
（１３３） 秋山 泰：経済産業省生命情報科学研究センターが４月スタート，日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター，No.2, pp.14-15, Mar 2001.
（１３４） 秋山 泰：バイオインフォマティクスと大規模並列情報処理，第１回情報生物学適塾，（けいはんな），7 Apr. 2001.
（１３５） 秋山 泰： 生命情報科学研究センター紹介，人工知能学会分子生物情報研究会第１７回研究会，（お台場），5 Jul. 2001.
（１３６） 秋山 泰：ゲノム情報の解析に並列コンピュータはどうして必要なのだろう？，東京大学医科学研究所第6回バイオインフォマティクス講習会「ヒトゲノム計画とインターネット」，(目黒)，20 Jul. 2001. （依頼講演）
（１３７） 秋山 泰：ＣＢＲＣの研究紹介，第２３回超並列計算研究会，（お台場），27 Jul. 2001.
（１３８） 秋山 泰：コンピュータが描く生命の世界〜細胞をコンピュータの中に再現〜，テクノキッズ・イン・ウォーターフロント，(お台場)，24 Aug. 2001.
（１３９） 秋山 泰：産総研生命情報科学研究センターがめざすもの，第１回J-BIG Tokyoバイオインフォマティクス推進研究会，（晴海），8 Sep. 2001. （依頼講演）
（１４０） Akiyama, Y.: Computational Biology Research Center, AIST Waterfront Symposium, (Odaiba), 12 Sep. 2001.
（１４１） 秋山 泰：タンパク質の配列・構造・機能解析，ポストゲノム時代のタンパク質大規模計算の現状と動向講演会，（竹橋），19 Sep. 2001. （依頼講演）
（１４２） 秋山 泰：生命情報科学研究センター(CBRC)の紹介, お台場研究フォーラム，（お台場），25 Sep. 2001.
（１４３） 広川貴次, 諏訪牧子, 秋山 泰：膜貫通へリックスを繋ぐループセグメントの解析，第39回日本生物物理学会年会，(大阪)，6 Oct. 2001.
（１４４） 諏訪牧子, 佐藤智之, 大河内郁雄, 有田正規, 浅井 潔, 秋山 泰： ＧＰＣＲに特化した網羅的遺伝子発見システム（ヒトゲノムへの応用）， 第39回日本生物物理学会年会，(大阪)，6 Oct. 2001.
（１４５） 秋山 泰：生命情報科学研究センターにおける大規模計算の例，地球シミュレータバイオシミュレーション委員会，（磯子），9 Oct. 2001.
（１４６） 秋山 泰：バイオインフォマティクスと大規模並列コンピューティング〜タンパク質の配列・構造・機能解析〜，計算科学のための次世代計算機環境に関するワークショップ，（品川），5 Nov. 2001. （依頼講演）
（１４７） 秋山 泰：生命情報科学の最前線：生命理解をめざした大規模コンピューティング，豊橋技術科学大学特別講演，（豊橋），6 Nov. 2001. （依頼講演）
（１４８） 秋山 泰：産総研CBRCの紹介：バイオインフォマティクス研究と大規模並列計算の関係を中心に，第一回産総研東工大ライフサイエンスフォーラム，（霞ヶ関），10 Dec. 2001.
（１４９） Ando, M., Akiyama, Y., and Matsuda, H.: Conformational Search and Potential Energy Analysis of Protein Beta-hairpin Formations by Parallel Exhaustive Tree Search, Proc. the 12th International Conference on Genome Informatics (GIW2001), pp.262-263, (Yebisu) , 17 Dec. 2001.
（１５０） Hirokawa, T., Suwa, M., and Akiyama, Y.: Classification and Analysis of Inter-Helical Loop Segments in Membrane Proteins, Proc. the 12th International Conference on Genome Informatics (GIW2001), pp.332-333, (Yebisu) , 17 Dec. 2001.
（１５１） Suwa, M., Sato, T., Okouchi, I., Arita, M., Matsumoto, S., Tsusumi, S., Aburatani, H., Asai, K., and Akiyama, Y. : An Automated System for Finding Seven Transmembrane Helix Receptors from Human Genome, Proc. the 12th International Conference on Genome Informatics (GIW2001), pp. 425-426, (Yebisu) , 17 Dec. 2001.
（１５２） 野口 保, 富井健太郎, 太田元規, 秋山 泰： FOREST: Fold Recognition Stadium，「ゲノム情報科学の新展開」公開ワークショップ，(お台場), 12 Jan. 2002.
（１５３） 秋山 泰：大規模PCクラスタとバイオインフォマティクス研究，東京工業大学高速研究会講演会，（大岡山），29 Jan. 2002.
（１５４） 野口 保, 富井健太郎, 高橋明子, 秋山 泰, 太田元規 : FOREST（タンパク質立体構造認識手法ベンチマーク用標準プラットフォーム）, ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会， p.11， (つくば) ，24 Feb. 2002.
（１５５） 富井健太郎，秋山 泰： 距離拘束条件付threadingによるタンパク質の構造認識，ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会 p.12， (つくば)，24 Feb. 2002.
（１５６） Fukui, K., Akiyama, Y., and Takahashi, K.: Experimental and theoretical dynamics study of peptide using MALDI-TOF and ESI-FTICR Mass Spectroscopy with Infrared Multiphoton Dissociation, ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会 p.15 ，(つくば)，24 Feb. 2002.
（１５７） 秋山 泰： 産総研生命情報科学研究センターの活動紹介，バイオ・ＩＴ温泉玉子２，（定山渓），25 Feb. 2002.
（１５８） 秋山 泰： 産総研生命情報科学研究センター(CBRC)のご紹介，科学技術論説懇談会，（霞ヶ関），11 Mar. 2002. （依頼講演）
（１５９） 秋山 泰：バイオインフォマティクスと大規模並列情報処理，第2回情報生物学適塾，（けいはんな），30 Mar. 2002. （依頼講演）
（１６０） 秋山 泰：遺伝子発見ソフトの開発, バイオ・ゲノムベンチャーフォーラム (つくば) (2002.5.23). （依頼講演）
（１６１） Fukui,K., Akiyama,Y., Naito,Y., Takahashi,K. : ESI-FTICR MS with Infrared Multiphoton Dissociation :Analysis of Fragmentation of Peptides, 50th Annual Conference American Society for Mass Spectrometry (ASMS2002), (Orlando, USA), 28 May 2002.
（１６２） 秋山 泰： バイオインフォマティクスの展望と並列・グリッド技術，人工知能学会全国大会， (竹橋)，31 May 2002.
（１６３） 山田真介, 富井健太郎, 太田元規, 秋山 泰, 山名早人： 構造プロファイルを用いた局所構造予測法の開発，第2回日本蛋白質科学会年会 2P-141，（名古屋），13 Jun. 2002.
（１６４） 太田元規, 富井健太郎, 野口 保, 津田宏治, 浅井 潔, 秋山 泰： 配列プロフィールサーチ，構造-配列適合性関数と非線形判別法を利用したタンパク質の構造認識法，第2回日本蛋白質科学会年会 2P-142，（名古屋），13 Jun. 2002.
（１６５） 広川貴次，諏訪牧子，秋山 泰：膜タンパク質における再挿入型ループ構造の分類と予測，第2回日本蛋白質科学会年会 2P-144，（名古屋），13 Jun. 2002.
（１６６） Fukui, K., Akiyama, Y., and Takahashi, K. : Fragmentation studies for peptides using FTICR mass spectrometry and MS/MS: Experiment and simulation, 224th American Chemical Society (ACS) National Meeting, (Boston, USA), 18 Aug. 2002.
（１６７） 福井一彦, 内藤康秀, 秋山 泰, 高橋勝利：衝突誘起解離や赤外多光子解離を使ったペプチド切断の実験・理論，3rd Annual Meeting of Chem-Bio Informatics Society (CBI)， (有明) ，18 Sep. 2002.
（１６８） 安藤 誠，秋山 泰，松田秀雄：Conformational Search and Analysis of Beta-hairpin Formation by High-Speed Exhaustive Tree Search，情報処理学会研究会報告 MPS02−41-9, （函館），20 Sep. 2002.
（１６９） Akiyama, Y. : Large-scale Parallel Computing for Bioinformatics in Post-Genome era, Science Forum, SGI Solution Forum， (Yebisu)，27 Sep. 2002. （依頼講演）
（１７０） 富井健太郎, 太田元規, 野口 保, 秋山 泰： タンパク質立体構造予測サーバーPILOTの構築，産総研 生命情報科学人材養成コース設立１周年記念シンポジウム, pp.I-25，(お台場) ，4 Oct. 2002.
（１７１） 福井一彦, 内藤康秀, 秋山 泰, 高橋 勝利：衝突誘起解離や赤外多光子解離によるm/z選択的ペプチド切断解析，産総研 生命情報科学人材養成コース設立1周年記念シンポジウム， (お台場)，4 Oct. 2002.
（１７２） 秋山 泰： 産総研生命情報科学研究センターの紹介, DNA工学研究会 , （お台場）, 9 Oct. 2002. （依頼講演）
（１７３） 秋山 泰： バイオインフォマティクス 生命現象・数理モデル・大規模計算, 産業研究所 技術開発研究会, （霞ヶ関），22 Oct. 2002. (依頼講演)
（１７４） 富井健太郎, 太田元規, 野口 保, 秋山 泰：Constructing a protein structure prediction server, PILOT, 産総研国際シンポジウム2002 「ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス」， (お台場) ，8 Nov. 2002.
（１７５） 福井一彦, 内藤康秀, 秋山 泰, 高橋勝利: Analysis of m/z selective fragmentation of peptides, 産総研国際シンポジウム 2002「ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス」， (お台場) ，8 Nov. 2002.
（１７６） 秋山 泰： バイオ・IT融合機器の開発技術〜期待と課題〜，NEDOバイオIT融合機器開発技術ワークショップ，（池袋），18 Dec. 2002.（依頼講演）
（１７７） Tomii, K., Hirokawa, T., Noguchi, T., Suenaga, A., and Akiyama, Y.: Integrating a New Fold Recognition Method with an Exhaustive Molecular Modeling System: FORTE1 and FORTE-SUITE, Proc. Fifth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP5), A37-38, (Asilomar, USA), 1 Dec. 2002.
（１７８） Tomii, K., and Akiyama, Y.: Fold Recognition Using the FORTE1 Server, Proc. Fifth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP5), A61-62 (Asilomar, USA), 1 Dec. 2002.
（１７９） Tomii, K., Ohta, M., Noguchi, T., and Akiyama, Y.: PILOT: a Fold Recognition Server Based on PSI-BLAST, IMPALA and Libra-Rotamer, Proc. Fifth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP5), A122-122 (Asilomar, USA), 1 Dec. 2002.
（１８０） Tomii, K., Ota, M., Noguchi, T., and Akiyama Y.: Construction of a fold recognition server PILOT based on PSI-BLAST, IMPALA and LIBRA-rotamer: Proc. Pacific Symposium on Biocomputing (PSB2003), p133-133, (Hawaii, USA), 5. Jan. 2003.
（１８１） 秋山 泰： 生命情報科学研究センターの活動，バイオ・シーズマッチング研究会，（お台場），22 Jan. 2003. （依頼講演）
（１８２） 諏訪牧子，有田正規，浅井 潔，秋山 泰： SEVENS:ヒトゲノム配列中の７回膜貫通へリックス型受容体データベース，文部科学省特定領域研究「ゲノム情報科学」公開シンポジウム，（お台場），9 Jan. 2003.
（１８３） 秋山 泰： タンパク質立体構造予測コンテストCASPについて，第４回IPABセミナー, （竹橋）, 27 Jan. 2003.
（１８４） 福井一彦, 内藤康秀, 秋山 泰, 高橋勝利: 質量分析計を用いた衝突誘起解離や赤外,多光子解離による電荷選択的ぺプチド切断解析，平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会合同研究発表会・講演会，（つくば），24 Feb. 2003.
（１８５） 富井健太郎，太田元規，野口 保，秋山 泰: 1D-3Dプロファイル融合とthreading potentialによる鋳型構造スクリーニング，平成14年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会合同研究発表会・講演会，（つくば），24 Feb. 2003.
（１８６） 秋山 泰： バイオインフォマティクス研究最前線−産総研生命情報科学人材養成コース，バイオインフォマティクス春の学校，（福岡），20 Mar. 2003.（依頼講演）
（１８７） 秋山 泰： バイオインフォマティクス研究最前線−産総研生命情報科学人材養成コース，バイオインフォマティクス春の学校，（東京），25 Mar. 2003.（依頼講演）
（１８８） 秋山 泰： バイオインフォマティクス研究最前線−産総研生命情報科学人材養成コース”, バイオインフォマティクス春の学校，（千里），28 Mar. 2003.（依頼講演）
（１８９） Akiyama, Y.：Bioinformatics research using a large-scale PC cluster, IBM Life Science Executive Seminar, (Amagi), 13 Apr. 2003.（依頼講演）
（１９０） Akiyama, Y.： Expectation in post-genome era，IBM Blue Gene Seminar, (Hakozaki), 15 Apr. 2003.（依頼講演）
（１９１） 秋山 泰： 大規模計算によるバイオインフォマティクスと分子モデリング，アクセラリス・フォーラム, （新木場）, 4 Jun. 2003.（依頼講演）
（１９２） 秋山 泰：大規模計算によるバイオインフォマティクスとシミュレーション，東京大学大学院新領域創生科学研究科講演会, （本郷）, 13 Jun. 2003.（依頼講演）
（１９３） 関嶋政和, 本野千恵, 山崎 智, 金子清俊, 秋山 泰： 計算機シミュレーションによるプリオンタンパク質 Human Prion Protein (Hu PrP)のモノマー形態とダイマー形態のdynamicsに関する研究，第3回日本蛋白質科学会年会, （札幌），23 Jun. 2003.
（１９４） 向井有理, 広川貴次, 富井健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪牧子： ゴルジ膜貫通領域に着目した糖転移酵素判別手法の開発，第3回日本蛋白質科学会年会, （札幌），23 Jun. 2003.
（１９５） Motono, C., Sekijima, M., Yamasaki, S., Kaneko, K., and Akiyama, Y.: Differences in dynamics of dimeric and monomeric human prion protein revealed by molecular dynamics simulations, 11th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB2003), (Brisbane, Australia), 29 Jun. 2003.
（１９６） Sekijima, M., Motono, C., Yamasaki, S., Kaneko, K., and Akiyama, Y. :Molecular Dynamics Simulations of monomeric and dimeric Human Prion Protein (Hu PrP) at normal and elevated temperature, 17th Symposium of the Protein Society, (Boston, USA), 26 Jul. 2003.
（１９７） 関嶋政和，本野千恵，山崎 智，金子清俊，秋山 泰： Human Prion Protein (Hu PrP) monomerとdimerの分子動力学シミュレーションによる解析， 日本生物物理学会第41回年会，（新潟）， 24 Sep. 2003.
（１９８） 秋山 泰：バイオインフォマティクスとＨＰＣ, SGI Solution Fair “HPCの未来を展望する”， (恵比寿)，6 Nov. 2003. （依頼講演）
（１９９） 秋山 泰，藤原康広： CoCoozo：大規模プロジェクトのための高速MS/MSスペクトル解析エンジン，並列生物情報処理イニシアティブ IPABシンポジウム2003〜細胞ネットワーク情報の統合化〜， （品川），28 Nov. 2003.
（２００） 秋山 泰： 産総研 生命情報科学研究センターにおけるバイオインフォマティクス研究， 産業交流展2003，（有明），16 Dec. 2003.
（２０１） Noguchi, T. and Akiyama, Y.: PDB-REPRDB, Nucreic Acid Research, Vol.32， No.1， Online summary paper（査読あり，オンライン版），http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/277 Jan. 2004.
（２０２） 秋山 泰，中山 洋，夏目 徹： CoCoozo: 大規模プロジェクトのための高速MS/MSスペクトル解析エンジン, 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3. Feb. 2004.
（２０３） 福井一彦，山垣 亮，秋山 泰，高橋勝利： 糖鎖フラグメンテーションにおけるグリコシド結合の解析，平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3. Feb. 2004.
（２０４） 関嶋政和，本野千恵，野口 保，秋山 泰 : ヒトプリオンタンパク質の分子動力学シミュレーション─構造未決定の領域とPro102Leu置換のダイナミクスへの影響について─, 平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3. Feb. 2004.
（２０５） 塚本弘毅, 渡邊寿雄, 長嶋雲兵, 秋山 泰： Reaction Mechanism of Nitric Oxide Reductase Cytochrome P450nor from Fusarium oxysporum，平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3. Feb. 2004.
（２０６） 向井有理, 広川貴次, 富井健太郎, 浅井 潔, 秋山 泰, 諏訪牧子：ゴルジ膜局在タンパク質の膜貫通領域予測—糖転移酵素遺伝子 網羅的発見に向けてー，平成15年度ライフサイエンス分野融合会議・生命工学部会バイオテクノロジー研究会, （つくば），3. Feb. 2004.
（２０７） 田中千加，秋山 泰：電気化学的検出原理によるDNAチップ(Recent Developments of Electrochemical DNA Chip)， CBRCテクニカルレポート， AIST02-J00001-5， 19 Feb. 2004.
（２０８） 田中千加，秋山 泰： DNA分子の電気的特性に関して(Electronic Properties of DNA)， CBRCテクニカルレポート， AIST02-J00001-4， 19 Feb. 2004.
（２０９） 秋山 泰，他：バイオインフォマティクス調査研究報告書Ⅰ，（社）電子情報技術産業協会，Mar. 2004.
（２１０） Sekijima, M., Motono, C., Noguchi, T., Kaneko, K., and Akiyama, Y. : Molecular Dynamics Simulation of Wild-Type and Mutant Human Prion Protein: Effect of Pro102Leu, 1st Pacific-Rim International Conference on Protein Science (PRICPS2004),(Yokohama),14 Apr. 2004.
（２１１） Akiyama, Y., and Fujihara, Y.: CoCoozo: A high-speed MS/MS ion search engine for large-scale proteomics project, Life Science Grid Symposium (LSGRID2004), (Kanazawa), 31 May 2004.
（２１２） 秋山 泰：高性能知識創出システムの開発と活識創薬パイプラインの開発，ゲノムベイ東京プロジェクト事業講演会, （大手町），9 Jun. 2004.
（２１３） Akiyama, Y.：Combining bio/cheminformatics techniques with computational chemistry methods: research activity at CBRC-AIST, 計算科学ワークショップ, (つくば)，24 Jun. 2004.
（２１４） Fukui, K., Akiyama, Y., Takahashi, K., and Yamagaki, T.: Theoretical and experimental studies for isomers of oligosaccharides using CID-MS/MS quadrapole/time-of-flight mass spectrometry, 228th ACS National Meeting, (Philadelphia, USA), 22 Aug. 2004.
（２１５） 秋山 泰：ゲノム健康知識科学プロジェクトの目的と事業, ゲノムベイ東京プロジェクト・ゲノム健康知識科学分科会, （大手町），26 Aug. 2004.
（２１６） Fukui, K, Akiyama, Y., Takahashi, K., and Yamagaki, T.: Theoretical and experimental studies for isomers of oligosaccharides using CID-MS/MS quadropole/time-of-flight mass spectrometry, Abstracts of Papers of The American Chemical Society 228, U230-U230 074-CARB Part 1, August 2004.
（２１７） 秋山 泰 : バイオインフォマティクスと大規模並列計算（質量分析への応用等）， 日本応用数理学会2004年度年会， P.350-351（春日），18 Sep. 2004. （セッションオーガナイザ）
（２１８） 秋山 泰：大規模プロテオミクス研究向け質量分析エンジン CoCoozo，第3回産総研生命情報科学人材養成シンポジウム, （お台場），1 Oct. 2004.
（２１９） 秋山 泰：情報系研究者のためのバイオインフォマティクス紹介，東京工業大学 第5回BI研究会, （大岡山），9 Oct. 2004.
（２２０） Akiyama, Y.: Our Bioinformatics Tools for supporting e-drug discovery: building a long pipeline from gene finding, 3D structue prediction, toward virtual screening, Yonsei University BMD seminar, (Seoul, Korea), 24 Nov. 2004. （依頼講演）
（２２１） Akiyama, Y.: Introduction to CBRC, 2004 International Symposium on Computational Biology and Bioinformatics (ISCBB2004), (Gyeongju, Korea), 26 Nov. 2004.
（２２２） 秋山 泰：分子シミュレーション〜大規模分子動力学計算とBlue Gene/L，IPABシンポジウム2004，（お台場），3 Dec. 2004.
（２２３） 秋山 泰：バイオコンピューティングの研究開発成果，ミレニアムゲノムプロジェクト・バイオインフォマティクス分野成果報告シンポジウム，（大阪），14 Jan. 2005.
（２２４） 秋山 泰，中山 洋，夏目 徹： 大規模プロテオミクス研究向け質量分析エンジン CoCoozo，平成16年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3 Feb. 2005.
（２２５） 広川貴次，富井健太郎，秋山 泰： FORTE-SUITEによるタンパク質立体構造予測，平成16年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば），3 Feb. 2005.
（２２６） 秋山 泰，他：バイオインフォマティクス調査研究報告書Ⅱ，（社）電子情報技術産業協会，Mar. 2005.
（２２７） 関嶋政和，本野千恵，秋山 泰，金子清俊，野口 保：プリオンタンパク質の分子動力学シミュレーションー生物種に渡る解析からー，第五回日本蛋白質科学会年会 2P-094，（福岡），1 Jul. 2005.
（２２８） 秋山 泰：バイオインフォマティクス技術 〜創薬支援は可能か，ビジネスモデルは立つのか〜， 電子情報技術産業協会 電子・材料デバイス技術委員会成果報告シンポ, （お茶の水）, 14 Jul. 2005.
（２２９） Akiyama, Y. and Hirokawa T.: Virtual screening with a predicted protein structure model, Proc. of 11th Asian Chemical Congress, Chemoinformatics for Drug Discovery and Development session, S8-8, (Seoul, Korea), 26 Aug. 2005.
（２３０） Fukui, K, Kameyama, A., Takahashi, K., Akiyama, Y., and Narimatsu, H.: Computational study of structure-reactivity for Na adduct oligosaccharides, Abstracts of Papers of The American Chemical Society 230, U688-U689 74-CARB, August 2005.
（２３１） Fukui, K, and Akiyama, Y.: Exhaustive computational analysis of peptides for the fragmentation in low-energy dissociation mass spectrometry, Abstracts of Papers of The American Chemical Society 230, U1359-U1360 227-COMP, August 2005.
（２３２） 秋山 泰： ゲノム情報からのタンパク質立体構造予測と相互作用予測，バイオジャパン2005，（高輪），8 Sep. 2005.
（２３３） 秋山 泰：バイオインフォマティクス研究とスーパーコンピューティング，FIT2005，（春日），9 Sep. 2005.
（２３４） 秋山 泰，藤原康広，中山 洋，夏目 徹： 大規模プロテオミクス研究向け質量分析エンジン CoCoozoの改良, 産総研生命情報科学人材養成コース最終シンポジウム，(お台場)，22 Sep. 2005.
（２３５） 秋山 泰 : インシリコ創薬パイプライン，「次世代スーパーコンピュータとシミュレーションの革新」計算科学技術シンポジウム，（品川），27 Sep. 2005.
（２３６） Akiyama, Y.: Large-scale molecular simulation and database search for supporting proteomics research, CBRC2005, (Odaiba), 27 Oct. 2005.
（２３７） Akiyama, Y.: The Molecular Dynamics Simulations of Prion Protein: Investigation of the Transition from its Cellular Form to the Anomalous Form using Earth Simulator, pp.237-240, Annual Report of the Earth Simulator Center April 2004-March 2005, 1 Dec. 2005.
（２３８） 秋山 泰：産総研CBRCにおける生命情報科学研究とBlue Proteinシステム，HPC天城セミナー，（天城），4 Dec. 2005. （依頼講演）
（２３９） 福井一彦，秋山 泰，高橋勝利：波長可変レーザーを用いた糖鎖・糖ペプチドの赤外多光子励起，平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば）, 2 Feb. 2006.
（２４０） 向井有理，広川貴次，富井健太郎，浅井 潔，秋山 泰，諏訪牧子：GGtraP:ゴルジ膜貫通領域に注目した糖転移酵素検出ツール，平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば）, 2 Feb. 2006.
（２４１） 秋山 泰，藤原康広，中山 洋，夏目 徹：大規模プロテオミクス研究向け質量分析エンジンCoCoozoの改良，平成17年度ライフサイエンス分野融合会議 生命工学部会バイオテクノロジー研究会 合同研究発表会・講演会, （つくば）, 2 Feb. 2006.
（２４２） 秋山 泰：イノベーションの鍵をにぎる「遊度」方程式，社会における本格研究ワークショップーイノベーションハブー，（お台場），21 Feb. 2006.
（２４３） Akiyama, Y.: Introduction to CBRC, Seminar at Institute of Genetics and Integrative Biology (IGIB), (New Delhi), 1 Mar. 2006.
（２４４） Akiyama, Y.: Toward a Computational Pipeline from Genome Sequence to Protein Structures and Molecular Docking Study, The First Japan-Taiwan Bilateral Symposium on Bioinformatics, (Meguro), 13 Mar. 2006. （依頼講演）
（２４５） 秋山 泰：生命情報科学研究センター バイオインフォマティクス研究の中核拠点を目指して，バイオ・情報統合新技術見学会，（お台場）, 12 Apr. 2006.
（２４６） 秋山 泰：東大─産総研─理研連携によるバイオインフォマティクス教育インフラストラクチャ─，言語から読み解くゲノムと生命システム公開シンポジウム，（本郷）, 8 May 2006.
（２４７） Akiyama, Y.: Life Sciences at AIST: Achievements and Outlook - Building a Supercomputing Pipeline from Genome Sequences to Drug Discovery, Global Grid Form GGF17, (Tokyo), 10 May 2006. （依頼講演）
（２４８） 秋山 泰：並列バイオインフォマティクス：オームワイドな網羅計算への挑戦，国際バイオEXPO，（有明）, 18 May 2006.
（２４９） Akiyama, Y.: Large-scale computing for protein structure prediction and docking, BMDRC seminar, Yonsei University (Seoul, Korea), 24 May 2006.
（２５０） Akiyama, Y.: Research Activitiy at CBRC, Seimar of Center for Genome Science, KNIH (Seoul, Korea), 25 May 2006.
（２５１） 秋山 泰: 細胞内mRNAの網羅的計測を支援するデータ処理ソフトウェアの開発, 第３回ライフサーベイヤシンポジウム講演予稿集, 5 Jun. 2006.
（２５２） 秋山 泰，藤渕 航: mRNAの網羅的発現データを対象としたバイオインフォマティクス解析プラットフォームの構築, 第３回ライフサーベイヤシンポジウム（御茶ノ水）, 6 Jun. 2006.
（２５３） Akiyama, Y., and Fujibuchi, W.: Sequence identification and expression pattern analysis system for single cell mRNA analysis, The 1st International Workshop on Approaches to Single-Cell Analysis, 22 Jun. 2006, (Uppsala, Sweden) . （依頼講演)
（２５４） 秋山 泰: タンパク質立体構造およびタンパク質間ドッキングの計算機予測へ向けて, 日本学術振興会ゲノムテクノロジー第１６４委員会シンポジウム〜環境から医学まで：ゲノムテクノロジーが変えるバイオ戦略〜, 26 Sep. 2006.
（２５５） 富井健太郎，本野千恵，佐藤美和，太田元規，酒谷尚文，藤原康広，三十尾潔高，広川貴次，Paul Horton，秋山 泰：立体構造予測実験CASP7に対するとり組み, CBRC 2006 予稿集 B5, 28 Sep. 2006.
（２５６） 本野千恵，藤原康広，三十尾潔高，佐藤美和，酒谷尚文，富井健太郎，広川貴次，秋山 泰：タンパク質立体構造予測システムFORTE-SUITEの自動化・並列化, CBRC 2006 予稿集 G2, 28 Sep. 2006.
（２５７） 吉川達也，塚本弘毅，蓬来祐一郎，真下忠彰，秋山 泰：超並列計算機BlueGene(BlueProtein)を用いた大規模タンパク質ドッキングシステムの開発, CBRC 2006 予稿集 G3, 28 Sep. 2006.
（２５８） 塚本弘毅，清水英明，石田貴士，秋山 泰，貫名信行：CAGリピート病におけるポリグルタミン領域のアグリゲーションメカニズムの解析, CBRC 2006 予稿集 G5, 28 Sep. 2006.
（２５９） 福井一彦，高橋勝利，秋山 泰：実験とシミュレーションによる中赤外自由電子レーザーを用いたフラグメント解析, CBRC 2006 予稿集 G6, 28 Sep. 2006.
（２６０） 秋山，諏訪，広川，浅井，ホートン，野口，堀本，岡田，横田，寺田，水谷，坂井: 生命情報科学技術者養成コース紹介, CBRC 2006 予稿集 H2, 28 Sep. 2006.
（２６１） Akiyama, Y., Tsukamoto, K., and Yoshikawa, T.: A New Protein-Protein Docking Algorithm and a Challenge for All-to-All Protein Docking Study, Proc. 2nd Taiwan-Japan Bilateral Symposium on Bioinformatics, 8 Nov 2006 (Tainan, Taiwan). 依頼講演
（２６２） Yoshikawa, T., Tsukamoto, K., Hourai, Y., Mashimo, T., and Akiyama, Y: OdaibaDock: Protein-Protein Docking System using a high-performance FFT algorithm on BlueGene/L, Poster 2P447, Fifth East Asian Biophysics Symposium & Fourty-Fourth Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan (EABS & BSJ2006), 15 Nov 2006 (Okinawa, Japan).
（２６３） Tomii, K., Motono, C., Sato, M., Ota, M., Hirokawa, T., Horton, P., and Akiyama, Y.: Andante - Tertiary Structure Prediction of CASP7 Targets Using Exhaustive Modeling and Evaluation, Critical Assesment of Techniques for Protein Structure Prediction Seventh Meeting (CASP7), p.14, 26 Nov. 2006 (Asilomar, USA).
（２６４） 秋山 泰: 大規模計算によるタンパク質立体構造解析と創薬支援, 第3回未来ソリューション・フォーラム, 7 Dec. 2006. 予定
（特許）
（１） 田中敏雄，古谷立美，秋山 泰： 特許2062367, ニューラルネットワーク, 1996.
（２） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸： 特開2003-284573, グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体, 2001.y
（３） 諏訪牧子，浅井潔，秋山 泰，油谷浩幸: 国際公開US2003/0143668_A1，Guanosine Triphosphate-Binding Protein Coupled Receptors，2001.
（４） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸： 特開WO02/103005，グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体, 2002.
（５） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸，小田晃司，釣谷克樹：特開 WO02/103006，グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体, 2002.
（６） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸，小田晃司，釣谷克樹： 国際公開 WO02/103006，グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体，2002.
（７） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸： 国際公開 WO02/103005，グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体，2002.
（８） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸：国際公開 EP1270724， Guanosine Triphosphate-Binding Protein Coupled Receptors, 2002.
（９） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸： 国際公開US2003/0235833_A1，Guanosine Triphosphate-Binding Protein Coupled Receptors，2002.
（１０） 福井一彦，高橋勝利，秋山 泰，粟津邦男：特開2004-184093, 生体高分子光切断装置および生体高分子光切断方法, 2002.
（１１） 福井一彦，高橋勝利，秋山 泰，粟津邦男：国際公開 WO2004/051233, 生体高分子光切断装置および生体高分子光切断方法, 2003.
（１２） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸： 特開2004-242644, グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体, 2003.
（１３） 諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，油谷浩幸: 国際公開 WO2004/055186, グアノシン三リン酸結合タンパク質共役型の受容体, 2003.
（１４） 鄭 ミンジュン，秋山 泰：特願2005-272630，ポリペプチドの立体構造モデル予測装置，立体構造モデル予測方法およびそれらに用いる立体構造モデル予測プログラム, 2005.
（１５） 向井有理，広川貴次，諏訪牧子，浅井 潔，秋山 泰，富井健太郎： 特許3793814, タンパク質情報処理装置および方法, 2006.
（１６） 福井一彦，高橋勝利，秋山 泰：特許3829186, ポリペプチドがエネルギーにより切断される部位を予測する方法, 2006.
Last updated: December 4, 2006